PDB-5axf: Crystal Structure Analysis of DNA Duplexes containing sulfoamide-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5axf

タイトル

Crystal Structure Analysis of DNA Duplexes containing sulfoamide-bridged nucleic acid (SuNA-NMe)

要素

DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LSM)P*AP*CP*GP*C)-3')

キーワード

DNA / A-FORM DNA / SULFONAMIDE-BRIDGED NUCLEIC ACID / SuNA[NMe] / ANTISENSE

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.13 Å

データ登録者

Mitsuoka, Y. / Aoyama, H. / Kugimiya, A. / Fujimura, Y. / Yamamoto, T. / Waki, R. / Wada, F. / Tahara, S. / Sawamura, M. / Noda, M. ...

引用

ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Effect of an N-substituent in sulfonamide-bridged nucleic acid (SuNA) on hybridization ability and duplex structure.
著者: Mitsuoka, Y. / Aoyama, H. / Kugimiya, A. / Fujimura, Y. / Yamamoto, T. / Waki, R. / Wada, F. / Tahara, S. / Sawamura, M. / Noda, M. / Hari, Y. / Obika, S.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5axf.cif.gz	39.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5axf.ent.gz	27.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5axf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5axf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5axeC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3uke-d 1ma8-d 382d-1 3oz5-d 3v07-d 3hr3-1 1y9f-d 3sd8-d 1r3g-d 1i0j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LSM)P*AP*CP*GP*C)-3')

B: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*TP*AP*(LSM)P*AP*CP*GP*C)-3')

6.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.420, 45.120, 45.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(GPCPGPTPAP(LSM)PAPCPGPC)-3') 分子量: 3150.121 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.23 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月14日 / 詳細: mirrors

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.13→32.02 Å / Num. obs: 19277 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 8.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.061 / R_pim(I) all: 0.025 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 131157 / Scaling rejects: 45

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
1.13-1.15	6.6	0.378	4.6	6485	986	0.905	0.157	98.3
6.08-32.02	4.3	0.032	24.8	447	105	0.998	0.016	65.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM	0.2.17	データ収集
Aimless	0.2.17	データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	1.9_1692	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.13→22.725 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 11.58 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1448	1783	4.95 %
R_work	0.1305	34211	-
obs	0.1312	19277	98.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.97 Å² / B_iso mean: 14.6927 Å² / B_iso min: 5.88 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.13→22.725 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	416	0	131	547
B_iso mean	-	-	-	28.58	-
残基数	-	-	-	-	20

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	560
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	2.096	874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	94
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.032	24
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.742	250

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.1286-1.1591	0.2147	133	0.1738	2699	2832	99
1.1591-1.1932	0.1757	165	0.1515	2605	2770	100
1.1932-1.2317	0.1555	176	0.1368	2647	2823	100
1.2317-1.2758	0.1507	141	0.1245	2643	2784	100
1.2758-1.3268	0.1323	141	0.1236	2677	2818	100
1.3268-1.3872	0.1223	135	0.1236	2692	2827	100
1.3872-1.4603	0.1323	146	0.1097	2648	2794	100
1.4603-1.5518	0.1393	129	0.1088	2674	2803	100
1.5518-1.6716	0.1418	140	0.0987	2663	2803	100
1.6716-1.8397	0.1194	128	0.1032	2679	2807	100
1.8397-2.1058	0.1471	103	0.1235	2678	2781	100
2.1058-2.6524	0.1422	144	0.1502	2688	2832	100
2.6524-22.7296	0.153	102	0.1524	2218	2320	83

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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