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万見
- PDB-5b0u: Crystal structure of the mutated 19 kDa protein of Oplophorus luc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b0u
タイトルCrystal structure of the mutated 19 kDa protein of Oplophorus luciferase (nanoKAZ)
要素Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / Oplophorus luciferase
機能・相同性Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase activity / bioluminescence / Calycin / extracellular region / Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
機能・相同性情報
生物種Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Tomabechi, Y. / Ehara, H. / Sekine, S.I. / Shirouzu, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of nanoKAZ: The mutated 19 kDa component of Oplophorus luciferase catalyzing the bioluminescent reaction with coelenterazine
著者: Tomabechi, Y. / Hosoya, T. / Ehara, H. / Sekine, S. / Shirouzu, M. / Inouye, S.
履歴
登録2015年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 1.22016年2月10日Group: Database references
改定 1.32020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit
B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0352
ポリマ－43,0352
非ポリマー00
水5,981332
1
A: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5181
ポリマ－21,5181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5181
ポリマ－21,5181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.067, 79.067, 123.425
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-361-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Oplophorus-luciferin 2-monooxygenase catalytic subunit / 19 kDa protein of Oplophorus luciferase / nanoKAZ


分子量: 21517.520 Da / 分子数: 2
変異: A4E, Q11R, Q18L, L27V, A33N, K43R, V44I, A54I, F68D, L72Q, M75K,I90V, P115E, Q124K, Y138I, N166R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oplophorus gracilirostris (甲殻類)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GV45
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.1 M di-ammonium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 47630 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14.2 % / Net I/σ(I): 33.17
反射 シェル解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.948 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX1.9_1690精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.71→48.648 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2264 1805 4.2 %
Rwork0.2013 41202 -
obs0.2024 43007 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 90.32 Å2 / Biso mean: 30.6785 Å2 / Biso min: 13.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→48.648 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2688 0 0 332 3020
Biso mean---37.14 -
残基数----339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092748
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2253731
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005479
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.267989
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.71-1.75630.28071360.25613110X-RAY DIFFRACTION100
1.7563-1.80790.2761370.24053137X-RAY DIFFRACTION100
1.8079-1.86630.24391350.2263088X-RAY DIFFRACTION100
1.8663-1.9330.25661380.22113138X-RAY DIFFRACTION100
1.933-2.01040.23051360.21613122X-RAY DIFFRACTION100
2.0104-2.10190.23421380.20883117X-RAY DIFFRACTION100
2.1019-2.21270.22671370.20623146X-RAY DIFFRACTION100
2.2127-2.35130.23581380.20813146X-RAY DIFFRACTION100
2.3513-2.53290.21251390.20763172X-RAY DIFFRACTION100
2.5329-2.78770.24011400.20623172X-RAY DIFFRACTION100
2.7877-3.19110.25231400.20373211X-RAY DIFFRACTION100
3.1911-4.02010.22331420.1863241X-RAY DIFFRACTION100
4.0201-100.19651490.18753402X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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