PDB-5ayd: Crystal structure of Ruminococcus albus beta-(1,4)-mannooligosacc...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ayd

タイトル

Crystal structure of Ruminococcus albus beta-(1,4)-mannooligosaccharide phosphorylase (RaMP2) in complexes with phosphate

要素

Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / Glycoside hydrolase family 130

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase /

glycosyltransferase activity / cell wall organization / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Ruminococcus albus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Ye, Y. / Saburi, W. / Kato, K. / Yao, M.

引用

ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2016
タイトル: Structural insights into the difference in substrate recognition of two mannoside phosphorylases from two GH130 subfamilies.
著者: Ye, Y. / Saburi, W. / Odaka, R. / Kato, K. / Sakurai, N. / Komoda, K. / Nishimoto, M. / Kitaoka, M. / Mori, H. / Yao, M.

履歴

登録	2015年8月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月6日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ayd.cif.gz	424.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ayd.ent.gz	346.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ayd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ayd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ay9C 5aycC 5ayeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5aye-d 4udj-d 1cev-2 1vkd-4 5cev-2 4udi-d 4cev-2 2cev-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

B: Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

C: Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

D: Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

E: Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

F: Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase

ヘテロ分子

231 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.678, 166.181, 92.969
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 118.91, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase / RaMP2 分子量: 38352.293 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-335 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ruminococcus albus (strain ATCC 27210 / DSM 20455 / JCM 14654 / NCDO 2250 / 7) (バクテリア) 株: ATCC 27210 / DSM 20455 / JCM 14654 / NCDO 2250 / 7 / 遺伝子: Rumal_0099 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: E6UBR9, beta-1,4-mannooligosaccharide phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.72 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.84 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Ammonium phosphate, 0.1M Tris-HCl buffer, 50%(v/v) MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→44.76 Å / Num. obs: 109233 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 9.75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
XDS		data processing
Coot		精密化
PHENIX		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.3→44.757 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.78 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	5436	5 %
R_work	0.1676	-	-
obs	0.1698	108719	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.757 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16200	0	30	1212	17442

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	16746
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	22782
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.491	5988
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	2322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2946

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.3261	0.2296	179	0.2124	3403	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3261-2.3535	0.3054	180	0.2168	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3535-2.3822	0.2869	181	0.2259	3443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3822-2.4124	0.303	178	0.2244	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4124-2.4441	0.2716	184	0.2109	3483	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4441-2.4776	0.2665	179	0.2141	3415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4776-2.513	0.2936	182	0.2114	3454	X-RAY DIFFRACTION	100
2.513-2.5505	0.2672	180	0.2146	3424	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5505-2.5903	0.2543	182	0.2029	3448	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5903-2.6328	0.2572	179	0.2071	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6328-2.6782	0.2749	183	0.2191	3452	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6782-2.7269	0.2485	180	0.2052	3435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7269-2.7793	0.2794	181	0.2028	3423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7793-2.836	0.2346	182	0.191	3457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.836-2.8977	0.2514	183	0.1848	3475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8977-2.9651	0.212	179	0.1768	3406	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9651-3.0392	0.2503	181	0.185	3438	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0392-3.1214	0.2346	182	0.1802	3467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1214-3.2132	0.2193	181	0.1734	3437	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2132-3.3169	0.2054	182	0.1654	3460	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3169-3.4354	0.2043	180	0.1634	3422	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4354-3.5729	0.1909	181	0.1529	3436	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5729-3.7354	0.1935	182	0.1578	3451	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7354-3.9323	0.1838	180	0.147	3419	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9323-4.1785	0.1659	180	0.133	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1785-4.5008	0.1681	183	0.1254	3478	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5008-4.9532	0.1556	182	0.128	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9532-5.6687	0.1714	183	0.1389	3473	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6687-7.1373	0.182	183	0.1496	3484	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1373-44.7657	0.1875	184	0.1529	3502	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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