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万見
- PDB-5aj8: Tubulin Binding Cofactor C from Leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aj8
タイトルTubulin Binding Cofactor C from Leishmania major
要素TUBULIN BINDING COFACTOR C
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


post-chaperonin tubulin folding pathway / tubulin complex assembly / protein folding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tubulin-specific chaperone C / Tubulin binding cofactor C-like domain / Tubulin binding cofactor C / CARP motif / Domain in CAPs (cyclase-associated proteins) and X-linked retinitis pigmentosa 2 gene product. / C-CAP/cofactor C-like domain / C-CAP/cofactor C-like domain profile. / Cyclase-associated protein CAP/septum formation inhibitor MinC, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
C-CAP/cofactor C-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Barrack, K.L. / Fyfe, P.K. / Finney, A.J. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: Mol.Biochem.Parasitol. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the C-Terminal Domain of Tubulin-Binding Cofactor C from Leishmania Major.
著者: Barrack, K.L. / Fyfe, P.K. / Finney, A.J. / Hunter, W.N.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TUBULIN BINDING COFACTOR C
B: TUBULIN BINDING COFACTOR C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3132
ポリマ－41,3132
非ポリマー00
水5,405300
1
A: TUBULIN BINDING COFACTOR C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6571
ポリマ－20,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: TUBULIN BINDING COFACTOR C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6571
ポリマ－20,6571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.644, 93.236, 48.277
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.38, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.6089, -0.01911, 0.793), (0.01711, -0.9998, -0.01095), (0.793, 0.006893, 0.6091)
ベクター: 20.1, 96.07, -38.21)

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要素

#1: タンパク質 TUBULIN BINDING COFACTOR C


分子量: 20656.740 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) LEISHMANIA MAJOR (大形リーシュマニア)
株: FRIEDLIN / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q4Q1A3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細TRUNCATED FORM COMPRISING RESIDUES 152-355

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 36 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97911
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97911 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→46.62 Å / Num. obs: 15839 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6.8 / % possible all: 86.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIXAUTOSOL位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.2→46.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.81 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.198 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19738 792 5 %RANDOM
Rwork0.1555 ---
obs0.15758 15026 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.539 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20 Å2-1.2 Å2
2---0.48 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2586 0 0 300 2886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0192777
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.022490
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3261.9323799
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94435748
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0665358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.41222.927123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.78115418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5851521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2413
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02677
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.8371.1121399
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.8281.111398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0151.6511768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8291.4081378
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.212 48 -
Rwork0.168 965 -
obs--85.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.40710.03880.721.854-0.36161.37930.04440.02310.0169-0.0322-0.05750.03290.09940.06190.01310.07290.00420.00460.0261-0.01110.022420.75342.120.831
20.40060.20410.72311.40810.5011.3201-0.0178-0.01750.0380.0557-0.0476-0.0292-0.0127-0.03540.06550.0814-0.00190.01850.0128-0.0060.014629.80254.21624.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A158 - 325
2X-RAY DIFFRACTION2B158 - 323

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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