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- PDB-5b2n: Crystal structure of the light-driven chloride ion-pumping rhodop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2n
タイトルCrystal structure of the light-driven chloride ion-pumping rhodopsin, ClP, from Nonlabens marinus
要素Chloride pumping rhodopsin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / RETINAL / CELL-FREE SYNTHESIS / LIGHT-DRIVEN CHLORIDE PUMP / membrane protein
機能・相同性
機能・相同性情報


photoreceptor activity / phototransduction / membrane
類似検索 - 分子機能
Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / DODECANE / HEXANE / N-OCTANE / RETINAL / Chloride pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.581 Å
データ登録者Hosaka, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Structural Mechanism for Light-driven Transport by a New Type of Chloride Ion Pump, Nonlabens marinus Rhodopsin-3
著者: Hosaka, T. / Yoshizawa, S. / Nakajima, Y. / Ohsawa, N. / Hato, M. / DeLong, E.F. / Kogure, K. / Yokoyama, S. / Kimura-Someya, T. / Iwasaki, W. / Shirouzu, M.
履歴
登録2016年1月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月7日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,59815
ポリマ－30,7111
非ポリマー1,88714
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3300 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area12150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.580, 49.790, 75.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Chloride pumping rhodopsin


分子量: 30710.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
遺伝子: ClR, NMS_1267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W8VZW3

-
非ポリマー , 7種, 110分子

#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#5: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#6: 化合物 ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#7: 化合物 ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl (pH 8.0), 450mM ammonium formate, 40% polyethylene glycol 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→37.38 Å / Num. obs: 38990 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 19.65 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 1.022 / Net I/σ(I): 11.57 / Num. measured all: 159713
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.58-1.640.7260.8621.6625504636662030.98897.4
1.64-1.790.8530.5622.7624273593258420.64498.5
1.79-1.940.940.3215.0722808556154970.36898.8
1.94-2.120.9760.1818.720962512450630.20898.8
2.12-2.370.9890.10613.6819117469046460.12299.1
2.37-2.730.9940.07218.4816557409840630.08399.1
2.73-3.340.9960.05223.9413823349634570.0698.9
3.34-4.710.9970.03830.510565273326880.04498.4
4.710.9980.03332.376103157715300.03897

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation1.58 Å37.38 Å
Translation6.24 Å37.38 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX(1.10.1_2155: 000)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AWZ

5awz


解像度: 1.581→37.38 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1975 1955 5.02 %Random selection
Rwork0.1758 37007 --
obs0.1769 38962 98.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.35 Å2 / Biso mean: 23.2188 Å2 / Biso min: 11.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.581→37.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2064 0 131 96 2291
Biso mean--38.48 37.51 -
残基数----263
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062251
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8683015
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05340
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005354
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2881293
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5809-1.62040.35651430.35042598X-RAY DIFFRACTION97
1.6204-1.66420.34941350.2882594X-RAY DIFFRACTION98
1.6642-1.71320.27661400.2542632X-RAY DIFFRACTION98
1.7132-1.76850.2461370.22852586X-RAY DIFFRACTION99
1.7685-1.83170.23441380.19752646X-RAY DIFFRACTION99
1.8317-1.90510.211380.17892599X-RAY DIFFRACTION99
1.9051-1.99180.19861440.17592642X-RAY DIFFRACTION99
1.9918-2.09680.21561380.14782679X-RAY DIFFRACTION99
2.0968-2.22810.17281350.14362635X-RAY DIFFRACTION100
2.2281-2.40010.17541480.14782641X-RAY DIFFRACTION100
2.4001-2.64160.16781370.14462681X-RAY DIFFRACTION100
2.6416-3.02370.14931410.14872675X-RAY DIFFRACTION100
3.0237-3.80890.16921430.16812671X-RAY DIFFRACTION99
3.8089-37.39060.221380.19342728X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5908-0.15772.150.4109-0.13614.65550.04920.08130.0177-0.0794-0.0532-0.0166-0.01280.14960.02260.1589-0.00690.02040.1710.01060.191940.196718.7644-9.0983
20.66430.09090.37220.6454-0.04563.4031-0.0041-0.0462-0.06570.0064-0.0017-0.04320.1805-0.0673-0.00360.1216-0.01590.01980.09930.00390.154232.94214.95592.8199
32.1518-0.33161.03880.5484-0.97641.85210.0774-0.18630.06610.12580.00620.0065-0.20310.04680.00650.1526-0.0250.03810.1273-0.01890.161937.753219.57758.4708
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 91 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 92 through 216 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 264 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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