PDB-5aiq: Crystal structure of ligand-free NadR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5aiq

タイトル

Crystal structure of ligand-free NadR

要素

TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

キーワード

TRANSCRIPTION / CELL ADHESION / VACCINE / MENINGITIS

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.716 Å

データ登録者

Liguori, A. / Malito, E. / Bottomley, M.J.

引用

ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis of Ligand-Dependent Regulation of Nadr, the Transcriptional Repressor of Meningococcal Virulence Factor Nada.
著者: Liguori, A. / Malito, E. / Lo Surdo, P. / Fagnocchi, L. / Cantini, F. / Haag, A.F. / Brier, S. / Pizza, M. / Delany, I. / Bottomley, M.J.

履歴

登録	2015年2月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年5月11日	Group: Database references
改定 1.2	2017年8月23日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 650

HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5aiq.cif.gz	217.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5aiq.ent.gz	177.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5aiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5aiq_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5aiq_full_validation.pdf.gz	453.5 KB	表示
XML形式データ	5aiq_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	5aiq_validation.cif.gz	25 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5aiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/5aiq	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	5aipSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hrm-d 4dsd-d 6lbk-2 6z31-d 3hsr-1 3myf-1 3deu-1 6ygz-d 3njl-3 4gh3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#221 - 2018年5月ヒトパピローマウイルスとワクチン (Human Papillomavirus and Vaccines) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

C: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

D: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

66.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

C: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

D: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
33.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.470, 69.470, 253.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(0.0921, 0.0552, 0.9942), (0.0801, -0.9956, 0.0478), (0.9925, 0.0752, -0.0961)	11.449, 34.5942, -15.2457
2	given	(-0.0171, 0.0685, 0.9975), (-0.481, 0.874, -0.0683), (-0.8765, -0.481, 0.018)	-11.0844, -1.5926, -65.6717
3	given	(0.9386, -0.3429, -0.0385), (0.338, -0.936, 0.0984), (-0.0698, 0.0793, 0.9944)	-56.3618, 27.2969, -24.9603

#1: タンパク質	TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY / NEISSERIAL ADHESIN A REGULATOR 分子量: 16603.125 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌) 株: MC58 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: Q7DD70
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 50 % PEG 3350, 0.13 M DI-AMMONIUM HYDROGEN CITRATE

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.2 Å / Num. obs: 17700 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 49.15 Å² / R_merge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 22.6
反射シェル	解像度: 2.72→2.88 Å / 冗長度: 12.8 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5AIP

5aip

解像度: 2.716→48.228 Å / SU ML: 0.37 / σ(F): 2.37 / 位相誤差: 25.38 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2722	884	5 %
R_work	0.2175	-	-
obs	0.2201	17698	99.93 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.716→48.228 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4144	0	0	19	4163

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	4173
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.823	5621
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.991	1615
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	680
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	723

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7162-2.8863	0.328	144	0.2811	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8863-3.1091	0.3157	143	0.283	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1091-3.422	0.3115	144	0.2427	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.422-3.9169	0.281	147	0.2132	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9169-4.9341	0.214	148	0.1808	2821	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9341-48.2358	0.2683	158	0.2046	3004	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6382	-0.2855	-2.1933	2.3115	0.1663	1.073	-0.0452	0.175	-0.1272	0.2431	0.1708	0.1226	0.1127	-0.0897	-0.2031	0.3945	0.0356	0.0208	0.2726	0.032	0.3348	-23.8829	10.6026	-24.5755
2	7.9893	1.9945	-1.1305	3.7192	-0.9496	0.3458	0.3868	1.0778	2.5158	0.2562	0.2985	1.5238	-0.6223	-0.2759	-0.4839	0.517	0.0614	0.1188	0.4366	0.2032	0.9193	-35.0635	22.2399	-24.2639
3	2.5647	1.8805	0.9636	3.5894	-0.9644	1.4625	0.3495	-0.525	-0.0018	0.6927	-0.1749	0.2306	-0.0523	-0.0407	-0.1383	0.5516	0.0311	0.1423	0.3801	-0.0932	0.2597	-20.8971	14.6303	-15.7157
4	1.2566	-0.6434	-2.8629	2.5448	1.7091	6.375	0.1235	0.0129	0.2667	-0.0662	-0.0031	0.1039	-0.0209	0.0319	-0.1208	0.2643	-0.028	0.0274	0.2543	-0.0278	0.2967	-13.9722	20.8346	-35.5973
5	5.8277	3.2288	-1.1624	2.9975	1.2598	6.1026	-0.0406	0.2207	-0.1465	-0.3938	-0.1105	-0.4177	0.8476	-0.2984	0.0666	0.5101	0.0334	0.0559	0.2128	-0.0113	0.2815	-15.3745	8.4505	-44.4193
6	4.0018	-1.2933	-0.2452	5.2078	-1.3504	1.3899	-0.6549	-0.569	-0.2332	0.2297	1.465	-0.237	1.5897	-0.4636	-0.4919	0.8171	0.014	-0.1002	0.4971	0.148	0.2692	-10.7688	8.6781	-52.1427
7	1.4051	0.8088	-1.2681	4.4191	3.4649	5.1871	0.0642	0.0723	0.2168	-0.3088	0.2781	-0.2853	-0.1831	0.83	-0.232	0.4056	0.0696	0.022	0.3455	0.0339	0.3062	-4.6539	23.5558	-40.2456
8	3.0703	1.608	-0.6207	6.5969	-1.366	7.2411	-0.173	-0.4002	-0.4116	0.7639	0.3525	-0.4656	0.5367	0.9831	-0.1824	0.3552	0.0221	0.0288	0.3651	-0.0389	0.3342	-6.053	11.8464	-22.4617
9	3.0917	-0.1254	0.232	5.3579	0.2897	2.5746	-0.2887	-0.6433	0.2087	0.4022	0.4907	0.2193	-0.0611	0.2389	-0.0289	0.3152	0.0071	0.0504	0.5486	-0.0247	0.2946	-38.6871	-8.2933	-4.4493
10	7.7597	-0.1597	3.2683	6.7671	-0.9181	9.1688	-0.0901	0.7154	0.1184	0.1746	0.4004	1.0694	0.2524	-0.6587	-0.3196	0.3522	-0.0446	0.0958	0.596	0.0478	0.4368	-48.2107	-4.0522	-19.6495
11	2.4685	-0.5766	-0.5407	2.5156	1.0221	9.0546	0.3726	1.7069	0.6056	-1.2441	0.0493	0.8073	-0.0048	-0.5731	-0.8576	0.5208	-0.025	0.0152	0.8298	0.1246	0.5163	-42.3156	-1.33	-27.5808
12	6.7697	0.2739	-4.3478	3.024	-4.3376	8.5085	0.9814	1.7318	0.1769	-1.419	0.8855	-0.764	1.0554	0.2823	-0.8968	0.4275	-0.1571	-0.058	0.7065	-0.3683	0.5672	-49.5243	-5.8837	-31.6579
13	4.7619	-4.3533	3.4647	4.266	-4.4348	8.9074	0.9824	1.5344	-0.3193	-0.584	-1.2234	1.2102	0.6112	0.6162	0.4198	0.7012	-0.204	-0.1957	0.7504	0.1526	0.799	-53.9691	-3.7765	-28.5114
14	3.8242	-0.8538	2.0925	0.5969	-0.2089	2.3407	0.0426	-0.726	0.6922	0.12	-1.0062	0.191	1.2537	-1.1974	0.8937	0.7074	-0.2779	0.1422	0.697	-0.1577	0.9211	-48.7689	-19.356	-14.2031
15	6.5824	-4.0051	1.6679	9.4205	-2.7725	4.2572	0.514	0.6287	-0.4191	-0.0059	-0.3734	1.2012	-0.3781	-0.8592	-0.0982	0.4265	0.0902	0.0213	0.8195	0.03	0.2919	-53.2534	-6.0917	-0.285
16	7.4262	5.8342	1.0257	7.9509	-3.1619	3.7895	0.4706	0.8709	0.8183	1.6067	0.0302	-0.0486	-0.6845	-0.4144	-0.3163	0.7142	0.2112	0.2541	0.635	0.0946	0.6041	-41.0209	5.0376	-5.4479
17	8.1747	1.5549	-1.7649	7.225	6.8661	8.2667	0.1243	-0.2258	0.211	-0.1847	0.0115	-0.0729	-0.2411	0.3227	-0.1124	0.5263	-0.0695	-0.1071	0.3688	0.1015	0.3406	-25.0243	-1.0511	-0.6935
18	5.2461	-0.1568	-2.0022	1.8574	-0.3955	1.0525	0.4895	-0.2672	0.8225	0.6574	-0.1738	-0.0194	-0.4349	0.009	-0.3839	0.6935	-0.1162	-0.0153	0.4876	-0.0144	0.3438	-36.0853	1.1542	6.6458

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 9 THROUGH 47 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 48 THROUGH 83 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 92 THROUGH 145 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 48 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'B' AND (RESID 49 THROUGH 76 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 77 THROUGH 92 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 93 THROUGH 122 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 123 THROUGH 145 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'C' AND (RESID 5 THROUGH 31 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'C' AND (RESID 32 THROUGH 63 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 64 THROUGH 76 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'C' AND (RESID 77 THROUGH 83 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	CHAIN 'C' AND (RESID 92 THROUGH 97 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	CHAIN 'C' AND (RESID 98 THROUGH 122 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	CHAIN 'C' AND (RESID 123 THROUGH 140 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	CHAIN 'D' AND (RESID 9 THROUGH 32 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	CHAIN 'D' AND (RESID 33 THROUGH 76 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	CHAIN 'D' AND (RESID 77 THROUGH 144 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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