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- PDB-5amb: Crystal structure of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5amb
タイトルCrystal structure of the Angiotensin-1 converting enzyme N-domain in complex with amyloid-beta 35-42
要素
  • AMYLOID BETA A4 PROTEIN
  • ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYMEアンジオテンシン変換酵素
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME (アンジオテンシン変換酵素) / METALLOPROTEASE (金属プロテアーゼ) / AMYLOID-BETA (アミロイドβ)
機能・相同性
機能・相同性情報


mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / tripeptidyl-peptidase activity / substance P catabolic process / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import ...mononuclear cell proliferation / cell proliferation in bone marrow / bradykinin receptor binding / regulation of angiotensin metabolic process / exopeptidase activity / tripeptidyl-peptidase activity / substance P catabolic process / アンジオテンシン変換酵素 / regulation of renal output by angiotensin / negative regulation of calcium ion import / positive regulation of peptidyl-cysteine S-nitrosylation / response to laminar fluid shear stress / positive regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of gap junction assembly / metallodipeptidase activity / cellular response to aldosterone / hormone catabolic process / bradykinin catabolic process / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / response to thyroid hormone / negative regulation of glucose import / 血管収縮 / regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / neutrophil mediated immunity / signaling receptor activator activity / cytosolic mRNA polyadenylation / collateral sprouting in absence of injury / hormone metabolic process / microglia development / regulation of smooth muscle cell migration / regulation of hematopoietic stem cell proliferation / regulation of synapse structure or activity / Formyl peptide receptors bind formyl peptides and many other ligands / regulation of Wnt signaling pathway / axo-dendritic transport / synaptic assembly at neuromuscular junction / smooth endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / axon midline choice point recognition / astrocyte activation involved in immune response / regulation of spontaneous synaptic transmission / mating behavior / NMDA selective glutamate receptor signaling pathway / mitogen-activated protein kinase binding / embryo development ending in birth or egg hatching / chloride ion binding / positive regulation of neurogenesis / 繊毛 / mitogen-activated protein kinase kinase binding / Lysosome Vesicle Biogenesis / PTB domain binding / Golgi-associated vesicle / arachidonic acid secretion / post-transcriptional regulation of gene expression / eating behavior / positive regulation of amyloid fibril formation / neuron remodeling / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / protein serine/threonine kinase binding / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / : / heterocyclic compound binding / peptide catabolic process / heart contraction / lung alveolus development / nuclear envelope lumen / suckling behavior / response to dexamethasone / presynaptic active zone / dendrite development / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / regulation of heart rate by cardiac conduction / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / neuromuscular process controlling balance / The NLRP3 inflammasome / regulation of presynapse assembly / transition metal ion binding / regulation of vasoconstriction / regulation of multicellular organism growth / intracellular copper ion homeostasis / negative regulation of long-term synaptic potentiation / negative regulation of neuron differentiation / peptidyl-dipeptidase activity / ECM proteoglycans / 小胞体 / hematopoietic stem cell differentiation / angiotensin maturation / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of T cell migration / blood vessel remodeling / spindle midzone / amyloid-beta metabolic process / animal organ regeneration / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / positive regulation of calcium-mediated signaling / carboxypeptidase activity
類似検索 - 分子機能
Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site ...Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain conserved site / Amyloidogenic glycoprotein, copper-binding domain superfamily / Copper-binding of amyloid precursor, CuBD / Amyloid precursor protein (APP) copper-binding (CuBD) domain signature. / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide superfamily / Beta-amyloid peptide (beta-APP) / Amyloidogenic glycoprotein, amyloid-beta peptide / Beta-amyloid precursor protein C-terminal / Amyloidogenic glycoprotein, intracellular domain, conserved site / Beta-amyloid precursor protein C-terminus / Amyloid precursor protein (APP) intracellular domain signature. / Amyloid precursor protein (APP) E1 domain profile. / Amyloid precursor protein (APP) E2 domain profile. / Amyloidogenic glycoprotein, extracellular / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding / Amyloidogenic glycoprotein, E2 domain / E2 domain superfamily / Amyloidogenic glycoprotein, heparin-binding domain superfamily / Amyloid A4 N-terminal heparin-binding / E2 domain of amyloid precursor protein / amyloid A4 / Amyloidogenic glycoprotein / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / Peptidase family M2 domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / アンジオテンシン変換酵素 / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / アミロイド前駆体タンパク質 / アンジオテンシン変換酵素
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Masuyer, G. / Larmuth, K.M. / Douglas, R.G. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2016
タイトル: The Kinetic and Structural Characterisation of Amyloid-Beta Metabolism by Human Angiotensin-1- Converting Enzyme (Ace)
著者: Larmuth, K.M. / Masuyer, G. / Douglas, R.G. / Sturrock, E.D. / Acharya, K.R.
履歴
登録2015年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月20日Group: Database references
改定 1.22016年4月6日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
B: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
P: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
Q: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,27322
ポリマ－146,7034
非ポリマー4,57018
水15,709872
1
A: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
P: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,77212
ポリマ－73,3512
非ポリマー2,42010
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-18.4 kcal/mol
Surface area24280 Å2
手法PISA
2
B: ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME
Q: AMYLOID BETA A4 PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,50110
ポリマ－73,3512
非ポリマー2,1508
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-27.5 kcal/mol
Surface area24390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.979, 76.950, 83.219
Angle α, β, γ (deg.)88.63, 64.14, 75.22
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABPQ

#1: タンパク質 ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME / アンジオテンシン変換酵素 / ACE / DIPEPTIDYL CARBOXYPEPTIDASE I / KININASE II


分子量: 72606.508 Da / 分子数: 2 / 断片: N DOMAIN, UNP RESIDUES 30-657 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MINIMALLY GLYCOSYLATED MUTANT / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO K1
発現宿主: CRICETULUS GRISEUS (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P12821, アンジオテンシン変換酵素
#2: タンパク質・ペプチド AMYLOID BETA A4 PROTEIN


分子量: 744.943 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 706-713 / 由来タイプ: 合成
詳細: ONLY DI-PEPTIDE ILE-ALA (41-42) VISIBLE IN STRUCTURE
由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: P05067

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糖 , 4種, 6分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

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非ポリマー , 6種, 884分子

#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#11: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 282.331 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#12: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 872 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.06 M DIVALENT CATIONS, 0.1 M TRIS/ BICINE PH 8.5, 30 % PEG550MME/PEG20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→29.6 Å / Num. obs: 209085 / % possible obs: 83.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 42.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3NXQ

3nxq


解像度: 1.55→74.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.968 / SU B: 4.676 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.091 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18115 9791 4.9 %RANDOM
Rwork0.1575 ---
obs0.15866 190161 87.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→74.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9920 0 291 872 11083
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01910548
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029609
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4391.96114338
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.507322110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75251216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.64223.762529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.103151605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9911566
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.21506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111805
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.022595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2593.2714870
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2593.7024869
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.0784.9236078
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.0788.7776079
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3165678
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.3165678
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0188258
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.40413300
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.26112896
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.461310503
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free43.5325233
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded30.141510814
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 416 -
Rwork0.291 7969 -
obs--49.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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