+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5b1q | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human herpesvirus 6B tegument protein U14 | ||||||
要素 | U14 protein | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / Herpesvirus / Tegument / Homodimer | ||||||
機能・相同性 | Herpesvirus phosphoprotein 85 (HHV6-7 U14/HCMV UL25) / Herpesvirus phosphoprotein 85 (HHV6-7 U14/HCMV UL25) / U14 protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Human herpesvirus 6B | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.85 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, B. / Nishimura, M. / Tang, H. / Kawabata, A. / Mahmoud, N.F. / Khanlari, Z. / Hamada, D. / Tsuruta, H. / Mori, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016 タイトル: Crystal Structure of Human Herpesvirus 6B Tegument Protein U14. 著者: Wang, B. / Nishimura, M. / Tang, H. / Kawabata, A. / Mahmoud, N.F. / Khanlari, Z. / Hamada, D. / Tsuruta, H. / Mori, Y. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5b1q.cif.gz | 217.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5b1q.ent.gz | 171.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5b1q.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5b1q_validation.pdf.gz | 450.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5b1q_full_validation.pdf.gz | 455.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5b1q_validation.xml.gz | 44.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5b1q_validation.cif.gz | 68.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/5b1q | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52669.332 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-458 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human herpesvirus 6B (strain HST) (ヘルペスウイルス) 株: HST / 遺伝子: U14 / プラスミド: pMAL-C2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WT50 #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 0.2M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 16-18% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→46.68 Å / Num. obs: 93926 / % possible obs: 99.75 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08735 / Net I/σ(I): 18.04 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.575 / Mean I/σ(I) obs: 3.39 / % possible all: 99.13 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.85→46.68 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.21 / 位相誤差: 21.5 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.68 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|