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Yorodumi- PDB-5ax6: The crystal structure of CofB, the minor pilin subunit of CFA/III... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ax6 | ||||||
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Title | The crystal structure of CofB, the minor pilin subunit of CFA/III from human enterotoxigenic Escherichia coli. | ||||||
Components | CofB | ||||||
Keywords | CELL ADHESION / Minor pilin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.88 Å | ||||||
Authors | Kawahara, K. / Oki, K. / Fukaksua, F. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Daisuke, M. / Taniguchi, T. / Honda, T. / Iida, T. / Nakamura, S. / Ohkubo, T. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2016 Title: Homo-trimeric Structure of the Type IVb Minor Pilin CofB Suggests Mechanism of CFA/III Pilus Assembly in Human Enterotoxigenic Escherichia coli Authors: Kawahara, K. / Oki, H. / Fukakusa, S. / Yoshida, T. / Imai, T. / Maruno, T. / Kobayashi, Y. / Motooka, D. / Iida, T. / Ohkubo, T. / Nakamura, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ax6.cif.gz | 111.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ax6.ent.gz | 88.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ax6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5ax6_validation.pdf.gz | 437.2 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 5ax6_full_validation.pdf.gz | 441.1 KB | Display | |
Data in XML | 5ax6_validation.xml.gz | 21.6 KB | Display | |
Data in CIF | 5ax6_validation.cif.gz | 32.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5ax6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/5ax6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 53593.441 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: UNP residues 34-523 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Gene: cofB / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q93I73 |
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#2: Chemical | ChemComp-ACT / |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.51 Å3/Da / Density % sol: 65 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 / Details: 2.5 M sodium formate, 0.1 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL38B1 / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Jul 2, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.88→40.65 Å / Num. obs: 118006 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.189 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.065 / Χ2: 1.039 / Net I/σ(I): 15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.88→40.65 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 20.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 96.54 Å2 / Biso mean: 30.0625 Å2 / Biso min: 6.74 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.88→40.65 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27
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