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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b5e | |||||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of Photosystem II complex | |||||||||
要素 |
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キーワード | ELECTRON TRANSPORT (電子伝達系) / PHOTOSYNTHESIS (光合成) / psii (光化学系II) / photosystem / membrane complex (生体膜) / transmembrane alpha-helix (膜貫通型ドメイン) / oxygen evolving / water splitting / iron binding (鉄) / calcium binding (カルシウム) / manganese binding (マンガン) / chloride binding (塩化物) / formylation / hydroxylation (ヒドロキシル化) / thylakoid membrane (チラコイド) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II ...photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II oxygen evolving complex / 光化学系II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / 光化学系II / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / 光合成 / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.87 Å | |||||||||
データ登録者 | Tanaka, A. / Fukushima, Y. / Kamiya, N. | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017 タイトル: Two Different Structures of the Oxygen-Evolving Complex in the Same Polypeptide Frameworks of Photosystem II 著者: Tanaka, A. / Fukushima, Y. / Kamiya, N. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b5e.cif.gz | 1.3 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b5e.ent.gz | 1.1 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b5e.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b5e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b5e | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-Photosystem II ... , 16種, 32分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXxZz
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P51765, 光化学系II #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR1 #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR7 #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR8, 光化学系II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19052 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FME 1 (Modified residue: N-FORMYLMETHIONINE) 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12240 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P19054 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12312 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR2 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FME 1 (Modified residue: N-FORMYLMETHIONINE) 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P56152 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR3 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR4 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: D0VWR5 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9449.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P12239 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermosynechococcus vulcanus (バクテリア) 参照: UniProt: P0A387 |
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-糖 , 3種, 46分子
#30: 糖 | ChemComp-LMT / #35: 糖 | ChemComp-HTG / #36: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 19種, 3944分子
#20: 化合物 | #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-SQD / #27: 化合物 | ChemComp-PL9 / #28: 化合物 | ChemComp-LHG / #29: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 #31: 化合物 | ChemComp-DMS / #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-CA / #34: 化合物 | ChemComp-LMG / #37: 化合物 | #38: 化合物 | #39: 化合物 | #40: 化合物 | #41: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON ...ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON DENSITY MAP. SEQUENCE DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.1 / 詳細: Mes,NaCl,CaCl2,MgSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→49 Å / Num. obs: 649016 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.87→48.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.165 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→48.98 Å
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拘束条件 |
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