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万見
- PDB-5b25: Crystal structure of human PDE1B with inhibitor 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b25
タイトルCrystal structure of human PDE1B with inhibitor 3
要素Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Hydrolase / Inhibitor / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / serotonin metabolic process / dopamine catabolic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Cam-PDE 1 activation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / cGMP effects / monocyte differentiation ...calmodulin-activated dual specificity 3',5'-cyclic-GMP, 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / calmodulin-activated 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / cellular response to macrophage colony-stimulating factor stimulus / serotonin metabolic process / dopamine catabolic process / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / Cam-PDE 1 activation / 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase / cGMP effects / monocyte differentiation / 3',5'-cyclic-GMP phosphodiesterase activity / 3',5'-cyclic-AMP phosphodiesterase activity / response to amphetamine / cAMP-mediated signaling / locomotory behavior / visual learning / G alpha (s) signalling events / calmodulin binding / neuronal cell body / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. ...3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase N-terminal / Catalytic domain of cyclic nucleotide phosphodiesterase 4b2b / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, conserved site / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase, catalytic domain superfamily / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain signature. / 3'5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase domain profile. / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4QJ / Dual specificity calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ida, K. / Lane, W. / Snell, G. / Sogabe, S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: Discovery of Potent and Selective Inhibitors of Phosphodiesterase 1 for the Treatment of Cognitive Impairment Associated with Neurodegenerative and Neuropsychiatric Diseases
著者: Li, P. / Zheng, H. / Zhao, J. / Zhang, L. / Yao, W. / Zhu, H. / Beard, J.D. / Ida, K. / Lane, W. / Snell, G. / Sogabe, S. / Heyser, C.J. / Snyder, G.L. / Hendrick, J.P. / Vanover, K.E. / ...著者: Li, P. / Zheng, H. / Zhao, J. / Zhang, L. / Yao, W. / Zhu, H. / Beard, J.D. / Ida, K. / Lane, W. / Snell, G. / Sogabe, S. / Heyser, C.J. / Snyder, G.L. / Hendrick, J.P. / Vanover, K.E. / Davis, R.E. / Wennogle, L.P.
履歴
登録2016年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
B: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
C: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
D: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,38334
ポリマ－154,2974
非ポリマー4,08630
水16,412911
1
A: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5488
ポリマ－38,5741
非ポリマー9747
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6409
ポリマ－38,5741
非ポリマー1,0668
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6449
ポリマ－38,5741
非ポリマー1,0708
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5528
ポリマ－38,5741
非ポリマー9787
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)102.875, 102.875, 294.848
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-899-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Calcium/calmodulin-dependent 3',5'-cyclic nucleotide phosphodiesterase 1B / Cam-PDE 1B


分子量: 38574.164 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 146-506 / 変異: DEL449-471 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDE1B, PDE1B1, PDES1B / プラスミド: pE-SUMOpro Amp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q01064, 3',5'-cyclic-nucleotide phosphodiesterase

-
非ポリマー , 6種, 941分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-4QJ / (11R,15S)-4-{[4-(6-fluoropyridin-2-yl)phenyl]methyl}-8-methyl-5-(phenylamino)-1,3,4,8,10-pentaazatetracyclo[7.6.0.02,6.011,15]pentadeca-2,5,9-trien-7-one / ITI-214


分子量: 507.561 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H26FN7O
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.66 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.75 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.976486 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976486 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 125166 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.102 / Χ2: 1.011 / Net I/av σ(I): 16.157 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 723862
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.9-1.935.80.94861531.154100
1.93-1.975.80.76861610.939100
1.97-2.015.90.57761400.922100
2.01-2.055.90.50361810.955100
2.05-2.095.80.43761871.138100
2.09-2.145.90.37261920.98100
2.14-2.195.90.29861660.967100
2.19-2.255.80.28561861.176100
2.25-2.325.80.25561941.025100
2.32-2.395.90.19162270.98100
2.39-2.485.80.16561830.98100
2.48-2.585.90.14862360.984100
2.58-2.75.80.13162321.023100
2.7-2.845.80.10262500.989100
2.84-3.025.80.0962620.99100
3.02-3.255.80.07662920.998100
3.25-3.585.70.07163151.012100
3.58-4.095.60.0663621.035100
4.09-5.165.50.04264570.986100
5.16-505.50.0367900.9999.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.15データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1TAZ

1taz


解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / WRfactor Rfree: 0.1933 / WRfactor Rwork: 0.164 / FOM work R set: 0.8524 / SU B: 6.094 / SU ML: 0.089 / SU R Cruickshank DPI: 0.1361 / SU Rfree: 0.1243 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.124 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2028 6291 5 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
obs0.1732 118725 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 123.35 Å2 / Biso mean: 27.414 Å2 / Biso min: 11.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.49 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.49 Å2-0 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10704 0 258 911 11873
Biso mean--30.63 34.15 -
残基数----1331
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.361.96415336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.14951361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.64724.258519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.753151939
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.51557
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.21749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218613
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9282.4625354
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.924.1286694
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2812.9145922
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 434 -
Rwork0.28 8566 -
all-9000 -
obs--98.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6489-0.0553-0.08450.4259-0.02380.91650.0021-0.0154-0.00030.03150.0076-0.0179-0.04630.0511-0.00970.0279-0.0061-0.01950.0264-0.01350.027128.274313.835517.5793
20.48940.1503-0.03270.640.09281.00240.0131-0.0347-0.02290.0544-0.00480.01330.04880.0382-0.00830.02340.0096-0.00170.01730.01140.015515.358374.057515.8602
30.6005-0.1288-0.13330.67140.15570.91780.01270.02430.0216-0.07860.0057-0.03880.03090.0181-0.01840.0370.004-0.00480.0072-0.00550.009637.266524.42753.7363
40.62440.18790.02190.7010.1761.1841-0.00520.05830.0032-0.0310.02950.0096-0.0027-0.0663-0.02430.0102-0.0029-0.01240.02150.01290.023523.996167.366455.2293
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A149 - 506
2X-RAY DIFFRACTION1A601 - 602
3X-RAY DIFFRACTION1A603
4X-RAY DIFFRACTION2B149 - 503
5X-RAY DIFFRACTION2B601 - 602
6X-RAY DIFFRACTION2B603
7X-RAY DIFFRACTION3C149 - 503
8X-RAY DIFFRACTION3C601 - 602
9X-RAY DIFFRACTION3C603
10X-RAY DIFFRACTION4D149 - 503
11X-RAY DIFFRACTION4D601 - 602
12X-RAY DIFFRACTION4D603

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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