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- PDB-5anz: Crystal Structure of SltB3 from Pseudomonas aeruginosa. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5anz
タイトルCrystal Structure of SltB3 from Pseudomonas aeruginosa.
要素SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE B3
キーワードHYDROLASE / LYTIC TRANSGLYCOSILASE / CELL WALL RECYCLING
機能・相同性
機能・相同性情報


lytic transglycosylase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lytic murein transglycosylase / Transglycosylase SLT domain 2 / Membrane-bound lytic murein transglycosylase B-like / Transglycosylase SLT domain / PGBD superfamily / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Lytic murein transglycosylase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.614 Å
データ登録者Dominguez-Gil, T. / Hermoso, J.A.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Turnover of Bacterial Cell Wall by Sltb3, a Multidomain Lytic Transglycosylase of Pseudomonas Aeruginosa.
著者: Lee, M. / Dominguez-Gil, T. / Hesek, D. / Mahasenan, K.V. / Lastochkin, E. / Hermoso, J.A. / Mobashery, S.
履歴
登録2015年9月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE B3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4075
ポリマ－45,0481
非ポリマー3584
水4,197233
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.281, 61.840, 50.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2097-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SOLUBLE LYTIC TRANSGLYCOSYLASE B3


分子量: 45048.457 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 33-448 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: ATCC 15692 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HX28
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M, KETEK FLUORESCENCE DETECTOR / 検出器: PIXEL / 詳細: VERTICAL COLLIMATION AND FOCUSSING IS ACHIEVED
放射モノクロメーター: DOUBLE-CHANNEL CUT FIXED- EXIT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→56.14 Å / Num. obs: 46193 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 0 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 48.6
反射 シェル解像度: 1.61→1.7 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.71 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: BALBES

解像度: 1.614→54.168 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2036 2331 5.1 %
Rwork0.1789 --
obs0.1801 46069 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.614→54.168 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2864 0 22 233 3119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062997
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9744069
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8471086
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039419
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005548
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.614-1.64690.34021360.31062535X-RAY DIFFRACTION99
1.6469-1.68280.35471450.30352524X-RAY DIFFRACTION100
1.6828-1.72190.27911560.2712498X-RAY DIFFRACTION99
1.7219-1.7650.27511320.24782560X-RAY DIFFRACTION100
1.765-1.81270.26411430.23452526X-RAY DIFFRACTION100
1.8127-1.8660.24521350.22042521X-RAY DIFFRACTION100
1.866-1.92630.23631330.2162525X-RAY DIFFRACTION100
1.9263-1.99510.25331390.20522565X-RAY DIFFRACTION100
1.9951-2.0750.23571120.18742562X-RAY DIFFRACTION100
2.075-2.16940.25321450.17772550X-RAY DIFFRACTION100
2.1694-2.28380.21281250.18242603X-RAY DIFFRACTION100
2.2838-2.42690.23031350.17932569X-RAY DIFFRACTION100
2.4269-2.61430.19361420.17562562X-RAY DIFFRACTION100
2.6143-2.87740.21271310.19212595X-RAY DIFFRACTION100
2.8774-3.29370.16391260.18312629X-RAY DIFFRACTION100
3.2937-4.14950.17231480.15262641X-RAY DIFFRACTION100
4.1495-54.19830.1771480.14722773X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.40351.3099-0.78555.15390.51193.8454-0.05620.39750.7234-0.25250.1276-0.2113-0.49230.7282-0.04080.2693-0.1037-0.00690.44640.11330.342857.028113.60235.1932
23.15920.588-0.05472.4515-0.65622.94140.08550.1056-0.1479-0.0721-0.0223-0.04740.4723-0.2009-0.06990.19650.0317-0.00950.19640.03850.19134.4793-6.549120.6845
33.51910.94-1.52151.4152-0.4812.6069-0.07540.39190.2753-0.04570.1795-0.0254-0.0434-0.0287-0.06690.1465-0.0133-0.04160.1660.0380.202145.47566.195313.7063
43.24310.2415-0.10080.70660.10250.78620.0231-0.00430.25990.0650.04540.03980.0033-0.0043-0.05380.19430.00320.00230.12790.02040.204636.50845.678721.3822
53.7508-0.85292.19443.45630.36813.48680.0052-0.09870.23930.0869-0.14520.3593-0.0868-0.41760.11460.1802-0.02330.03180.21570.03730.217117.46170.668118.0305
60.33090.3323-1.3282.7093-2.1035.11120.22760.325-0.079-0.2065-0.3372-0.24890.20330.05530.13830.28620.0625-0.04670.45830.05550.288321.3521-5.1909-0.8623
75.08791.2847-0.33864.784-0.29674.80190.09970.2249-0.1496-0.2653-0.08250.0177-0.08770.0799-0.0210.32130.12740.00320.51180.03590.275415.27271.1049-4.9738
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 46 THROUGH 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 89 THROUGH 131 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 132 THROUGH 187 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 188 THROUGH 268 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 269 THROUGH 345 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 346 THROUGH 376 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 377 THROUGH 420 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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