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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ann | |||||||||
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タイトル | Structure of fructofuranosidase from Xanthophyllomyces dendrorhous | |||||||||
![]() | BETA-FRUCTOFURANOSIDASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / DIMERIZATION / QUATERNARY / XANTHOPHYLLOMYCES DENDR GLYCOSIDE HYDROLASES / FUNGAL PROTEINS / KINETICS / PROTEIN CONFORMATION / SUBSTRATE SPECIFICITY / INVERTASE / PREBIOTICS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Ramirez-Escudero, M. / Sanz-Aparicio, J. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Analysis of Beta-Fructofuranosidase from Xanthophyllomyces Dendrorhous Reveals Unique Features and the Crucial Role of N-Glycosylation in Oligomerization and Activity 著者: Ramirez-Escudero, M. / Gimeno-Perez, M. / Gonzalez, B. / Linde, D. / Merdzo, Z. / Fernandez-Lobato, M. / Sanz-Aparicio, J. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 292 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 240.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 60 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 90 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: given / Matrix: (-1), |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 72065.188 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() |
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-糖 , 4種, 32分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#2: 多糖 | #3: 多糖 | #4: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-非ポリマー , 2種, 1221分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-GOL / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.67 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 1.3M SODIUM CITRATE TRIBASIC DIHYDRATE, 0.1M HEPES PH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月14日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→61.92 Å / Num. obs: 117631 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.26 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3LDK 解像度: 2.14→145.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 3.259 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.15 / ESU R Free: 0.129 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY, RESIDUES 1-41 ARE DISORDERED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.193 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.14→145.77 Å
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拘束条件 |
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