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- PDB-5aip: Crystal structure of NadR in complex with 4-hydroxyphenylacetate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aip
タイトルCrystal structure of NadR in complex with 4-hydroxyphenylacetate
要素TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY
キーワードTRANSCRIPTION / CELL ADHESION / VACCINE / MENINGITIS
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
HTH-type transcriptional regulator HpaR/FarR / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A ...HTH-type transcriptional regulator HpaR/FarR / Transcriptional regulator MarR-type, conserved site / MarR-type HTH domain signature. / : / MarR family / MarR-type HTH domain profile. / helix_turn_helix multiple antibiotic resistance protein / MarR-type HTH domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
4-HYDROXYPHENYLACETATE / Transcriptional regulator, MarR family
類似検索 - 構成要素
生物種NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Liguori, A. / Malito, E. / Bottomley, M.J.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Molecular Basis of Ligand-Dependent Regulation of Nadr, the Transcriptional Repressor of Meningococcal Virulence Factor Nada.
著者: Liguori, A. / Malito, E. / Lo Surdo, P. / Fagnocchi, L. / Cantini, F. / Haag, A.F. / Brier, S. / Pizza, M. / Delany, I. / Bottomley, M.J.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY
B: TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,6403
ポリマ－33,4882
非ポリマー1521
水81145
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5520 Å2
ΔGint-34.4 kcal/mol
Surface area14690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.310, 75.310, 91.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2012-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.9275, 0.3691, 0.0601), (0.3598, 0.8372, 0.4118), (0.1017, 0.4036, -0.9093)
ベクター: 57.1539, -20.5919, 40.8422)

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要素

#1: タンパク質 TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, MARR FAMILY / NEISSERIAL ADHESIN A REGULATOR


分子量: 16743.811 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) NEISSERIA MENINGITIDIS SEROGROUP B (髄膜炎菌)
株: MC58 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: Q7DD70
#2: 化合物 ChemComp-4HP / 4-HYDROXYPHENYLACETATE / 4-ヒドロキシフェニル酢酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % / 解説: MR-SAD
結晶化pH: 6.5 / 詳細: H4 MORPHEUS SCREEN (MOLECULAR M AMINO ACIDS, PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→46 Å / Num. obs: 12320 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 23.6 % / Biso Wilson estimate: 23.88 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 25.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 23.2 % / Rmerge(I) obs: 0.39 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: 2FBI

2fbi


解像度: 2.3→39.197 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.46 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2602 585 4.8 %
Rwork0.2091 --
obs0.2115 12273 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2182 0 11 45 2238
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082238
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0853014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.596880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006391
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3001-2.53150.28851440.22362848X-RAY DIFFRACTION100
2.5315-2.89770.26571560.2262871X-RAY DIFFRACTION100
2.8977-3.65040.29341340.21772897X-RAY DIFFRACTION100
3.6504-39.20280.23171510.19253072X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24390.2954-0.12152.9639-4.90018.83910.1146-0.08670.0578-0.066-0.0841-0.1370.26760.54280.01050.188-0.01360.0090.2445-0.07740.292239.810517.477825.8242
23.1511.243-1.66734.17781.21933.8684-0.10880.3435-0.38570.0832-0.02760.02120.1776-0.24430.04720.1881-0.02580.02560.178-0.05520.286824.00479.046836.8705
33.5865-0.59020.96691.3613-0.85531.7366-0.10621.0292-0.6271-0.1354-0.25320.42930.3446-0.21190.18930.222-0.03430.010.4319-0.07930.385710.56727.778541.5195
43.35070.21650.18551.17870.07551.6695-0.0616-0.3724-0.3940.1012-0.04830.08210.02750.09-0.07470.16020.0219-0.04170.1121-0.01550.138932.992815.381445.5067
57.70052.0712.67288.39760.10058.0792-0.2996-0.6275-0.20060.7881-0.0652-0.0076-0.7226-0.58220.43720.27530.0550.05950.17420.00720.23631.73929.866833.8355
60.3772-0.4344-0.28450.65880.09861.47650.08260.1153-0.1882-0.2096-0.0970.06220.3001-0.21660.00870.1353-0.09290.0039-0.0023-0.13020.171231.723717.121117.5914
73.82841.4203-1.54262.7618-0.16123.8003-0.3273-0.3849-0.1196-0.07950.0387-0.2521-0.06041.29860.18410.1389-0.01620.0050.3983-0.06750.205246.700211.425717.8038
81.8435-0.08960.26822.194-0.45862.92920.4073-0.1198-0.30220.19580.1911-0.32310.64760.40620.62510.17870.0004-0.10570.1237-0.0980.129540.62513.850911.5856
93.32033.6353-2.00547.8284-2.65066.99390.0467-0.2208-0.39090.1612-0.0593-1.36570.24481.612-0.71570.19640.03530.03870.3832-0.18960.251149.54127.70646.4175
104.9804-3.9613-4.21845.27594.37365.7430.21270.63550.4225-0.5698-0.0586-0.1563-0.1513-0.62080.06690.1879-0.1164-0.09780.12180.05440.150631.799925.26129.0913
113.2767-1.13750.93353.3337-1.13082.1087-0.28920.3928-0.22810.5593-0.1168-0.108-0.21550.36710.09580.1953-0.1090.04820.066-0.02240.161640.729.298228.3489
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 77 THROUGH 91 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 92 THROUGH 122 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 123 THROUGH 140 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 9 THROUGH 48 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 49 THROUGH 63 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 64 THROUGH 76 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 77 THROUGH 97 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 98 THROUGH 122 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 123 THROUGH 145 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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