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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b5e | |||||||||
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タイトル | Crystal structure analysis of Photosystem II complex | |||||||||
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![]() | ELECTRON TRANSPORT / PHOTOSYNTHESIS / psii / photosystem / membrane complex / transmembrane alpha-helix / oxygen evolving / water splitting / iron binding / calcium binding / manganese binding / chloride binding / formylation / hydroxylation / thylakoid membrane | |||||||||
機能・相同性 | ![]() photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II ...photosystem II assembly / photosystem II oxygen evolving complex / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II / photosystem II reaction center / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / response to herbicide / photosystem II / extrinsic component of membrane / plasma membrane-derived thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / phosphate ion binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis / respiratory electron transport chain / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tanaka, A. / Fukushima, Y. / Kamiya, N. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Two Different Structures of the Oxygen-Evolving Complex in the Same Polypeptide Frameworks of Photosystem II 著者: Tanaka, A. / Fukushima, Y. / Kamiya, N. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 37.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 37.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 319 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 415.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-Photosystem II ... , 16種, 32分子 AaBbCcDdHhIiJjKkLlMmOoTtUuYyXxZz
#1: タンパク質 | 分子量: 38235.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P51765, photosystem II #2: タンパク質 | 分子量: 56068.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR1 #3: タンパク質 | 分子量: 49668.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR7 #4: タンパク質 | 分子量: 38404.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR8, photosystem II #7: タンパク質 | 分子量: 7227.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19052 #8: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4438.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FME 1 (Modified residue: N-FORMYLMETHIONINE) 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12240 #9: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4105.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: Q7DGD4 #10: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4101.911 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P19054 #11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4299.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12241 #12: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3981.673 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12312 #13: タンパク質 | 分子量: 26651.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR2 #14: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3906.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: FME 1 (Modified residue: N-FORMYLMETHIONINE) 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12313 #15: タンパク質 | 分子量: 11655.986 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P56152 #17: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3228.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR3 #18: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4191.030 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR4 #19: タンパク質 | 分子量: 6766.187 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: D0VWR5 |
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-Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf
#5: タンパク質 | 分子量: 9449.645 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12238 #6: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4936.704 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P12239 |
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-タンパク質 , 1種, 2分子 Vv
#16: タンパク質 | 分子量: 15148.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() 参照: UniProt: P0A387 |
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-糖 , 3種, 46分子 ![](data/chem/img/LMT.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
![](data/chem/img/HTG.gif)
![](data/chem/img/DGD.gif)
#30: 糖 | ChemComp-LMT / #35: 糖 | ChemComp-HTG / #36: 糖 | ChemComp-DGD / |
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-非ポリマー , 19種, 3944分子 ![](data/chem/img/OEX.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
![](data/chem/img/PHO.gif)
![](data/chem/img/BCR.gif)
![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/RRX.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FE2.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CLA.gif)
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![](data/chem/img/SQD.gif)
![](data/chem/img/PL9.gif)
![](data/chem/img/LHG.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/BCT.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/LMG.gif)
![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/RRX.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#20: 化合物 | #21: 化合物 | #22: 化合物 | ChemComp-CL / #23: 化合物 | ChemComp-CLA / #24: 化合物 | ChemComp-PHO / #25: 化合物 | ChemComp-BCR / #26: 化合物 | ChemComp-SQD / #27: 化合物 | ChemComp-PL9 / #28: 化合物 | ChemComp-LHG / #29: 化合物 | ChemComp-UNL / 分子数: 53 / 由来タイプ: 合成 #31: 化合物 | ChemComp-DMS / #32: 化合物 | #33: 化合物 | ChemComp-CA / #34: 化合物 | ChemComp-LMG / #37: 化合物 | #38: 化合物 | #39: 化合物 | #40: 化合物 | #41: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
配列の詳細 | ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON ...ABOUT PRO A(a) 279, LEU K(k) 33, TRP K(k) 39 AND LEU M(m) 8, THE AUTHOR CONFIRMED BY ELECTRON DENSITY MAP. SEQUENCE DIFFERENCE |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.27 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.1 / 詳細: Mes,NaCl,CaCl2,MgSO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.87→49 Å / Num. obs: 649016 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.3 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 17.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.87→48.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.165 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.87→48.98 Å
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拘束条件 |
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