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- PDB-5b2g: Crystal structure of human claudin-4 in complex with C-terminal f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b2g
タイトルCrystal structure of human claudin-4 in complex with C-terminal fragment of Clostridium perfringens enterotoxin
要素
  • Endolysin,Claudin-4
  • Heat-labile enterotoxin B chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Complex / Cell-free protein expression system
機能・相同性
機能・相同性情報


paracellular transport / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / renal absorption / chloride channel activity ...paracellular transport / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / Tight junction interactions / bicellular tight junction assembly / apicolateral plasma membrane / regulation of cell morphogenesis / tight junction / positive regulation of wound healing / renal absorption / chloride channel activity / lateral plasma membrane / bicellular tight junction / establishment of skin barrier / chloride channel complex / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / response to progesterone / basal plasma membrane / female pregnancy / circadian rhythm / cell wall macromolecule catabolic process / cell-cell junction / lysozyme / transmembrane signaling receptor activity / lysozyme activity / toxin activity / host cell cytoplasm / cell adhesion / defense response to bacterium / positive regulation of cell migration / apical plasma membrane / structural molecule activity / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Jelly Rolls - #1050 / Claudin-4 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily ...Jelly Rolls - #1050 / Claudin-4 / Claudin / Claudin, conserved site / Claudin family signature. / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 - #150 / Clostridium enterotoxin / Clostridium enterotoxin / PMP-22/EMP/MP20/Claudin family / PMP-22/EMP/MP20/Claudin superfamily / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Jelly Rolls / Up-down Bundle / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Claudin-4 / Endolysin / Heat-labile enterotoxin B chain
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Shinoda, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Yokoyama, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Target Proteins Research Program 日本
Platform for Drug Discovery, Information, and Structural Life Science 日本
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)25840028 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for disruption of claudin assembly in tight junctions by an enterotoxin
著者: Shinoda, T. / Shinya, N. / Ito, K. / Ohsawa, N. / Terada, T. / Hirata, K. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Kimura-Someya, T. / Yokoyama, S. / Shirouzu, M.
履歴
登録2016年1月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Source and taxonomy
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Claudin-4
B: Heat-labile enterotoxin B chain
C: Endolysin,Claudin-4
D: Heat-labile enterotoxin B chain
E: Endolysin,Claudin-4
F: Heat-labile enterotoxin B chain
G: Endolysin,Claudin-4
H: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)221,1618
ポリマ－221,1618
非ポリマー00
水00
1
A: Endolysin,Claudin-4
B: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2902
ポリマ－55,2902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24870 Å2
手法PISA
2
C: Endolysin,Claudin-4
D: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2902
ポリマ－55,2902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24080 Å2
手法PISA
3
E: Endolysin,Claudin-4
F: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2902
ポリマ－55,2902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25700 Å2
手法PISA
4
G: Endolysin,Claudin-4
H: Heat-labile enterotoxin B chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2902
ポリマ－55,2902
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2450 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area23970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.920, 105.920, 244.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
Endolysin,Claudin-4 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Clostridium perfringens enterotoxin receptor / CPE-receptor ...Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Clostridium perfringens enterotoxin receptor / CPE-receptor / Williams-Beuren syndrome chromosomal region 8 protein


分子量: 39410.793 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-162,UNP residues 1-183 / 変異: R1012G, C1054T, C1097A, I1137R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CLDN4, CPER, CPETR1, WBSCR8
詳細 (発現宿主): Sample was prepared by the E.coli cell-free protein synthesis system
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00720, UniProt: O14493, lysozyme
#2: タンパク質
Heat-labile enterotoxin B chain


分子量: 15879.505 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 187-319 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: cpe
詳細 (発現宿主): Sample was prepared by the E.coli cell-free protein synthesis system
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01558
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.07 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 75mM MES-NaOH, 20% PEG3350, 7-10% 1,6-hexanediol, 0.002% NaN3, 0.0005% 2,6-di-t-butyl-p-cresol, 150mM NaCl
PH範囲: 5.0 - 5.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 76023 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.56 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 6.63

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AM2

3am2


解像度: 3.5→48.589 Å / SU ML: 0.8 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 34.28 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3087 1686 5 %
Rwork0.2881 --
obs0.2892 38500 99.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→48.589 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14200 0 0 0 14200
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00514453
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17219596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0018592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562279
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032451
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5001-3.60310.42011410.37192667X-RAY DIFFRACTION100
3.6031-3.71930.38061400.34212659X-RAY DIFFRACTION100
3.7193-3.85220.34571410.30872692X-RAY DIFFRACTION100
3.8522-4.00640.33061390.30142643X-RAY DIFFRACTION100
4.0064-4.18860.33971420.30262685X-RAY DIFFRACTION100
4.1886-4.40930.33221410.27172690X-RAY DIFFRACTION100
4.4093-4.68540.29541400.25612649X-RAY DIFFRACTION100
4.6854-5.04680.28621420.26542694X-RAY DIFFRACTION100
5.0468-5.5540.30741400.28052675X-RAY DIFFRACTION100
5.554-6.35620.31211400.29812654X-RAY DIFFRACTION100
6.3562-8.00230.30271420.29862698X-RAY DIFFRACTION100
8.0023-48.59370.26071380.27172646X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.7097 Å / Origin y: -12.0877 Å / Origin z: -5.8343 Å
111213212223313233
T0.6668 Å2-0.1375 Å2-0.0211 Å2-0.5246 Å20.0034 Å2--0.6044 Å2
L0.8428 °2-0.1101 °20.1304 °2-0.3249 °2-0.0666 °2--0.5833 °2
S0.0254 Å °0.0607 Å °0.1672 Å °-0.0199 Å °0.0345 Å °-0.1502 Å °-0.1774 Å °0.0948 Å °-0.0672 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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