PDB-5awr: Crystal structure of the SGIP1 mu homology domain in the P4212 sp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5awr

タイトル

Crystal structure of the SGIP1 mu homology domain in the P4212 space group

要素

SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

キーワード

ENDOCYTOSIS / Protein-protein interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of feeding behavior / AP-2 adaptor complex / clathrin-dependent endocytosis / clathrin-coated vesicle / response to dietary excess / energy homeostasis / clathrin-coated pit / actin filament polymerization / actin filament / phospholipid binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.502 Å

データ登録者

Shimada, A. / Yamaguchi, A. / Kohda, D.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the recognition of two consecutive mutually interacting DPF motifs by the SGIP1 mu homology domain.
著者: Shimada, A. / Yamaguchi, A. / Kohda, D.

履歴

登録	2015年7月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5awr.cif.gz	118.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5awr.ent.gz	97 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5awr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5awr_validation.pdf.gz	431.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5awr_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	5awr_validation.xml.gz	12.1 KB	表示
CIF形式データ	5awr_validation.cif.gz	15.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/5awr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/5awr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5awsC 5awtC 5awuC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5awt-d 5aws-2 5awu-d 6b2i-d 4ikn-d 6pu1-d 4u0e-d 1zuo-5 5jp2-1 4xro-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#88 - 2007年4月クラスリン (Clathrin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1

ヘテロ分子

31.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.826, 109.826, 79.492
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	90
Space group name H-M	P42₁2

#1: タンパク質	SH3-containing GRB2-like protein 3-interacting protein 1 / Endophilin-3-interacting protein 分子量: 31125.525 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 552-828 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SGIP1 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BQI5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.06 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 詳細: PEG 3350, zinc acetate, sodium acetate, sodium iodide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97912 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97912 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17337 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 32.4 % / Net I/σ(I): 25.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.502→38.829 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 28.34 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2473	1642	5.13 %
R_work	0.1991	-	-
obs	0.2014	17337	99.78 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.502→38.829 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2066	0	4	38	2108

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2114
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14	2876
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.047	774
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	328
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.502-2.5757	0.3561	160	0.3361	2491	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5757-2.6588	0.3384	138	0.3043	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6588-2.7538	0.3077	141	0.2686	2499	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7538-2.864	0.3737	139	0.2525	2521	X-RAY DIFFRACTION	100
2.864-2.9943	0.2966	144	0.2172	2528	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9943-3.1521	0.2348	131	0.237	2542	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1521-3.3495	0.2406	129	0.2334	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3495-3.6079	0.2567	147	0.2065	2535	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6079-3.9707	0.2589	134	0.1885	2539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9707-4.5445	0.2321	133	0.1705	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5445-5.7227	0.1815	125	0.1544	2552	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7227-38.834	0.2407	121	0.1958	2534	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.5504	2.0452	-1.2769	2.3761	-1.9014	3.5901	0.1045	-0.4487	0.569	0.22	0.188	0.4215	-0.4441	-0.2323	-0.2786	0.5499	0.0192	0.0152	0.3792	-0.0324	0.3819	5.4017	75.7293	26.925
2	7.3937	1.3891	-4.3446	3.0591	-1.5448	8.3717	-0.3885	1.1196	-0.1014	-0.626	0.3372	-0.0214	-0.0443	-0.5768	0.0612	0.638	-0.2028	-0.0317	0.6156	-0.0448	0.4525	1.2133	67.0418	21.5269
3	2.7163	0.8259	-1.2976	4.5433	-0.6475	2.0297	0.4639	-0.704	0.5851	1.1659	0.1128	0.1398	-0.8924	-0.3454	-0.5193	0.7512	-0.0553	0.0688	0.7801	-0.1104	0.515	4.342	71.082	38.0052
4	9.3279	0.9586	-0.7426	3.1702	-0.8681	2.8469	0.012	0.7501	0.8116	-0.2366	0.2088	0.1999	-0.2219	0.311	-0.2019	0.6407	-0.1119	-0.0215	0.6108	0.0833	0.4304	25.9953	87.0806	11.3464
5	6.2975	2.106	-0.3321	3.6841	0.3359	3.1876	-0.1066	-0.1193	0.8453	0.2883	0.0647	-0.5583	-0.4859	0.6277	0.0571	0.7142	-0.2228	-0.0193	0.6263	0.0264	0.579	36.8059	91.1525	18.3309
6	9.0513	3.0961	-2.7375	2.9801	-1.0897	2.8103	0.0143	-0.2819	0.9176	0.096	0.2102	0.59	-0.4773	0.0968	-0.1979	0.5472	0.0392	0.0186	0.3849	0.0607	0.4105	9.9966	81.4442	22.7794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 557 through 616 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 617 through 648 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 649 through 678 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 679 through 722 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 723 through 787 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 788 through 828 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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