PDB-5b56: Crystal structure of HIV-1 VPR C-Terminal domain and DIBB-M-Impor...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5b56

タイトル

Crystal structure of HIV-1 VPR C-Terminal domain and DIBB-M-Importin-Alpha2 complex

要素

Importin subunit alpha-1
Protein Vpr

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/VIRAL PROTEIN / ARM REPEAT / ALL ALPHA PROTEIN / NUCLEAR IMPORT / IMPORTIN-BETA / NLS-CARGO / PROTEIN TRANSPORT-VIRAL PROTEIN COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated arrest of host cell cycle during G2/M transition / Sensing of DNA Double Strand Breaks / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NLS-dependent protein nuclear import complex / postsynapse to nucleus signaling pathway / nuclear import signal receptor activity / symbiont-mediated activation of host apoptosis / protein homooligomerization / virion component ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

HIV-1 M:B_89.6 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Miyatake, H. / Sanjoh, A. / Matusda, G. / Murakami, T. / Murakami, H. / Hagiwara, K. / Yokoyama, M. / Sato, H. / Miyamoto, Y. / Dohmae, N. / Aida, Y.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Molecular Mechanism of HIV-1 Vpr for Binding to Importin-alpha
著者: Miyatake, H. / Sanjoh, A. / Murakami, T. / Murakami, H. / Matsuda, G. / Hagiwara, K. / Yokoyama, M. / Sato, H. / Miyamoto, Y. / Dohmae, N. / Aida, Y.

履歴

登録	2016年4月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年6月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年6月29日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5b56.cif.gz	528.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5b56.ent.gz	443.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5b56.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5b56_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5b56_full_validation.pdf.gz	482.6 KB	表示
XML形式データ	5b56_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	5b56_validation.cif.gz	53.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b56 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/5b56	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kndS 3wpt S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1g5c-d 3aq1-2 1igj-d 3jut-d 5do8-d 20282 5mvf-1 5mtv-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (11) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (2) #99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (4) #88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Importin subunit alpha-1

B: Importin subunit alpha-1

C: Protein Vpr

D: Protein Vpr

E: Protein Vpr

F: Protein Vpr

105 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.021, 81.555, 101.545
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Importin subunit alpha-1 / Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit ...Importin alpha P1 / Karyopherin subunit alpha-2 / Pendulin / Pore targeting complex 58 kDa subunit / PTAC58 / RAG cohort protein 1 / SRP1-alpha 分子量: 49886.633 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 70-529 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kpna2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P52293
#2: タンパク質・ペプチド	Protein Vpr / R ORF protein / Viral protein R 分子量: 1392.526 Da / 分子数: 4 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, UNP RESIDUES 85-96 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHETIC PEPTIDE 由来: (合成) HIV-1 M:B_89.6 (ヒト免疫不全ウイルス) 参照: UniProt: Q73369
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 50MM MES, 100MM AMMONIUM SULFATE, 10MM MGCL2, 20-23%(W/V) PEG8000, 5MM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月11日
放射	モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.298→31.523 Å / Num. obs: 57284 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.93 Å² / R_merge(I) obs: 0.056 / Net I/σ(I): 24.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / % possible all: 51

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.1_1168	位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KND

3knd

解像度: 2.3→31.52 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 25.36

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.226	2906	5.07 %
R_work	0.182	-	-
obs	0.184	57284	87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 71.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→31.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6951	0	0	512	7463

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	7063
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.724	9601
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.235	2610
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	1147
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	1239

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2982-2.3359	0.4092	87	0.3438	1515	X-RAY DIFFRACTION	51
2.3359-2.3761	0.3302	121	0.3236	1911	X-RAY DIFFRACTION	66
2.3761-2.4193	0.3318	120	0.3081	2100	X-RAY DIFFRACTION	71
2.4193-2.4659	0.3364	130	0.3007	2229	X-RAY DIFFRACTION	75
2.4659-2.5162	0.3302	112	0.2939	2239	X-RAY DIFFRACTION	76
2.5162-2.5709	0.3254	123	0.2723	2327	X-RAY DIFFRACTION	79
2.5709-2.6307	0.3171	120	0.2532	2502	X-RAY DIFFRACTION	83
2.6307-2.6965	0.2743	128	0.2372	2530	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6965-2.7694	0.2863	142	0.2226	2584	X-RAY DIFFRACTION	88
2.7694-2.8508	0.279	121	0.2184	2659	X-RAY DIFFRACTION	89
2.8508-2.9428	0.268	146	0.2044	2660	X-RAY DIFFRACTION	90
2.9428-3.048	0.2369	141	0.1952	2744	X-RAY DIFFRACTION	92
3.048-3.17	0.2535	151	0.1969	2845	X-RAY DIFFRACTION	95
3.17-3.3142	0.2402	145	0.1943	2863	X-RAY DIFFRACTION	96
3.3142-3.4889	0.22	164	0.1831	2910	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4889-3.7074	0.2229	157	0.1592	2921	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7074-3.9934	0.1997	161	0.1401	2899	X-RAY DIFFRACTION	98
3.9934-4.3949	0.148	136	0.1331	3002	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3949-5.0301	0.1727	159	0.1377	2987	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0301-6.3342	0.2278	168	0.1811	2962	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3342-43.4064	0.1867	174	0.1544	2989	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.321	0.562	-0.4905	1.4479	0.9592	1.1499	0.076	0.448	0.1265	-0.7355	0.0048	-0.5473	-0.1383	0.9289	0.0025	0.7096	-0.0642	0.0876	0.7267	0.1212	0.6193	68.1292	-16.2423	45.5953
2	3.8931	-2.487	0.637	0.8217	-0.6147	-0.0197	-0.1173	-0.2569	0.0103	0.1165	0.064	0.0282	-0.063	-0.0191	0	0.3233	-0.0352	-0.0499	0.3649	0.0126	0.5425	38.2426	-8.6729	55.7619
3	4.2438	-0.7699	-0.0816	2.922	-0.642	2.1954	0.2367	0.5257	-0.227	-0.765	-0.0483	0.2095	0.4872	-0.2497	0.0006	0.4564	-0.0534	-0.0307	0.4634	-0.0137	0.3729	4.6151	0.221	36.6654
4	2.4582	-0.358	-0.1811	3.8553	-0.406	3.9949	0.1707	0.2184	-0.2129	-0.1322	-0.003	-0.4563	0.2622	0.406	0.0017	0.4806	0.0514	0.0003	0.4391	-0.0373	0.3429	3.8855	-20.2957	-19.6548
5	1.0239	-0.9219	0.8374	2.1497	-2.1353	4.4367	-0.2064	-0.0929	0.0764	0.1894	0.2366	-0.0667	-0.3974	-0.1731	-0.0016	0.5467	0.0736	0.0409	0.4025	-0.0369	0.383	-2.2397	-33.8352	19.7313
6	0.7085	0.2641	-0.2106	2.4465	-1.0138	1.9851	-0.4752	-0.5301	0.3854	-0.0271	-0.1735	-1.4478	-0.8843	1.5862	-0.1377	1.7336	-0.0764	-0.1562	0.9896	-0.3103	1.1026	12.8747	-30.5366	48.163
7	0.1382	0.0854	-0.2858	0.0768	-0.2452	1.0367	-0.3716	-0.0426	-1.4077	-0.2659	-0.3698	0.1514	1.3266	0.2081	0	0.8831	0.001	0.07	0.5138	-0.0569	0.9397	17.1867	-11.9217	45.2395
8	0.1988	0.0124	0.1611	0.4367	-0.1466	0.2383	-0.0224	0.28	0.745	0.5575	0.0749	-0.347	-0.9015	-0.2976	0.0091	1.1937	0.1004	-0.0511	0.6849	0.0534	0.692	-0.9276	-24.0354	22.2413
9	1.5742	0.3031	0.202	0.2846	-0.0115	0.034	-0.0032	0.1295	0.4696	-0.5145	-0.1584	-0.0898	-0.3631	0.1147	0.0079	1.3162	-0.0974	-0.1018	0.7493	0.0946	1.5097	49.9768	-7.4701	46.0297
10	0.089	0.0689	0.2646	0.2337	0.4073	0.974	-0.2277	-0.9824	-0.1572	1.3303	-0.3231	-0.093	-0.1207	-0.2257	0.0116	1.8033	-0.0188	0.018	1.1848	-0.0774	1.0256	6.9659	-28.2288	-1.0976

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESID 70:133)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESID 134:362)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESID 363:498)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN B AND (RESID 71:222)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN B AND (RESID 223:481)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN B AND (RESID 482:502)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN C AND (RESID 85:96)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN D AND (RESID 85:96)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN E AND (RESID 85:96)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN F AND (RESID 85:96)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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