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万見
- PDB-5b04: Crystal structure of the eukaryotic translation initiation factor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b04
タイトルCrystal structure of the eukaryotic translation initiation factor 2B from Schizosaccharomyces pombe
要素
  • (Probable translation initiation factor eIF-2B subunit ...) x 4
  • Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
キーワードTRANSLATION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Recycling of eIF2:GDP / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / cytoplasmic translational initiation / guanyl-nucleotide exchange factor complex / negative regulation of TORC1 signaling / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / translational initiation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal ...Methylthioribose-1-phosphate isomerase, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha, N-terminal / : / : / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, N-terminal / Translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon, W2 domain / : / : / Initiation factor 2B-related / Initiation factor 2B-like, C-terminal / Initiation factor 2 subunit family / eIF4-gamma/eIF5/eIF2-epsilon / Domain at the C-termini of GCD6, eIF-2B epsilon, eIF-4 gamma and eIF-5 / W2 domain / W2 domain profile. / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / NagB/RpiA transferase-like / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Translation initiation factor eIF2B subunit epsilon / Translation initiation factor eIF2B subunit gamma / Translation initiation factor eIF2B subunit delta / Translation initiation factor eIF2B subunit alpha / Translation initiation factor eIF2B subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.994 Å
データ登録者Kashiwagi, K. / Ito, T. / Yokoyama, S.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of eukaryotic translation initiation factor 2B
著者: Kashiwagi, K. / Takahashi, M. / Nishimoto, M. / Hiyama, T.B. / Higo, T. / Umehara, T. / Sakamoto, K. / Ito, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
B: Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha
C: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit beta
D: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit beta
E: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
F: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit gamma
G: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit delta
H: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit delta
I: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
J: Probable translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)521,52019
ポリマ－520,66610
非ポリマー8559
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43360 Å2
ΔGint-301 kcal/mol
Surface area142050 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.495, 209.234, 223.534
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Probable translation initiation factor eIF-2B subunit ... , 4種, 8分子 CDEFGHIJ

#2: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit beta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit beta


分子量: 43897.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif222, SPAC343.14c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UT76
#3: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit gamma / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit gamma


分子量: 50551.934 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif223, SPAC4D7.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56288
#4: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit delta / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit delta


分子量: 51652.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif224, SPAC21E11.06 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q09924
#5: タンパク質 Probable translation initiation factor eIF-2B subunit epsilon / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit epsilon


分子量: 76413.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif225, SPAC8C9.15c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56287

-
タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 11分子 AB

#1: タンパク質 Translation initiation factor eIF-2B subunit alpha / eIF-2B GDP-GTP exchange factor subunit alpha


分子量: 37817.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: tif221, SPCC11E10.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9USP0
#6: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG200MME, sodium chloride, Na/K phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→49.29 Å / Num. obs: 136112 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.994→49.29 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2713 6808 5 %
Rwork0.2223 129253 -
obs0.2247 136061 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 202.51 Å2 / Biso mean: 86.4482 Å2 / Biso min: 26.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.994→49.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数28539 0 45 0 28584
Biso mean--86.54 --
残基数----3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00729080
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4439405
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0834616
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0065032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2410773
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.9935-3.02750.42131950.40843885408090
3.0275-3.06310.43482240.37542324456100
3.0631-3.10050.41842300.371342864516100
3.1005-3.13970.38082250.352243034528100
3.1397-3.1810.33882320.30642254457100
3.181-3.22460.34612370.304142754512100
3.2246-3.27060.3212440.28742584502100
3.2706-3.31950.35772130.289143224535100
3.3195-3.37130.35662130.291942794492100
3.3713-3.42660.36162070.287343274534100
3.4266-3.48560.34782210.274142984519100
3.4856-3.5490.3432190.263943094528100
3.549-3.61730.31562310.249442774508100
3.6173-3.69110.27392350.245242984533100
3.6911-3.77130.2952310.233442614492100
3.7713-3.8590.27442540.218643054559100
3.859-3.95550.29032280.222442794507100
3.9555-4.06240.28922300.21843294559100
4.0624-4.18180.24532230.200743264549100
4.1818-4.31670.21872160.193843024518100
4.3167-4.47090.20062160.188443564572100
4.4709-4.64980.23172190.182943474566100
4.6498-4.86120.24332380.182543164554100
4.8612-5.11730.22452280.195843424570100
5.1173-5.43750.2792270.206843414568100
5.4375-5.85670.28092030.223643984601100
5.8567-6.4450.27362410.227243614602100
6.445-7.37490.32430.21544004643100
7.3749-9.28150.20292290.169844464675100
9.2815-49.29840.22192560.18754570482699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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