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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5aws | ||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of the SGIP1 mu homology domain in the P1 space group | ||||||||||||
![]() | SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1 | ||||||||||||
![]() | ENDOCYTOSIS / Protein-protein interaction | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() positive regulation of feeding behavior / AP-2 adaptor complex / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / response to dietary excess / energy homeostasis / clathrin-coated pit / actin filament polymerization / actin filament / phospholipid binding ...positive regulation of feeding behavior / AP-2 adaptor complex / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / response to dietary excess / energy homeostasis / clathrin-coated pit / actin filament polymerization / actin filament / phospholipid binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / SH3 domain binding / actin filament binding / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / microtubule binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Shimada, A. / Yamaguchi, A. / Kohda, D. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for the recognition of two consecutive mutually interacting DPF motifs by the SGIP1 mu homology domain. 著者: Shimada, A. / Yamaguchi, A. / Kohda, D. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 234 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 188.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 447 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 32.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30844.158 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 552-828 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.53 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: PEG 3350, zinc acetate, sodium acetate, sodium iodide |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34307 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 15 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5AWR 解像度: 2.001→39.054 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.32 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.001→39.054 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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