PDB-5ar6: crystal structure of porcine RNase 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ar6

タイトル

crystal structure of porcine RNase 4

要素

RIBONUCLEASE 4

キーワード

HYDROLASE / RIBONUCLEASE 4 / RNA DEGRADATION

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA nuclease activity / antibacterial humoral response / endonuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / hydrolase activity / :
類似検索 - 分子機能

生物種

SUS SCROFA (ブタ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Liang, S. / Acharya, K.R.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis of Substrate Specificity in Porcine Rnase 4.
著者: Liang, S. / Acharya, K.R.

履歴

登録	2015年9月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月23日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ar6.cif.gz	70 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ar6.ent.gz	51.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ar6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/5ar6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/5ar6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5arjC 5arkC 5arlC 1rnfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2g4w-1 5jlg-1 1lsq-1 2op2-d 3euy-1 1c8w-d 4j67-d 5m9p-d 2g4x-d 3jw1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (7) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (7)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE 4

ヘテロ分子

14.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.287, 38.191, 86.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.68, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE 4 / RNASE / RIBONUCLEASE PL3 分子量: 14131.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SUS SCROFA (ブタ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P15468, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL 分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.16 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 詳細: 0.1 M MORPHEUS BUFFER SYSTEM 3 PH 8.5, 0.12 M MONOSACCHARIDES, 30 % (V/V) EDO_P8K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.8856
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.25→43.07 Å / Num. obs: 32743 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 15.9
反射シェル	解像度: 1.25→1.27 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0069	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1RNF

1rnf

解像度: 1.25→43.07 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 1.069 / SU ML: 0.022 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.037 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15272	1596	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1248	-	-	-
obs	0.12613	31146	99.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.532 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.63 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→43.07 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	979	0	8	130	1117

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	980
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.448	1.926	1421
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.858	3	2247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.281	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.709	22.414	58
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.882	15	189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.435	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	145
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1222
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	275
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.053	1.548	502
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.051	1.547	501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.595	2.336	629
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.313	1.981	550
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.687	3	2029
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	35.409	5	43
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	12.843	5	2092

LS精密化シェル

解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2	117	-
R_work	0.154	2311	-
obs	-	-	99.96 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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