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万見
- PDB-5b00: Structure of the prenyltransferase MoeN5 in complex with geranyl ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b00
タイトルStructure of the prenyltransferase MoeN5 in complex with geranyl pyrophosphate
要素MoeN5
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase / alpha-helical fold
機能・相同性Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / GERANYL DIPHOSPHATE / MoeN5
機能・相同性情報
生物種Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Ko, T.-P. / Zhang, L. / Chen, C.-C. / Guo, R.-T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Moenomycin Biosynthesis: Structure and Mechanism of Action of the Prenyltransferase MoeN5.
著者: Zhang, L. / Chen, C.C. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Zheng, Y. / Liu, W. / Wang, I. / Malwal, S.R. / Feng, X. / Wang, K. / Huang, C.H. / Hsu, S.T. / Wang, A.H. / Oldfield, E. / Guo, R.T.
履歴
登録2015年10月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MoeN5
B: MoeN5
C: MoeN5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,7186
ポリマ－96,7753
非ポリマー9433
水3,441191
1
A: MoeN5
ヘテロ分子

A: MoeN5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1454
ポリマ－64,5172
非ポリマー6282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20060 Å2
手法PISA
2
B: MoeN5
C: MoeN5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1454
ポリマ－64,5172
非ポリマー6282
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5180 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area19980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)206.850, 58.547, 92.678
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 MoeN5 / prenyltransferase


分子量: 32258.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ghanaensis (バクテリア)
遺伝子: moeN5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A010
#2: 化合物 ChemComp-GPP / GERANYL DIPHOSPHATE / ピロりん酸ネリル


分子量: 314.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20O7P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 191 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.57 % / 解説: hicup uppsala
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1 / 詳細: 0.2 M Na2HPO4, 16% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→25 Å / Num. obs: 23648 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.95→25 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.337 1053 5 %Random
Rwork0.287 ---
obs-21519 90.8 %-
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.67 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 1.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.95→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5985 0 57 191 6233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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