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- PDB-5akr: ATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF NITRITE BOUND STATE OF THE ACHROMO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5akr
タイトルATOMIC RESOLUTION STRUCTURE OF NITRITE BOUND STATE OF THE ACHROMOBACTER CYCLOCLASTES CU NITRITE REDUCTASE AT 0.87 A RESOLUTION
要素COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / CATALYSIS / NITRITE REDUCTASES / OXIDATION-REDUCTION / SUBSTRATE SPECIFICITY
機能・相同性
機能・相同性情報


denitrification pathway / nitrite reductase (NO-forming) / nitrite reductase (NO-forming) activity / nitrate assimilation / periplasmic space / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin ...Nitrite reductase, copper-type / Multicopper oxidase, type 1 / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Cupredoxins - blue copper proteins / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / Cupredoxin / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / COPPER (II) ION / MALONATE ION / NITRITE ION / Copper-containing nitrite reductase
類似検索 - 構成要素
生物種ACHROMOBACTER CYCLOCLASTES (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.87 Å
データ登録者Blakeley, M.P. / Hasnain, S.S. / Antonyuk, S.V.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2015
タイトル: Sub-Atomic Resolution X-Ray Crystallography and Neutron Crystallography: Promise, Challenges and Potential.
著者: Blakeley, M.P. / Hasnain, S.S. / Antonyuk, S.V.
履歴
登録2015年3月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,47010
ポリマ－40,8191
非ポリマー6509
水10,971609
1
A: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子

A: COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,40930
ポリマ－122,4583
非ポリマー1,95127
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_545-y,z-1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation7_555-z+1/2,-x,y+1/21
Buried area16930 Å2
ΔGint-108 kcal/mol
Surface area34870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.948, 94.948, 94.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2009-

HOH

21A-2019-

HOH

31A-2057-

HOH

41A-2059-

HOH

51A-2147-

HOH

61A-2171-

HOH

71A-2175-

HOH

81A-2331-

HOH

91A-2517-

HOH

101A-2672-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 COPPER-CONTAINING NITRITE REDUCTASE / CU-NIR


分子量: 40819.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) ACHROMOBACTER CYCLOCLASTES (バクテリア)
参照: UniProt: P25006, nitrite reductase (NO-forming)

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非ポリマー , 6種, 618分子

#2: 化合物 ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NO2 / NITRITE ION / 二酸化窒素


分子量: 46.005 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO2
#5: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 609 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.7 % / 解説: NONE
結晶化pH: 4.75
詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 100MM SODIUM ACETATE, PH 4.75

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.92
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.87→23 Å / Num. obs: 231231 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 32
反射 シェル解像度: 0.87→0.9 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BW4

2bw4


解像度: 0.87→17.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.989 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 0.323 / SU ML: 0.009 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.014 / ESU R Free: 0.015 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS IF THEY WERE VISIBLE IN FO-FC ELECTRON DENSITY AT 2 SIGMA VALUES REFINED INDIVIDUALLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12714 11344 5 %RANDOM
Rwork0.10892 ---
obs0.10984 214835 97.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.996 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.87→17.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2598 0 36 609 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193023
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.022167
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9981.9664153
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.94635032
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2135404
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.19924.254134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.92715495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.0511515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1180.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0213416
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2160.7161473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1420.7111465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4611.0781854
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.680.9031550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.2535190
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free57.36598
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded20.47755679
LS精密化 シェル解像度: 0.87→0.893 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 873 -
Rwork0.28 16002 -
obs--99.58 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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