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- PDB-5ahw: Crystal structure of universal stress protein MSMEG_3811 in compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ahw
タイトルCrystal structure of universal stress protein MSMEG_3811 in complex with cAMP
要素UNIVERSAL STRESS PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / RV1636 HOMOLOG / USP TYPE 1 HOMODIMER / WALKER A-LIKE MOTIF / ATP-BINDING MOTIF
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Universal stress protein A family / UspA / Universal stress protein family / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / Chem-POG / Universal stress protein family protein, putative
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS STR. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Adolph, R.S. / Kleinboelting, S. / Weyand, M. / Steegborn, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: A Universal Stress Protein (Usp) in Mycobacteria Binds Camp
著者: Banerjee, A. / Adolph, R.S. / Gopalakrishnapai, J. / Kleinboelting, S. / Emmerich, C. / Steegborn, C. / Visweswariah, S.S.
履歴
登録2015年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年6月3日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
B: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
C: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
D: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
E: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
F: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,33124
ポリマ－91,3396
非ポリマー3,99218
水4,486249
1
A: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
B: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4649
ポリマ－30,4462
非ポリマー1,0187
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
C: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
D: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1468
ポリマ－30,4462
非ポリマー1,7006
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
E: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
F: UNIVERSAL STRESS PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7217
ポリマ－30,4462
非ポリマー1,2755
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-39.8 kcal/mol
Surface area11310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.530, 126.780, 151.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1149-

SO4

21A-2012-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
UNIVERSAL STRESS PROTEIN / HYPOTHETICAL PROTEIN MSMEG_3811


分子量: 15223.129 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS STR. MC2 155 (バクテリア)
プラスミド: PPROEX-HTA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0QYW6

-
非ポリマー , 5種, 267分子

#2: 化合物
ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-POG / (20S)-2,5,8,11,14,17-HEXAMETHYL-3,6,9,12,15,18-HEXAOXAHENICOSANE-1,20-DIOL / POLYPROPYLENE GLYCOL / HEPTAPROPYLENE GLYCOL


分子量: 424.569 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H44O8
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 249 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: PROTEIN WAS COCRYSTALLIZED WITH 5 MM CAMP IN 0.1 M MES, PH 6.0; 1.9 M AMMONIUM SULFATE; 6 % (V/V) POLYPROPYLENGLYCOL 400.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月23日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: SI111-DCM WITH SAGITTAL BENDER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→48.64 Å / Num. obs: 43084 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 2.15→2.21 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Z08

2z08


解像度: 2.15→48.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 12.713 / SU ML: 0.168 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.237 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2352 2155 5 %RANDOM
Rwork0.17875 ---
obs0.18158 40929 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5579 0 230 249 6058
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9012.0238066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.863313279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4755773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.89423.961207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.47315884
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6851547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0216569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9672.5073095
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9662.5063094
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.0543.7373852
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.0543.7373853
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.8613.0632795
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.8613.0642796
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3774.4394210
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.41922.3166617
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.41822.3226618
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.372 157 -
Rwork0.314 2968 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.159-1.0003-1.12412.79730.2862.7660.1370.4309-0.0464-0.6345-0.11270.0105-0.0839-0.2583-0.02430.48430.0317-0.03320.26570.02850.0106-1.0334-9.031113.8435
22.269-0.00240.13042.17320.12481.24220.03460.01070.2231-0.0698-0.0115-0.2972-0.20040.1388-0.02310.3422-0.03450.02250.1285-0.00130.06314.5406-5.202930.1722
31.5298-0.9577-0.59013.4871.37642.37380.0392-0.1779-0.06030.4918-0.07720.5815-0.0647-0.1220.0380.2604-0.04120.12880.1391-0.00670.123916.38735.25858.1775
42.08830.70510.22083.58090.48761.73220.0186-0.0296-0.26010.13-0.04130.22840.1963-0.13440.02260.1844-0.05520.00420.053-0.00780.065324.020514.485645.8442
52.3233-0.0410.74181.47310.59973.24170.13130.53930.0281-0.356-0.01570.05380.33270.058-0.11550.39960.0012-0.06560.27190.01510.014236.396620.051810.5669
62.2547-0.09730.48852.74330.44263.81270.12550.25550.3877-0.0456-0.23570.69270.0603-0.72360.11020.2081-0.0274-0.03290.35810.03930.266718.644531.088219.4077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 147
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 147
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 147
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 147
5X-RAY DIFFRACTION5E2 - 147
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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