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- PDB-5b55: Crystal structure of hydrogen sulfide-producing enzyme (Fn1055) D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b55
タイトルCrystal structure of hydrogen sulfide-producing enzyme (Fn1055) D232N mutant in complexed with alpha-aminoacrylate intermediate: lysine-dimethylated form
要素Cysteine synthase
キーワードTRANSFERASE / Pyridoxal 5'-phosphate dependent enzyme / alpha-Aminoacrylate
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rossmann fold - #1100 / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0JO / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Cysteine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum strain ATCC 25586 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Kezuka, Y. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science21791810 日本
Japan Society for the Promotion of Science23792130 日本
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2018
タイトル: Structural insights into the catalytic mechanism of cysteine (hydroxyl) lyase from the hydrogen sulfide-producing oral pathogen,Fusobacterium nucleatum.
著者: Kezuka, Y. / Ishida, T. / Yoshida, Y. / Nonaka, T.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine synthase
B: Cysteine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4678
ポリマ－77,1282
非ポリマー1,3396
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5160 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area24580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.046, 57.127, 94.293
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.89, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 334 / Label seq-ID: 7 - 338

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 Cysteine synthase


分子量: 38564.113 Da / 分子数: 2 / 変異: D232N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum strain ATCC 25586 (バクテリア)
株: ATCC 25586 / 遺伝子: FN1055 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8REP3, cysteine synthase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-0JO / 2-{[(E)-{3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene]amino}prop-2-enoic acid / 2-[[2-メチル-3-ヒドロキシ-5-(ホスホノオキシメチル)-4-ピリジル]メチレンアミノ]プロペン酸


分子量: 316.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13N2O7P
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 24% (w/v) PEG3350, 0.1M Hepes pH 7.5, 0.2M Magnesium chloride hexahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→60.43 Å / Num. obs: 52807 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 20.8
反射 シェル解像度: 2.14→2.2 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B53

5b53


解像度: 2.14→36.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 4.445 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2371 2648 5 %RANDOM
Rwork0.20106 ---
obs0.20288 50143 95.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.482 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.51 Å20 Å2-1.44 Å2
2---0.79 Å20 Å2
3----1.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→36.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5241 0 86 319 5646
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.025453
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025302
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8511.9847341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.362.98312302
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4795677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.03225.305213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.988151077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1241520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2780.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.021101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1082.1842684
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1092.1852680
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0683.2643351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0683.2663350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9662.6232769
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9632.6232769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6753.753985
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.27317.6976432
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.19817.5486324
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 42386 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.14→2.195 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 182 -
Rwork0.203 3684 -
obs--95.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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