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- PDB-5b52: Crystal structure of the N-terminal domain of H-NS family protein TurB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b52
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of H-NS family protein TurB
要素H-NS family protein MvaT
キーワードTRANSCRIPTION / transcriptional regulator / nucleoid associated protein
機能・相同性MvaT, DNA-binding domain / H-NS family protein MvaT
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Kato Memorial Bioscience Foundation 日本
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Structural similarities and differences in H-NS family proteins revealed by the N-terminal structure of TurB in Pseudomonas putida KT2440
著者: Suzuki-Minakuchi, C. / Kawazuma, K. / Matsuzawa, J. / Vasileva, D. / Fujimoto, Z. / Terada, T. / Okada, K. / Nojiri, H.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-NS family protein MvaT
B: H-NS family protein MvaT


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0092
ポリマ－16,0092
非ポリマー00
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2050 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)30.555, 143.350, 75.637
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-110-

HOH

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要素

#1: タンパク質 H-NS family protein MvaT / Transcriptional regulator MvaT


分子量: 8004.292 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-61 / 変異: R8A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas putida (strain KT2440) (バクテリア)
株: KT2440 / 遺伝子: PP_3765 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q88GF9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium acetate, BIS-TRIS propane / PH範囲: 6.9-7.0

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1951
2951
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A11
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A20.9644
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2014年11月24日
ADSC QUANTUM 2702CCD2014年11月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.96441
反射

Entry-ID: 5B52

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.3-100789299.613.90.048157.2
2.8-100448699.813.80.09232.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.3813.40.6324.11100
2.8-2.913.10.9762.72100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
MOLREPモデル構築
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-2000data processing
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→52.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.881 / SU B: 8.811 / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.309 / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29624 344 4.6 %RANDOM
Rwork0.24178 ---
obs0.24457 7109 95.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.261 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å2-0 Å20 Å2
2---0.21 Å2-0 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→52.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数907 0 0 48 955
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.019913
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02947
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9222.021217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8632187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5925115
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.16926.31638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.54315194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.068154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2141
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02997
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.1683.924466
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0843.921465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.3165.845579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.3155.853580
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.6154.63447
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.6094.635448
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other9.4036.661639
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.67129.5661029
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.68629.5231024
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 23 -
Rwork0.29 419 -
obs--77.54 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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