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- PDB-5b4a: Crystal structure of LpxH with lipid X in spacegroup P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4a
タイトルCrystal structure of LpxH with lipid X in spacegroup P21
要素UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
キーワードHYDROLASE / LpxH / Lipid A / Lipid X / UDP-2 / 3-diacylglucosamine
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase activity / glycolipid binding / lipid A biosynthetic process / extrinsic component of plasma membrane / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase LpxH-like / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LP5 / UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.72 Å
データ登録者Okada, C. / Wakabayashi, H. / Yao, M. / Tanaka, I.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the UDP-diacylglucosamine pyrophosphohydrase LpxH from Pseudomonas aeruginosa
著者: Okada, C. / Wakabayashi, H. / Kobayashi, M. / Shinoda, A. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
B: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,9506
ポリマ－57,3422
非ポリマー1,6084
水10,413578
1
A: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4753
ポリマ－28,6711
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area11940 Å2
手法PISA
2
B: UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4753
ポリマ－28,6711
非ポリマー8042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area12890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.016, 108.805, 51.685
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 UDP-2,3-diacylglucosamine hydrolase / UDP-2 / 3-diacylglucosamine pyrophosphatase LpxH / UDP-2 / 3-diacylglucosamine diphosphatase


分子量: 28670.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: lpxH, PA1792 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I2V0, UDP-2,3-diacylglucosamine diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-LP5 / (R)-((2R,3S,4R,5R,6R)-3-HYDROXY-2-(HYDROXYMETHYL)-5-((R)-3-HYDROXYTETRADECANAMIDO)-6-(PHOSPHONOOXY)TETRAHYDRO-2H-PYRAN-4-YL) 3-HYDROXYTETRADECANOATE / 脂質X


分子量: 711.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H66NO12P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.2M L-Proline, 0.1M HEPES pH 7.4, 9.0% PEG 3350, 5% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 57104 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.72→1.78 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.01 / Rsym value: 0.542 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5B49

5b49


解像度: 1.72→25.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.115 / SU ML: 0.069 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18824 2919 5.1 %RANDOM
Rwork0.15968 ---
obs0.1611 54092 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.981 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.72→25.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3950 0 108 578 4636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0194154
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024038
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3751.9735608
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.96839243
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5995485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.91421.388209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.77615686
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.3591558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2601
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214575
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021029
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9681.5531946
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9671.551945
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.762.3172429
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.7592.3212430
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5372.0592208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5362.0592208
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4142.9083180
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.7116.04318209
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.50415.52517586
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.722→1.767 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.281 207 -
Rwork0.261 3942 -
obs--98.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1165-0.0820.07380.5016-0.30330.2983-0.02890.024-0.03230.06590.04530.0398-0.0792-0.0271-0.01630.02390.00370.00490.0151-0.00510.011526.634124.986-3.7676
20.3595-0.23010.03230.25620.08780.1621-0.0152-0.0048-0.00720.00050.00330.01880.0050.02140.01190.00870.0060.00380.0088-0.00090.010740.27470.918420.5523
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 241
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 248

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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