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- PDB-5b0w: Crystal structure of the 11-cis isomer of pharaonis halorhodopsin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b0w
タイトルCrystal structure of the 11-cis isomer of pharaonis halorhodopsin in the absence of halide ions
要素Halorhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / seven trans-membrane helices / retinylidene protein / light-driven chloride ion pump microbial rhodopsin
機能・相同性Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha / BACTERIORUBERIN / ISOLEUCINE / Chem-L3P / RETINAL / :
機能・相同性情報
生物種Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kouyama, T. / Chan, S.K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
日本
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the 11-cis Isomer of Pharaonis Halorhodopsin: Structural Constraints on Interconversions among Different Isomeric States
著者: Chan, S.K. / Kawaguchi, H. / Kubo, H. / Murakami, M. / Ihara, K. / Maki, K. / Kouyama, T.
履歴
登録2015年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
D: Halorhodopsin
E: Halorhodopsin
F: Halorhodopsin
G: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,88527
ポリマ－185,8516
非ポリマー10,03521
水7,999444
1
A: Halorhodopsin
B: Halorhodopsin
D: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,40114
ポリマ－92,9253
非ポリマー5,47611
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: Halorhodopsin
F: Halorhodopsin
G: Halorhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,48413
ポリマ－92,9253
非ポリマー4,55910
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.320, 97.930, 101.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-425-

HOH

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABDEFG

#1: タンパク質
Halorhodopsin


分子量: 30975.096 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Natronomonas pharaonis DSM 2160 (古細菌)
株: DSM 2160 / 参照: UniProt: Q3ITX1
#5: 糖
ChemComp-BNG / nonyl beta-D-glucopyranoside / Beta-NONYLGLUCOSIDE / nonyl beta-D-glucoside / nonyl D-glucoside / nonyl glucoside / ノニルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 306.395 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H30O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-nonylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 458分子

#2: 化合物
ChemComp-RET / RETINAL / 7-cis-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O
#3: 化合物 ChemComp-22B / BACTERIORUBERIN


分子量: 741.136 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C50H76O4
#4: 化合物
ChemComp-L3P / 2,3-DI-O-PHYTANLY-3-SN-GLYCERO-1-PHOSPHORYL-3'-SN-GLYCEROL-1'-PHOSPHATE


分子量: 885.179 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H94O11P2
#6: 化合物 ChemComp-ILE / ISOLEUCINE / イソロイシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 23.67 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: A mixture solution containing 3mg/ml halorhodopsin, 1M ammonium sulfate, 0.1M NaCl, 0.1 M sodium citrate, and 5.7mg/ml nonylglucoside was concentrated by the sitting-drop vapor diffusion ...詳細: A mixture solution containing 3mg/ml halorhodopsin, 1M ammonium sulfate, 0.1M NaCl, 0.1 M sodium citrate, and 5.7mg/ml nonylglucoside was concentrated by the sitting-drop vapor diffusion method. Before data collection, the crystal was soaked in an alkaline solution containing no halide ions, illuminated with red light, and then soaked in a solution at pH 7.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月11日
放射モノクロメーター: silicon crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50.7 Å / Num. obs: 125077 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 2.5 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 17.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 81.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLMデータ収集
iMOSFLMdata processing
SCALAデータスケーリング
XTALVIEWモデル構築
MOLREP位相決定
CNS1.21精密化
SCALAデータ削減
精密化解像度: 1.7→15 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2154 5461 4.2 %
Rwork0.202 --
obs-124943 96.7 %
溶媒の処理Bsol: 93.7278 Å2
原子変位パラメータBiso max: 112.27 Å2 / Biso mean: 22.3454 Å2 / Biso min: 8.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.568 Å20 Å22.017 Å2
2--0.483 Å20 Å2
3----2.051 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11774 0 432 444 12650
Biso mean--58.72 26.25 -
残基数----1559
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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