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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b3k | ||||||
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タイトル | C101A mutant of Flavodoxin from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
要素 | Uncharacterized protein PA3435 | ||||||
キーワード | ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / FMN binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Okada, D. / Nakanishi, T. / Kitamura, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: C101A mutant of Flavodoxin from Pseudomonas aeruginosa 著者: Okada, D. / Nakanishi, T. / Kitamura, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b3k.cif.gz | 44.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5b3k.ent.gz | 29.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b3k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5b3k_validation.pdf.gz | 433 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5b3k_full_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5b3k_validation.xml.gz | 9.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5b3k_validation.cif.gz | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/5b3k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/5b3k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15851.837 Da / 分子数: 1 / 変異: C101A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: PA3435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYH1 |
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#2: 化合物 | ChemComp-SO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.36 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 1.9M Ammonium sulfate, 0.1M HEPES sodium, 2% PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 19685 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 20.2 % / Net I/σ(I): 33.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.947 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 1.61 / SU ML: 0.056 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.099 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.399 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.7→20 Å
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拘束条件 |
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