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- PDB-5agy: CRYSTAL STRUCTURE OF A TAU CLASS GST MUTANT FROM GLYCINE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5agy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF A TAU CLASS GST MUTANT FROM GLYCINE
要素GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / BINDING SITE / CATALYTIC DOMAIN / ENZYME / INDUCTION / DETOXIFICATION / HERBICIDES / KINETICS / SITE-DIRECTED MUTAGENESIS / SOY BEANS / GLUTATHIONE TRANSFERASE / PROTEIN STABILITY / CATALYTIC MECHANISM / XENOBIOTIC BINDING / ALLOSTERISM
機能・相同性
機能・相同性情報


response to chemical / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-NITROPHENYL METHANETHIOL / S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE / PHOSPHATE ION / Tau class glutathione S-transferase / Glutathione S-transferase
類似検索 - 構成要素
生物種GLYCINE MAX (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Axarli, I. / Muleta, A.W. / Vlachakis, D. / Kossida, S. / Kotzia, G. / Dhavala, P. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2016
タイトル: Directed Evolution of Tau Class Glutathione Transferases Reveals a Site that Regulates Catalytic Efficiency and Masks Cooperativity.
著者: Axarli, I. / Muleta, A.W. / Vlachakis, D. / Kossida, S. / Kotzia, G. / Maltezos, A. / Dhavala, P. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
B: GLUTATHIONE S-TRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6979
ポリマ－51,1112
非ポリマー1,5857
水7,386410
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5640 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area19080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.241, 77.602, 99.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLUTATHIONE S-TRANSFERASE / GMGSTU4-MUTANT


分子量: 25555.590 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) GLYCINE MAX (ダイズ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: O49235, UniProt: I1MJ34*PLUS, glutathione transferase
#2: 化合物 ChemComp-4NM / 4-NITROPHENYL METHANETHIOL / 4-ニトロベンゼンメタンチオ-ル


分子量: 170.209 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8NO2S
#3: 化合物 ChemComp-GTB / S-(P-NITROBENZYL)GLUTATHIONE


分子量: 442.444 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N4O8S
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 410 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5
詳細: PEG 4K 27.5%, NH4OAC 0.2 M, NAOAC 0.1 M, PH 5.0, 10 MM GTB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9537
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年5月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→19.79 Å / Num. obs: 48837 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.95 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.75→1.85 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OYJ

1oyj


解像度: 1.75→19.794 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1874 1999 4.1 %
Rwork0.1667 --
obs0.1675 48816 99.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.859 Å2 / ksol: 0.394 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→19.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3585 0 103 410 4098
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0144062
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0025262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9091525
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068557
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004671
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79370.30571380.24913230X-RAY DIFFRACTION98
1.7937-1.84220.2511410.22273287X-RAY DIFFRACTION99
1.8422-1.89640.23631400.20343308X-RAY DIFFRACTION99
1.8964-1.95750.24481400.18373299X-RAY DIFFRACTION100
1.9575-2.02740.20471420.17253310X-RAY DIFFRACTION100
2.0274-2.10850.20581420.16783309X-RAY DIFFRACTION99
2.1085-2.20440.19731410.16813315X-RAY DIFFRACTION100
2.2044-2.32040.21811430.16093336X-RAY DIFFRACTION100
2.3204-2.46550.17231420.15813335X-RAY DIFFRACTION100
2.4655-2.65550.16641430.16343356X-RAY DIFFRACTION100
2.6555-2.9220.19831440.16933370X-RAY DIFFRACTION100
2.922-3.3430.1861450.1723391X-RAY DIFFRACTION100
3.343-4.20520.17231450.14353406X-RAY DIFFRACTION100
4.2052-19.79540.15451530.16213565X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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