PDB-5ams: Crystal structure of Sqt1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ams

タイトル

Crystal structure of Sqt1

要素

RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1

キーワード

CHAPERONE / SQT1 / RIBOSOME / UL16

機能・相同性

機能・相同性情報

ribosomal large subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / unfolded protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Frenois, F. / Legrand, P. / Fribourg, S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Sqt1P is an Eight-Bladed Wd40 Protein
著者: Frenois, F. / Legrand, P. / Fribourg, S.

履歴

登録	2015年8月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年1月20日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ams.cif.gz	307.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ams.ent.gz	258.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ams.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ams_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ams_full_validation.pdf.gz	462.3 KB	表示
XML形式データ	5ams_validation.xml.gz	28.1 KB	表示
CIF形式データ	5ams_validation.cif.gz	38.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/5ams ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/5ams	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4zn4-2 4raa-d 4zn4-1 3e73-2 3e73-1 4o9d-1 3c5m-1 3e6u-1 1yir-1 6n01-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1) #10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1

B: RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1

94.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	165.999, 165.999, 95.351
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	RIBOSOME ASSEMBLY PROTEIN SQT1 / SQT1 分子量: 47201.605 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P35184
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97883
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→47.9 Å / Num. obs: 22101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9.4 % / B_iso Wilson estimate: 105.91 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 3.35→3.62 Å / 冗長度: 9.7 % / R_merge(I) obs: 0.29 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.0	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3.35→36.37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9644 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9422 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.375

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2221	1087	4.96 %	RANDOM
R_work	0.1713	-	-	-
obs	0.1738	21896	99.18 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 157.27 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	16.5458 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	16.5458 Å²	0 Å²
3-	-	-	-33.0916 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.932 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→36.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5879	0	0	1	5880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	6001	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.42	8143	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2034	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		163	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		866	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6001	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.08
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	23.25
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		793	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7092	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 3.35→3.51 Å / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2788	154	5.31 %
R_work	0.2318	2745	-
all	0.2343	2899	-
obs	-	-	99.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.716	-1.4032	0.0288	4.4163	-0.5564	2.9576	-0.3934	0.3562	0.9499	-0.1353	0.1072	-0.6133	0.1832	0.2163	0.2862	-0.5907	-0.0572	-0.186	-0.3961	0.086	0.7457	32.278	-63.2299	13.6231
2	4.8759	0.169	1.0926	3.6893	-0.1717	2.145	-0.301	0.5682	0.5225	-0.3018	0.1492	-0.0868	-0.071	0.1364	0.1518	-0.4771	-0.1064	-0.1698	-0.3422	0.2836	0.7386	-7.8551	-48.6038	-6.1198

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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