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- PDB-5ax6: The crystal structure of CofB, the minor pilin subunit of CFA/III... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ax6
タイトルThe crystal structure of CofB, the minor pilin subunit of CFA/III from human enterotoxigenic Escherichia coli.
要素CofB
キーワードCELL ADHESION / Minor pilin
機能・相同性: / CofB, pilin domain / Prokaryotic N-terminal methylation site. / Prokaryotic N-terminal methylation motif / Prokaryotic N-terminal methylation site / membrane / ACETATE ION / CofB
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Kawahara, K. / Oki, K. / Fukaksua, F. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Daisuke, M. / Taniguchi, T. / Honda, T. / Iida, T. / Nakamura, S. / Ohkubo, T.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Homo-trimeric Structure of the Type IVb Minor Pilin CofB Suggests Mechanism of CFA/III Pilus Assembly in Human Enterotoxigenic Escherichia coli
著者: Kawahara, K. / Oki, H. / Fukakusa, S. / Yoshida, T. / Imai, T. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Motooka, D. / Iida, T. / Ohkubo, T. / Nakamura, S.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月20日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CofB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6522
ポリマ－53,5931
非ポリマー591
水5,999333
1
A: CofB
ヘテロ分子

A: CofB
ヘテロ分子

A: CofB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,9576
ポリマ－160,7803
非ポリマー1773
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-y-1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_445-x+y-1,-x-1,z1
Buried area26720 Å2
ΔGint-106 kcal/mol
Surface area58920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.948, 103.948, 364.474
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1012-

HOH

21A-1026-

HOH

31A-1033-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 CofB


分子量: 53593.441 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-523 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: cofB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93I73
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 2.5 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→40.65 Å / Num. obs: 118006 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.189 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.88-1.990.8920.3463.717180219329191740.40699.2
1.99-2.130.9560.26.346825018120180980.23499.9
2.13-2.30.9770.1399.246298416935168970.16399.8
2.3-2.510.9850.10811.95540115549153060.12798.4
2.51-2.810.9930.07515.075229014096140470.08899.7
2.81-3.240.9960.04722.944487612399122830.05599.1
3.24-3.970.9980.03431.593680210498103210.0498.3
3.97-5.590.9980.02935.8927806811679240.03497.6
5.59-40.660.9980.02835.7713706453539560.03387.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
ARPモデル構築
SHELXDE位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→40.65 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2082 3830 3.25 %Random selection
Rwork0.1871 114097 --
obs0.1878 117927 98.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 96.54 Å2 / Biso mean: 30.0625 Å2 / Biso min: 6.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.88→40.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3676 0 7 333 4016
Biso mean--42.73 33.76 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073791
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0355141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045589
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3091398
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8799-1.90370.31971390.27134115425497
1.9037-1.92880.2951370.26114244438199
1.9288-1.95520.27061450.243342744419100
1.9552-1.98310.20211450.191542774422100
1.9831-2.01270.22591410.193942924433100
2.0127-2.04420.24931440.203142684412100
2.0442-2.07770.2411450.196842944439100
2.0777-2.11350.2241450.182542804425100
2.1135-2.15190.19971400.180743224462100
2.1519-2.19330.23471430.200742484391100
2.1933-2.23810.25311460.195642464392100
2.2381-2.28670.23311400.192342524392100
2.2867-2.33990.22511460.21444276442299
2.3399-2.39840.25441420.21542684410100
2.3984-2.46330.3251390.25044129426896
2.4633-2.53570.22121430.192242794422100
2.5357-2.61760.16561440.185742634407100
2.6176-2.71110.20951430.19944241438499
2.7111-2.81960.26891430.207942944437100
2.8196-2.94790.22851430.20664202434599
2.9479-3.10330.18331440.20554208435299
3.1033-3.29770.24471400.190342844424100
3.2977-3.55210.22311430.17274209435298
3.5521-3.90930.16741430.15744214435798
3.9093-4.47440.13681430.13974172431597
4.4744-5.63490.14381380.14754198433698
5.6349-40.65940.21821260.19853748387487

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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