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万見
- PDB-5b1j: Crystal structure of the electron-transfer complex of copper nitr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b1j
タイトルCrystal structure of the electron-transfer complex of copper nitrite reductase with a cupredoxin
要素
  • Blue copper protein
  • Copper-containing nitrite reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/ELECTRON TRANSPORT / complex / copper nitrite reductase / electron transfer / OXIDOREDUCTASE-ELECTRON TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / ferroxidase activity / nitrate assimilation / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Nitrite reductase, copper-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal ...Pseudoazurin / Amicyanin/Pseudoazurin / Blue (type 1) copper protein, plastocyanin-type / Nitrite reductase, copper-type / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Blue copper protein / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Nojiri, M. / Koteishi, H. / Yoneda, R. / Hira, D.
引用Book title: Metalloenzymes in denitrification: Applications and Environmental impacts
ジャーナル: Metalloenzymes in denitrification: Applications and Environmental impacts
年: 2016
タイトル: Structure and Function of Copper Nitrite Reductase
著者: Nojiri, M.
履歴
登録2015年12月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-containing nitrite reductase
B: Copper-containing nitrite reductase
C: Blue copper protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0498
ポリマ－86,7323
非ポリマー3185
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area35600 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)153.226, 153.226, 153.226
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Copper-containing nitrite reductase / Dissimilatory copper-containing nitrite reductase / Nitrite Reductase (NiR)


分子量: 36570.527 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 25-360 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
参照: UniProt: O68601, nitrite reductase (NO-forming)
#2: タンパク質 Blue copper protein / pseudoazurin


分子量: 13590.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Hyphomicrobium denitrificans (バクテリア)
参照: UniProt: A7VL37
#3: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.42 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, potassium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→19.1 Å / Num. obs: 23931 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1oe1

1oe1


解像度: 3→19.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 15.431 / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23279 1217 5.1 %RANDOM
Rwork0.17135 ---
obs0.17453 22698 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.345 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3→19.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6050 0 5 0 6055
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0196210
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025889
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5691.9518446
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.817313596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8925789
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.60724.672259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.8715988
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.2731521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217047
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021364
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2835.2063165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2815.2053164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1827.8023951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1837.8033952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2095.463045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2095.463045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1118.0694495
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.24141.1616715
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.24141.1656716
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.003→3.081 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 82 -
Rwork0.267 1690 -
obs--99.16 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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