ソフトウェア 名称 バージョン 分類 PHENIX1.9_1692精密化 MOSFLM0.2.17データ収集 Aimless0.2.17データスケーリング PHASER2.5.6位相決定 PDB_EXTRACT3.15 データ抽出
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1I5W解像度 : 0.95→16.35 Å / SU ML : 0.05 / 交差検証法 : NONE / σ(F) : 1.08 / 位相誤差 : 10.76 / 立体化学のターゲット値 : ML詳細 : THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNSRfactor 反射数 %反射 Rfree 0.144 2762 5.03 % Rwork 0.125 - - obs 0.126 29154 98.8 %
溶媒の処理 減衰半径 : 0.9 Å / VDWプローブ半径 : 1.11 Å / 溶媒モデル : FLAT BULK SOLVENT MODEL原子変位パラメータ Biso mean : 11.5 Å2 精密化ステップ サイクル : LAST / 解像度 : 0.95→16.35 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 0 414 0 140 554
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal 数 X-RAY DIFFRACTION f_bond_d0.01 734 X-RAY DIFFRACTION f_angle_d1.6 1138 X-RAY DIFFRACTION f_dihedral_angle_d16.223 322 X-RAY DIFFRACTION f_chiral_restr0.287 128 X-RAY DIFFRACTION f_plane_restr0.017 32
LS精密化 シェル 大きな表を表示 (7 x 20) 大きな表を隠す 解像度 (Å)Rfactor Rfree Num. reflection Rfree Rfactor Rwork Num. reflection Rwork Refine-ID % reflection obs (%)0.9528-0.9692 0.1379 158 0.1413 2521 X-RAY DIFFRACTION 97 0.9692-0.9868 0.1656 122 0.1295 2672 X-RAY DIFFRACTION 100 0.9868-1.0058 0.1695 140 0.1199 2622 X-RAY DIFFRACTION 100 1.0058-1.0263 0.1259 147 0.11 2657 X-RAY DIFFRACTION 100 1.0263-1.0487 0.1236 165 0.1051 2605 X-RAY DIFFRACTION 100 1.0487-1.073 0.1324 154 0.1041 2636 X-RAY DIFFRACTION 100 1.073-1.0999 0.1273 127 0.1063 2625 X-RAY DIFFRACTION 100 1.0999-1.1296 0.1164 128 0.1011 2692 X-RAY DIFFRACTION 100 1.1296-1.1628 0.1149 158 0.1056 2585 X-RAY DIFFRACTION 100 1.1628-1.2004 0.1226 152 0.1036 2628 X-RAY DIFFRACTION 100 1.2004-1.2432 0.1346 100 0.1059 2703 X-RAY DIFFRACTION 100 1.2432-1.293 0.1249 105 0.1123 2667 X-RAY DIFFRACTION 100 1.293-1.3518 0.1417 151 0.1124 2629 X-RAY DIFFRACTION 100 1.3518-1.4231 0.143 152 0.1223 2635 X-RAY DIFFRACTION 100 1.4231-1.5122 0.1465 118 0.1278 2648 X-RAY DIFFRACTION 100 1.5122-1.6288 0.1561 152 0.1242 2627 X-RAY DIFFRACTION 100 1.6288-1.7925 0.127 126 0.1181 2657 X-RAY DIFFRACTION 100 1.7925-2.0515 0.1391 125 0.1274 2657 X-RAY DIFFRACTION 100 2.0515-2.583 0.1525 164 0.1498 2616 X-RAY DIFFRACTION 100 2.583-16.354 0.1842 118 0.1556 2084 X-RAY DIFFRACTION 79