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- PDB-5ahj: Yeast 20S proteasome in complex with Macyranone A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ahj
タイトルYeast 20S proteasome in complex with Macyranone A
要素
  • (PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE- ...) x 6
  • (PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE- ...) x 6
  • 20S PROTEASOME
  • PROBABLE PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
キーワードHYDROLASE / PROTEASOME / NATURAL PRODUCT / TARGET IDENTIFICATION / INHIBITION / BINDING ANALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase ...proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Proteasome assembly / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin-Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase / 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase activity / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / chorismate biosynthetic process / Ub-specific processing proteases / proteasome endopeptidase complex / endopeptidase activator activity / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome assembly / aromatic amino acid family biosynthetic process / threonine-type endopeptidase activity / proteasome core complex, alpha-subunit complex / amino acid biosynthetic process / Neutrophil degranulation / proteasome complex / peroxisome / endopeptidase activity / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / metal ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 ...DAHP synthetase, class II / Class-II DAHP synthetase family / Aminohydrolase, N-terminal nucleophile (Ntn) domain / Glutamine Phosphoribosylpyrophosphate, subunit 1, domain 1 / Proteasome beta subunit, C-terminal / Proteasome beta subunits C terminal / Proteasome subunit beta 4 / Proteasome subunit beta 2 / Proteasome beta 3 subunit / Proteasome subunit alpha6 / Proteasome subunit alpha5 / Proteasome beta-type subunits signature. / Peptidase T1A, proteasome beta-subunit / Proteasome beta-type subunit, conserved site / Proteasome subunit A N-terminal signature / Proteasome alpha-type subunits signature. / Proteasome alpha-subunit, N-terminal domain / Proteasome subunit A N-terminal signature Add an annotation / Proteasome B-type subunit / Proteasome beta-type subunit profile. / : / Proteasome alpha-type subunit / Proteasome alpha-type subunit profile. / Proteasome subunit / Proteasome, subunit alpha/beta / Nucleophile aminohydrolases, N-terminal / 4-Layer Sandwich / Aldolase-type TIM barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7IM / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 ...Chem-7IM / Phospho-2-dehydro-3-deoxyheptonate aldolase / Proteasome subunit alpha type-1 / Proteasome subunit beta type-4 / Proteasome subunit alpha type-3 / Proteasome subunit alpha type-2 / Proteasome subunit beta type-6 / Proteasome subunit beta type-2 / Proteasome subunit beta type-3 / Proteasome subunit beta type-5 / Proteasome subunit beta type-7 / Proteasome subunit alpha type-5 / Proteasome subunit beta type-1 / Proteasome subunit alpha type-6 / Proteasome subunit alpha type-4
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Etzbach, L. / Plaza, A. / Dubiella, C. / Groll, M. / Kaiser, M. / Mueller, R.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Macyranones: Structure, Biosynthesis, and Binding Mode of an Unprecedented Epoxyketone that Targets the 20S Proteasome.
著者: Keller, L. / Plaza, A. / Dubiella, C. / Groll, M. / Kaiser, M. / Muller, R.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月24日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2
B: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3
C: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4
D: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5
E: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6
F: PROBABLE PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
G: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1
H: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2
I: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3
J: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4
K: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5
L: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6
M: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7
N: 20S PROTEASOME
O: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2
P: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3
Q: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4
R: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5
S: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6
T: PROBABLE PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7
U: PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1
V: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2
W: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3
X: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4
Y: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5
Z: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6
a: PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7
b: 20S PROTEASOME
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)732,90747
ポリマ－728,54028
非ポリマー4,36719
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area119890 Å2
ΔGint-460.8 kcal/mol
Surface area213370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.670, 300.700, 143.990
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.52, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21O
12B
22P
13C
23Q
14D
24R
15E
25S
16F
26T
17G
27U
18H
28V
19I
29W
110J
210X
111K
211Y
112L
212Z
113M
213a
114N
214b

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1111A1 - 300
2111O1 - 300
1121B1 - 300
2121P1 - 300
1131C1 - 300
2131Q1 - 300
1141D1 - 300
2141R1 - 300
1151E1 - 300
2151S1 - 300
1161F1 - 300
2161T1 - 300
1171G1 - 300
2171U1 - 300
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11141N1 - 300
21141b1 - 300

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.999402, -0.00502, 0.03421), (-0.001103, -0.984273, -0.176651), (0.034559, -0.176583, 0.983679)66.29247, -289.35196, -26.48555

-
要素

-
PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE- ... , 6種, 12分子 AOBPCQDRESGU

#1: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-2 / MACROPAIN SUBUNIT Y7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y7 / PROTEASOME COMPONENT Y7 / ...MACROPAIN SUBUNIT Y7 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y7 / PROTEASOME COMPONENT Y7 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7


分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex
#2: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-3 / MACROPAIN SUBUNIT Y13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y13 / PROTEASOME COMPONENT Y13 ...MACROPAIN SUBUNIT Y13 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT Y13 / PROTEASOME COMPONENT Y13 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 13


分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex
#3: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-4 / MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE6 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE6 / PROTEASOME COMPONENT PRE6 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE6


分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex
#4: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-5 / MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP2 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PUP2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP2 / PROTEASOME COMPONENT PUP2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP2


分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex
#5: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-6 / MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE5 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE5 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE5 / PROTEASOME COMPONENT PRE5 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE5


分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex
#7: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-1 / MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / PROTEASOME COMPONENT C7- ...MACROPAIN SUBUNIT C7-ALPHA / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX C7 / PROTEASOME COMPONENT C7-ALPHA / PROTEASOME COMPONENT Y8 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 7 / SCL1 SUPPRESSOR PROTEIN


分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex

-
タンパク質 , 2種, 4分子 FTNb

#6: タンパク質 PROBABLE PROTEASOME SUBUNIT ALPHA TYPE-7 / MACROPAIN SUBUNIT C1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C1 / PROTEASOME COMPONENT C1 / ...MACROPAIN SUBUNIT C1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C1 / PROTEASOME COMPONENT C1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 1


分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex
#14: タンパク質 20S PROTEASOME / MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE3 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE3 / PROTEASOME COMPONENT PRE3 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE3


分子量: 21517.186 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex

-
PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE- ... , 6種, 12分子 HVIWJXKYLZMa

#8: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-2 / MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP1 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PUP1 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP1 / PROTEASOME COMPONENT PUP1 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PUP1


分子量: 25114.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex
#9: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-3 / MACROPAIN SUBUNIT PUP3 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PUP3 / PROTEASOME COMPONENT PUP3


分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex
#10: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-4 / MACROPAIN SUBUNIT C11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C11 / PROTEASOME COMPONENT C11 ...MACROPAIN SUBUNIT C11 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C11 / PROTEASOME COMPONENT C11 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT 11


分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex
#11: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-5 / MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE2 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE2 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE2 / PROTEASOME COMPONENT PRE2 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE2


分子量: 23325.248 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex
#12: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-6 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT C5 / PROTEASOME COMPONENT C5


分子量: 24883.928 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex
#13: タンパク質 PROTEASOME SUBUNIT BETA TYPE-7 / MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE4 / PROTEASOME COMPONENT ...MACROPAIN SUBUNIT PRE4 / MULTICATALYTIC ENDOPEPTIDASE COMPLEX SUBUNIT PRE4 / PROTEASOME COMPONENT PRE4 / PROTEINASE YSCE SUBUNIT PRE4


分子量: 25945.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex

-
非ポリマー , 5種, 352分子

#15: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#17: 化合物
ChemComp-7IM / N-[(2S)-3-{[(1S)-1-carboxy-2-phenylethyl]amino}-2-methyl-3-oxopropanoyl]-L-threonyl-N-[(3S,4S)-1,3-dihydroxy-6-methylheptan-4-yl]-L-allothreoninamide / Macyranone-A


分子量: 610.696 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H46N4O10
#18: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#19: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.48 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.8 / 詳細: 100 MM MES, PH 7.0 12% MPD 20 MM MGAC2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月7日
放射モノクロメーター: LN2 COOLED FIXED-EXIT. SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 250454 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 97

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENRTY 1RYP

1ryp


解像度: 2.8→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 32.325 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.288 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21894 12523 5 %RANDOM
Rwork0.19407 ---
obs0.19531 237931 97.52 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 72.811 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.33 Å20 Å2-3.16 Å2
2---8.05 Å20 Å2
3---3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49303 0 293 333 49929
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.01950495
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0248250
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9551.96968332
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X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
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X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3234.62625312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9886.92631588
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2095.02825182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.859398745
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free36.7925237
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.254597942
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11A3099tight positional00.05
11A3283tight positional0.070.05
11A3439tight positional0.010.05
11A3618tight positional0.010.05
11A3031tight positional0.010.05
12O3099tight positional00.05
12O3283tight positional0.070.05
12O3439tight positional0.010.05
12O3618tight positional0.010.05
12O3031tight positional0.010.05
11A3795tight thermal4.660.5
12O3795tight thermal4.660.5
21B3756tight thermal4.50.5
22P3756tight thermal4.50.5
31C3729tight thermal12.530.5
32Q3729tight thermal12.530.5
41D3578tight thermal6.380.5
42R3578tight thermal6.380.5
51E3509tight thermal8.620.5
52S3509tight thermal8.620.5
61F3749tight thermal6.130.5
62T3749tight thermal6.130.5
71G3769tight thermal3.130.5
72U3769tight thermal3.130.5
81H3418tight thermal2.780.5
82V3418tight thermal2.780.5
91I3119tight thermal3.130.5
92W3119tight thermal3.130.5
101J3099tight thermal3.110.5
102X3099tight thermal3.110.5
111K3283tight thermal3.370.5
112Y3283tight thermal3.370.5
121L3439tight thermal3.040.5
122Z3439tight thermal3.040.5
131M3618tight thermal2.750.5
132a3618tight thermal2.750.5
141N3031tight thermal2.340.5
142b3031tight thermal2.340.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.34 889 -
Rwork0.343 16890 -
obs--97.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1127-0.08650.04130.2165-0.12250.0821-0.06430.1007-0.050.14420.0168-0.1247-0.1093-0.03630.04750.2799-0.05910.01880.2608-0.05360.338466.687-92.144146.0279
20.1612-0.06680.03340.160.10520.2389-0.1374-0.0443-0.0972-0.1098-0.00630.0626-0.16990.09150.14370.3939-0.0770.1080.29140.08810.28859.2358-87.90716.444
30.22830.18090.02360.15050.01430.0141-0.0758-0.02030.0594-0.10410.01460.03050.02430.02520.06120.3875-0.00190.01250.23910.07820.231432.0298-87.5821.0784
40.2376-0.10370.03950.1408-0.05560.086-0.0331-0.095-0.0675-0.08080.00340.1841-0.02160.08730.02970.29820.0735-0.15980.20930.09550.42922.8159-90.336213.6361
50.0160.0321-0.00710.1538-0.11410.2121-0.0173-0.02260.00710.0066-0.01120.1492-0.07030.05290.02840.1680.09210.10180.23750.01260.527-3.5113-94.728845.6134
60.14880.0570.06270.03150.01530.0805-0.0342-0.02180.00750.0343-0.01650.0407-0.0453-0.01340.05070.43590.04380.25330.2708-0.09370.251214.9434-95.387269.8352
70.04580.00430.01570.05380.07310.21690.00660.081-0.01010.1091-0.012-0.031-0.0121-0.02210.00540.5192-0.031-0.03080.1746-0.06870.174247.4043-93.565371.1591
80.0355-0.0196-0.03660.20030.00820.03860.02690.09980.01250.1511-0.0354-0.2056-0.0273-0.10.00850.2116-0.0185-0.06390.3298-0.04980.340867.2376-130.19148.0799
90.0091-0.01690.01150.6076-0.08070.02470.0195-0.0577-0.0016-0.1142-0.0109-0.1287-0.0092-0.0541-0.00860.1521-0.01370.23610.4021-0.00210.372368.2021-127.567420.7675
100.061-0.0562-0.00290.445-0.15810.0720.0676-0.10950.0326-0.2179-0.01190.0720.03140.0577-0.05560.3635-0.00730.15740.34450.01330.187144.5533-126.7086-0.6398
110.02490.04210.05040.35260.29090.32810.0206-0.0293-0.0204-0.15030.02250.123-0.0420.0982-0.04310.27760.0132-0.1390.28350.03840.3210.6886-131.1382.4845
120.0225-0.06310.00790.440.09960.1460.0003-0.0353-0.032-0.0620.01080.2371-0.05010.0797-0.01110.04650.02330.07870.36340.06090.5033-4.6614-134.622428.5924
130.09580.03290.08850.23480.03910.09340.04890.05810.02890.1481-0.02450.07130.0220.0186-0.02440.25230.00860.25160.37390.01240.29857.6476-138.275160.4226
140.1925-0.0121-0.11690.5153-0.01550.07870.06280.14160.0490.2517-0.0506-0.1244-0.0039-0.0859-0.01230.4456-0.0080.03340.3004-0.04010.093839.887-134.421870.5485
150.0536-0.0104-0.03290.3080.16960.12530.00680.07070.06540.08840.02210.05450.1064-0.0343-0.02880.2613-0.0793-0.09380.20720.07490.39091.8975-206.913336.5078
160.01610.0149-0.03350.06180.01540.1547-0.0275-0.0113-0.0063-0.09410.0115-0.02050.0296-0.03520.01590.3232-0.0431-0.18340.1723-0.06690.35358.3073-205.62226.4242
170.2820.07190.2410.10110.05380.30930.20470.0748-0.1062-0.0697-0.05790.11320.02280.1157-0.14680.52290.1163-0.18950.1371-0.20550.309135.442-203.3244-9.5044
180.1658-0.03610.110.15190.06560.140.1467-0.0950.0536-0.1973-0.0939-0.12410.0205-0.1008-0.05290.40520.10170.1990.2765-0.07060.323664.902-202.78682.9638
190.13760.23990.06570.45110.0790.14920.05380.0597-0.14350.08890.1334-0.290.0216-0.0713-0.18730.08710.089-0.08380.203-0.12490.704972.0375-204.022834.6274
200.17630.1106-0.08830.0807-0.01680.19460.16350.0065-0.20440.1109-0.0617-0.1646-0.0737-0.1378-0.10190.39470.0168-0.3530.12560.13260.501554.284-207.847958.9966
210.0354-0.0520.0260.2392-0.09850.0860.06170.0269-0.00960.11760.00550.0054-0.0081-0.0039-0.06720.4515-0.0401-0.12170.13690.10080.26621.8969-210.053360.8015
220.05420.07790.04450.2915-0.02840.09150.080.02320.0310.1013-0.03590.20160.04110.1054-0.04410.1286-0.01630.10830.38980.080.40561.4984-169.812145.3094
230.1187-0.06550.06790.2299-0.09360.0811-0.0059-0.05740.0214-0.14740.03830.15440.05170.0468-0.03240.151-0.0029-0.11370.31140.01070.398-0.2183-167.484817.9797
240.0941-0.22820.00280.5968-0.01050.00280.0328-0.033-0.0295-0.149-0.0070.0351-0.00510.0221-0.02570.3724-0.0016-0.07430.2563-0.04060.204122.8766-164.4602-3.8442
250.0278-0.11470.02590.4966-0.10610.03710.0323-0.02090.0081-0.1670.0145-0.03920.00270.0166-0.04670.26870.0230.23620.3811-0.06890.275556.8828-160.6364-0.7249
260.01930.0428-0.07890.2293-0.17730.34380.00390.01050.0146-0.00810.0024-0.18840.0276-0.0625-0.00630.0850.05130.09220.3623-0.05530.490172.8693-161.798625.1815
270.1125-0.00540.04830.27160.01360.06040.01460.1086-0.03940.2376-0.03-0.1369-0.0002-0.03110.01540.26470.0075-0.1360.2869-0.0070.317261.4145-163.930857.4093
280.15280.2140.08380.3980.14710.07510.11450.0823-0.03770.2838-0.0374-0.06960.0389-0.0297-0.07710.4242-0.0170.08360.31090.07210.140429.4583-169.613967.4935
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 250
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 244
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 240
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 242
5X-RAY DIFFRACTION5E3 - 233
6X-RAY DIFFRACTION6F2 - 244
7X-RAY DIFFRACTION7G2 - 242
8X-RAY DIFFRACTION8H1 - 222
9X-RAY DIFFRACTION9I1 - 204
10X-RAY DIFFRACTION10J1 - 195
11X-RAY DIFFRACTION11K1 - 212
12X-RAY DIFFRACTION12L1 - 222
13X-RAY DIFFRACTION13M1 - 233
14X-RAY DIFFRACTION14N1 - 196
15X-RAY DIFFRACTION15O1 - 250
16X-RAY DIFFRACTION16P1 - 244
17X-RAY DIFFRACTION17Q1 - 240
18X-RAY DIFFRACTION18R1 - 242
19X-RAY DIFFRACTION19S3 - 233
20X-RAY DIFFRACTION20T2 - 244
21X-RAY DIFFRACTION21U2 - 242
22X-RAY DIFFRACTION22V1 - 222
23X-RAY DIFFRACTION23W1 - 204
24X-RAY DIFFRACTION24X1 - 195
25X-RAY DIFFRACTION25Y1 - 212
26X-RAY DIFFRACTION26Z1 - 222
27X-RAY DIFFRACTION27a1 - 233
28X-RAY DIFFRACTION28b1 - 196

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る