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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5awe
タイトルCrystal structure of a hypothetical protein, TTHA0829 from Thermus thermophilus HB8, composed of cystathionine-beta-synthase (CBS) and aspartate-kinase chorismate-mutase tyrA (ACT) domains
要素Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / hypothetical protein / Thermus thermophilus HB8 / CBS domain / ACT domain / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


TTHA0829-like ACT domain / : / CBS-domain / CBS-domain / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain superfamily / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Nakabayashi, M. / Shibata, N. / Kanagawa, M. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Higuchi, Y.
引用ジャーナル: Extremophiles / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein, TTHA0829 from Thermus thermophilus HB8, composed of cystathionine-beta-synthase (CBS) and aspartate-kinase chorismate-mutase tyrA (ACT) domains.
著者: Nakabayashi, M. / Shibata, N. / Ishido-Nakai, E. / Kanagawa, M. / Iio, Y. / Komori, H. / Ueda, Y. / Nakagawa, N. / Kuramitsu, S. / Higuchi, Y.
履歴
登録2015年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Structure summary
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2521
ポリマ－23,2521
非ポリマー00
水95553
1
A: Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase

A: Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase

A: Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase

A: Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,0084
ポリマ－93,0084
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_765-x+2,-y+1,z1
crystal symmetry operation9_765-x+2,-x+y+1,-z+1/31
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/31
Buried area13200 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area34570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.800, 90.800, 89.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Putative acetoin utilization protein, acetoin dehydrogenase


分子量: 23251.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア)
株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: TTHA0829 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): B834 (DE3) / 参照: UniProt: Q5SK23
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.44 % / 解説: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, magnesium chloride, PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 0.97911 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40.51 Å / Num. obs: 8426 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 16.4 % / Biso Wilson estimate: 29.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Net I/σ(I): 31.7
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.45→40.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 246220.86 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS. BULK SOLVENT MODEL USED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.261 1443 9.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.214 8426 96.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.9401 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 35.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.91 Å2-0 Å2-0 Å2
2---6.91 Å2-0 Å2
3---13.82 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.29 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.45→40.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 0 0 0 0
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rfactor Rfree error: 0.043 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.447 106 8.3 %
Rwork0.286 1175 -
obs--83.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/protein_rep.paramCNS_TOPPAR/protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR/dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR/water_rep.paramCNS_TOPPAR/water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/ion.paramCNS_TOPPAR/ion.top
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR/carbohydrate.paramCNS_TOPPAR/carbohydrate.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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