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万見
- PDB-5avm: Crystal structures of 5-aminoimidazole ribonucleotide (AIR) synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5avm
タイトルCrystal structures of 5-aminoimidazole ribonucleotide (AIR) synthetase, PurM, from Thermus thermophilus
要素Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
キーワードLIGASE / PURINE BIOSYNTHESIS / ATP BINDING / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


adenine biosynthetic process / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Kanagawa, M. / Baba, S. / Watanabe, Y. / Nakagawa, N. / Ebihara, A. / Sampei, G. / Kawai, G. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures and ligand binding of PurM proteins from Thermus thermophilus and Geobacillus kaustophilus
著者: Kanagawa, M. / Baba, S. / Watanabe, Y. / Nakagawa, N. / Ebihara, A. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Sampei, G. / Kawai, G.
履歴
登録2015年6月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
B: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
C: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
D: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
E: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
F: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
G: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
H: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,16625
ポリマ－283,5338
非ポリマー1,63317
水31,8331767
1
A: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
B: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3647
ポリマ－70,8832
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area21980 Å2
手法PISA
2
C: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
D: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2686
ポリマ－70,8832
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area22120 Å2
手法PISA
3
E: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
F: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1725
ポリマ－70,8832
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area22600 Å2
手法PISA
4
G: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
H: Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,3647
ポリマ－70,8832
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area22520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.328, 142.630, 218.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / 5-aminoimidazole ribonucleotide synthetase / AIR synthase / AIRS / Phosphoribosyl-aminoimidazole synthetase


分子量: 35441.672 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
株: HB8 / 遺伝子: purM, TTHA0367 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5SLC6, phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1767 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 1.0 M (NH4)2SO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 224495 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2BTU

2btu


解像度: 2.2→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 20886 9.3 %RANDOM
Rwork0.163 ---
obs0.163 217248 96.6 %-
溶媒の処理Bsol: 70.73 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 30.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.114 Å20 Å20 Å2
2---0.391 Å20 Å2
3---0.504 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.22 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.23 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16868 0 85 1767 18720
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.318
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.68
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.889
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0651.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7652
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.7912
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.7252.5
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2534 1885 9.43 %
Rwork0.2286 18096 -
all-19981 -
obs--89.84 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR/PROTEIN_REP.PARAMCNS_TOPPAR/PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR/DNA-RNA_REP.PARAMCNS_TOPPAR/DNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR/WATER_REP.PARAMCNS_TOPPAR/WATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR/ION.PARAMCNS_TOPPAR/ION.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR/CARBOHYDRATE.PARAMCNS_TOPPAR/CARBOHYDRATE.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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