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万見
- PDB-5ax7: yeast pyruvyltransferase Pvg1p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ax7
タイトルyeast pyruvyltransferase Pvg1p
要素Pyruvyl transferase 1
キーワードTRANSFERASE / pyruvylation
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvyltransferase activity / 4,6-pyruvylated galactose residue biosynthetic process / fungal-type cell wall biogenesis / 転移酵素 / cell wall organization / Golgi apparatus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polysaccharide pyruvyl transferase / Polysaccharide pyruvyl transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Pyruvyl transferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Kanekiyo, M. / Yoritsune, K. / Yoshinaga, S. / Higuchi, Y. / Takegawa, K. / Kakuta, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
a Grant-in-Aid for Scientific Research from the Ministry of Education, Science, and Culture of Japan 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: A rationally engineered yeast pyruvyltransferase Pvg1p introduces sialylation-like properties in neo-human-type complex oligosaccharide
著者: Higuchi, Y. / Yoshinaga, S. / Yoritsune, K. / Tateno, H. / Hirabayashi, J. / Nakakita, S. / Kanekiyo, M. / Kakuta, Y. / Takegawa, K.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pyruvyl transferase 1
B: Pyruvyl transferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,2773
ポリマ－78,2112
非ポリマー651
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area27620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.529, 85.529, 93.611
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A55 - 401
2010B55 - 401

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要素

#1: タンパク質 Pyruvyl transferase 1 / Pyruvylated Gal-beta-1 / 3-epitope synthesis protein 1 / PvGal synthesis protein 1


分子量: 39105.719 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 54-401 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: pvg1, SPAC8F11.10c, SPACUNK4.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UT27, 転移酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.34 %
結晶化温度: 293.4 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM magnesium choloride, 10 mM zinc chloride, 26% (w/v) Poly(acrylic acid sodium salt) 5100 in 0.1 M HEPES (pH 7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.722
11K, H, -L20.278
反射解像度: 2.46→10.99 Å / Num. obs: 55667 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.77 % / Net I/σ(I): 25.14

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
PHENIX精密化
PHENIXモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→10.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 8.868 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.092 / ESU R Free: 0.044 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18335 1461 5.3 %RANDOM
Rwork0.1673 ---
obs0.16814 26299 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 53.694 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.63 Å20 Å20 Å2
2---5.63 Å20 Å2
3---11.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→10.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5243 0 1 67 5311
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0195397
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9591.9457366
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.861311546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3725662
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.8524.402259
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.1715845
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4831524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2827
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216148
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5185.3332648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5175.3322647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6257.9893304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6257.993305
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2835.4622749
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2835.4632750
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.258.1424061
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.07842.2336005
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.07142.2366001
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 19109 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.11 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 107 -
Rwork0.244 1949 -
obs--99.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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