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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ar6 | ||||||
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タイトル | crystal structure of porcine RNase 4 | ||||||
![]() | RIBONUCLEASE 4 | ||||||
![]() | HYDROLASE / RIBONUCLEASE 4 / RNA DEGRADATION | ||||||
機能・相同性 | ![]() 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / antibacterial humoral response / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular space 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liang, S. / Acharya, K.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity in Porcine Rnase 4. 著者: Liang, S. / Acharya, K.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 69.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14131.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P15468, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.16 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: 0.1 M MORPHEUS BUFFER SYSTEM 3 PH 8.5, 0.12 M MONOSACCHARIDES, 30 % (V/V) EDO_P8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.8856 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→43.07 Å / Num. obs: 32743 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1RNF 解像度: 1.25→43.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.069 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.532 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.07 Å
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拘束条件 |
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