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- PDB-5amm: Structure of Leishmania major peroxidase D211N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5amm
タイトルStructure of Leishmania major peroxidase D211N mutant
要素ASCORBATE PEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


iodide peroxidase activity / L-ascorbate oxidase activity / L-ascorbate peroxidase activity / stabilization of membrane potential / cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / cytochrome-c oxidase activity / calcium ion homeostasis / reactive oxygen species metabolic process / response to reactive oxygen species ...iodide peroxidase activity / L-ascorbate oxidase activity / L-ascorbate peroxidase activity / stabilization of membrane potential / cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / cytochrome-c oxidase activity / calcium ion homeostasis / reactive oxygen species metabolic process / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / negative regulation of apoptotic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidase; domain 1 / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Haem peroxidase superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / : / Cytochrome c peroxidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Chreifi, G. / Fields, J.B. / Hollingsworth, S.A. / Heyden, M. / Arce, A.P. / Magana-Garcia, H.I. / Poulos, T.L. / Tobias, D.J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: "Bind and Crawl" Association Mechanism of Leishmania Major Peroxidase and Cytochrome C Revealed by Brownian and Molecular Dynamics Simulations.
著者: Fields, J.B. / Hollingsworth, S.A. / Chreifi, G. / Heyden, M. / Arce, A.P. / Magana-Garcia, H.I. / Poulos, T.L. / Tobias, D.J.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASCORBATE PEROXIDASE
B: ASCORBATE PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5798
ポリマ－61,1872
非ポリマー1,3916
水1,71195
1
A: ASCORBATE PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2894
ポリマ－30,5941
非ポリマー6963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ASCORBATE PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,2894
ポリマ－30,5941
非ポリマー6963
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.249, 78.310, 160.977
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ASCORBATE PEROXIDASE / CYTOCHROME C PEROXIDASE


分子量: 30593.740 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TERMINAL CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 35-303 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q4Q3K2, L-ascorbate peroxidase, cytochrome-c peroxidase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE PROTEIN EXPRESSED IS DELTA34LMP, WHICH HAD THE FIRST 34 RESIDUES REMOVED.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5
詳細: 10% PEG MME 5000, 0.1M MES:NAOH PH 6.5, 7.5 MM PRASEODYMIUM(III) ACETATE HYDRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.0798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月10日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 34997 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 18.69
反射 シェル解像度: 2.09→2.17 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.55 / Mean I/σ(I) obs: 1.35 / % possible all: 94.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3RIV

3riv


解像度: 2.09→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 13.605 / SU ML: 0.162 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.211 / ESU R Free: 0.191 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED RESIDUES 301-303 ARE DISORDERED IN BOTH CHAINS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24455 1749 5 %RANDOM
Rwork0.18418 ---
obs0.18717 33248 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.359 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----2.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.09→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4254 0 90 95 4439
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0194464
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7041.9916066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88139562
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4175532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76123.942208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.53315748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.6861528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2620
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215058
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3563.5782134
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3553.5772133
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.1655.3532664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3053.882330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.094→2.149 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 112 -
Rwork0.297 2249 -
obs--92.92 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8518-0.018-0.59871.367-0.422.0727-0.10310.15110.0878-0.10150.0142-0.06390.18010.10180.08890.05930.011-0.0490.02920.00020.0921-18.3215-12.570427.5672
20.6368-0.01960.24491.7078-0.64612.08010.03350.1349-0.0046-0.3677-0.053-0.03280.08180.09710.01950.147-0.00950.00530.0996-0.02150.0565-17.6513-49.069611.0736
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A34 - 305
2X-RAY DIFFRACTION2B34 - 305

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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