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- PDB-5awl: CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT OF CHIGNOLIN, CLN025 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awl
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT OF CHIGNOLIN, CLN025
要素A mutant of Chignolin, CLN025
キーワードDE NOVO PROTEIN / BETA-HAIRPIN / MINI-PROTEIN / MINIATURE PROTEIN
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / AB INITIO PHASING / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Akiba, T. / Ishimura, M. / Odahara, T. / Harata, K. / Honda, S.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
New Energy and Industrial Technology Development Organization (NEDO) 日本
引用
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: 10 residue folded peptide designed by segment statistics.
著者: Honda, S. / Yamasaki, K. / Sawada, Y. / Morii, H.
履歴
登録2015年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月26日Group: Other
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_entity_src_syn / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: A mutant of Chignolin, CLN025


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,2941
ポリマ－1,2941
非ポリマー00
水21612
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1210 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)19.246, 33.597, 11.551
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-105-

HOH

21A-112-

HOH

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要素

#1: タンパク質・ペプチド A mutant of Chignolin, CLN025


分子量: 1294.322 Da / 分子数: 1 / 変異: G1Y G10Y / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 14.1 %
結晶化温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: using 2 uL drop of protein at 5 mg/mL in a solution of 35.7 mM sodium citrate-citric acid buffer (pH 5.0) containing 14.5% saturated ammonium sulfate against a crystallization well solution ...詳細: using 2 uL drop of protein at 5 mg/mL in a solution of 35.7 mM sodium citrate-citric acid buffer (pH 5.0) containing 14.5% saturated ammonium sulfate against a crystallization well solution of 71.4 mM sodium citrate-citric acid buffer (pH 5.0) containing 29% saturated ammonium sulfate.
PH範囲: 5

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2005年12月9日 / 詳細: OSMIC CONFOCAL MAX-FLUX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→16.8 Å / Num. obs: 3094 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.11→1.71 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.203 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 88.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SAINTdata processing
SnB2.2位相決定
CNS精密化
SMART6000データ削減
SAINTPLUSデータスケーリング
SHELXL-97精密化
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 1.11→16.8 Å / Num. parameters: 940 / Num. restraintsaints: 1193 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1188 287 10.2 %RANDOM
obs0.088 3080 95.7 %-
all-3087 --
Refine analyzeNum. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 73 / Occupancy sum non hydrogen: 103.5
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.11→16.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数93 0 0 12 105
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.026
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0215
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.079
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.1
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.193
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.006
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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