PDB-5aws: Crystal structure of the SGIP1 mu homology domain in the P1 space...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aws

タイトル

Crystal structure of the SGIP1 mu homology domain in the P1 space group

要素

SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

キーワード

ENDOCYTOSIS / Protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of feeding behavior / AP-2 adaptor complex / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / response to dietary excess / synaptic vesicle endocytosis / energy homeostasis / clathrin-coated pit / phospholipid binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.001 Å

データ登録者

Shimada, A. / Yamaguchi, A. / Kohda, D.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the recognition of two consecutive mutually interacting DPF motifs by the SGIP1 mu homology domain.
著者: Shimada, A. / Yamaguchi, A. / Kohda, D.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aws.cif.gz	234 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aws.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aws.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aws_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aws_full_validation.pdf.gz	447 KB	表示
XML形式データ	5aws_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	5aws_validation.cif.gz	32.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/5aws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/5aws	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5awrSC 5awtC 5awuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4az9-2 4az9-1 5mx0-1 4xro-d 2ofk-d 5awr-d 5awu-d 1q7h-2 5lc3-d 5f2u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

B: SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

ヘテロ分子

62.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
31.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.552, 53.634, 75.199
Angle α, β, γ (deg.)	101.87, 86.91, 95.61
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1 / Endophilin-3-interacting protein 分子量: 30844.158 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 552-828 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGIP1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQI5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: PEG 3350, zinc acetate, sodium acetate, sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 34307 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 3.9 % / Net I/σ(I): 15

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5AWR

5awr

解像度: 2.001→39.054 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 34.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	1714	5.01 %
R_work	0.1986	-	-
obs	0.2007	34226	88.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.001→39.054 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4175	0	12	188	4375

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	4270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.385	5813
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.261	1565
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.097	662
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	754

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0014-2.0602	0.3643	84	0.2899	1699	X-RAY DIFFRACTION	55
2.0602-2.1267	0.3294	106	0.2703	2066	X-RAY DIFFRACTION	68
2.1267-2.2027	0.2881	119	0.261	2510	X-RAY DIFFRACTION	81
2.2027-2.2909	0.2627	135	0.2523	2761	X-RAY DIFFRACTION	92
2.2909-2.3952	0.3364	142	0.2531	2988	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3952-2.5214	0.349	164	0.2346	2986	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5214-2.6794	0.3076	146	0.2251	2997	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6794-2.8862	0.266	185	0.2166	2939	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8862-3.1765	0.268	166	0.2148	2966	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1765-3.6359	0.2294	153	0.19	2917	X-RAY DIFFRACTION	96
3.6359-4.5797	0.2123	151	0.1728	2826	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5797-39.0613	0.1941	163	0.1708	2857	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1586	-0.1112	-0.8672	2.7789	0.0759	4.3941	0.2944	0.9213	0.2724	-0.3872	-0.2047	-0.0834	-0.2903	-0.0496	0.0496	0.2894	0.0502	0.0102	0.4569	0.0832	0.2744	10.9151	36.5813	-47.9307
2	4.1233	-0.4127	0.023	4.485	-0.059	4.7747	0.3033	0.6162	-0.2	0.1892	-0.4303	0.057	-0.0062	-0.17	0.1707	0.2072	0.0629	-0.0241	0.4708	-0.0599	0.2699	14.277	26.434	-45.297
3	6.078	1.3599	-0.3767	5.9412	1.8561	9.4712	0.5522	0.8103	-0.2738	-0.773	-0.6777	0.3675	-0.0483	-0.0071	0.1379	0.467	0.0368	-0.0343	0.573	-0.1098	0.2492	9.788	29.004	-56.732
4	7.7907	-4.2201	1.2061	8.3334	-1.0675	4.0338	0.0058	0.0641	0.5574	-0.231	-0.026	0.6179	-1.2034	-0.874	0.1536	0.4936	0.0976	-0.0342	0.3607	-0.0333	0.4002	-3.195	43.043	-51.744
5	2.4184	-0.4337	0.0112	3.6633	0.9424	7.2902	-0.2863	-0.6255	0.1901	0.1878	0.373	-0.1231	-0.2305	-0.063	-0.095	0.3026	0.028	-0.1004	0.3893	-0.0345	0.2988	11.7578	39.1481	-15.4807
6	2.0086	-1.0714	0.3981	0.5699	0.4354	6.0989	-0.0946	-0.0867	0.4232	0.0795	0.0957	-0.234	-0.7712	0.2324	-0.072	0.3842	-0.0879	-0.03	0.2654	-0.0042	0.3617	13.3519	39.4945	-27.8347
7	3.9227	-0.3091	2.9811	3.6073	0.5521	2.4327	0.156	-0.2242	-0.5655	0.7977	-0.253	-0.009	-0.1748	-0.1131	0.1449	0.4237	-0.0443	-0.0395	0.2777	-0.1004	0.4363	-1.6895	13.4991	-41.3184
8	5.5283	1.6422	0.6993	5.421	-0.3306	7.7603	0.1545	-0.2744	-0.4506	0.6554	0.1321	0.2434	0.1667	-0.1527	-0.1872	0.3409	0.0045	-0.044	0.2745	0.0404	0.3595	2.4252	15.717	-34.6194
9	5.3243	-0.3975	2.8326	2.3046	-0.2007	4.612	0.2205	0.3993	-0.1157	-0.0977	-0.1981	0.0918	0.1235	-0.0558	-0.0675	0.3448	0.0419	-0.0006	0.4813	-0.1931	0.3315	-13.4186	15.047	-70.0857
10	3.8872	-0.8278	3.7348	2.345	-1.6047	7.0821	0.4694	0.1518	-0.7011	0.249	-0.2152	0.0082	0.6043	0.2753	-0.3225	0.3745	-0.0419	-0.0216	0.2688	-0.0743	0.4623	-2.9275	9.5362	-48.0682

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 554 through 615 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 616 through 628 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 629 through 657 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 658 through 673 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 674 through 751 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 752 through 823 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 558 through 606 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 607 through 673 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 674 through 782 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 783 through 823 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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