[日本語] English
万見
- PDB-1oyj: Crystal structure solution of Rice GST1 (OsGSTU1) in complex with... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1oyj
タイトルCrystal structure solution of Rice GST1 (OsGSTU1) in complex with glutathione.
要素glutathione s-transferase
キーワードTRANSFERASE / herbicide detoxification / plant glutathione S-transferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferases Tau, C-terminal alpha helical domain, plant / Glutathione S-transferase Omega/Tau-like / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / Probable glutathione S-transferase GSTU1 / Probable glutathione S-transferase GSTU1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Dixon, D.P. / McEwen, A.G. / Lapthorn, A.J. / Edwards, R.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Forced evolution of a herbicide detoxifying glutathione transferase.
著者: Dixon, D.P. / McEwen, A.G. / Lapthorn, A.J. / Edwards, R.
履歴
登録2003年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月29日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32011年12月21日Group: Non-polymer description
改定 1.42012年3月21日Group: Non-polymer description
改定 1.52012年4月4日Group: Non-polymer description
改定 1.62012年4月25日Group: Derived calculations
改定 1.72023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE At the time of processing, only a nucleotide sequence (GenBank accession AAAA01008376) was ...SEQUENCE At the time of processing, only a nucleotide sequence (GenBank accession AAAA01008376) was available. No corresponding protein sequence was available in a public sequence database.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: glutathione s-transferase
B: glutathione s-transferase
C: glutathione s-transferase
D: glutathione s-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,38443
ポリマ－103,6224
非ポリマー3,76239
水11,007611
1
A: glutathione s-transferase
B: glutathione s-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,41220
ポリマ－51,8112
非ポリマー1,60118
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6620 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
2
C: glutathione s-transferase
D: glutathione s-transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,97223
ポリマ－51,8112
非ポリマー2,16121
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6670 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area19610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.829, 91.129, 165.034
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
glutathione s-transferase


分子量: 25905.553 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa (イネ) / プラスミド: pET11 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: O65032, UniProt: Q10CE7*PLUS, glutathione transferase

-
非ポリマー , 5種, 650分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.85 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.74
詳細: PEG 4000, magnesium chloride, HEPES, pH 7.74, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: unknown / 詳細: Thom, R., (2002) Biochemistry, 41, 7008.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年5月17日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→40 Å / Num. all: 85157 / Num. obs: 78138 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.102
反射 シェル解像度: 1.95→2.001 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GWC

1gwc


解像度: 1.95→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 5.879 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.174 / ESU R Free: 0.162 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22675 3635 5.1 %RANDOM
Rwork0.17786 ---
all0.1803 ---
obs0.1803 68290 84.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.79 Å20 Å20 Å2
2--1.87 Å20 Å2
3----3.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7083 0 217 611 7911
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0217482
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1111.98310097
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.228315852
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9913895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.757151261
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2040.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028341
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021681
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2660.31841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2180.36573
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1230.53
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2220.5592
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1840.517
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1820.51
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1970.333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.290.375
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.562
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other0.1160.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2861.54471
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.13227104
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04633011
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7754.52993
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.257 215
Rwork0.217 4019
obs-4019
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1569-0.0189-0.76640.86030.0871.83270.12010.15160.0641-0.054-0.01910.1056-0.2438-0.3116-0.1010.13920.04850.02310.07230.020.117929.18984.746233.2955
20.8635-0.0243-0.25990.6852-0.0742.2732-0.03090.0103-0.05060.0032-0.00580.01250.01780.23770.03680.1151-0.0062-0.00090.0401-0.00690.115343.9683-6.993140.5815
31.8351-1.0092-0.81461.57750.35822.2412-0.147-0.1591-0.14980.16330.07680.22680.2650.03590.07020.0730.00290.07610.06260.04480.152124.7587-6.484861.1306
41.1174-0.3257-0.17221.0777-0.62420.72850.1055-0.06920.20270.1003-0.0578-0.1419-0.2338-0.1009-0.04770.10710.00050.0780.02440.0040.174425.686313.612159.4548
51.3756-0.1792-0.45190.97720.02382.35160.14890.1160.0565-0.0412-0.06280.0635-0.2496-0.3223-0.08610.120.04520.010.10380.01630.095628.550650.547571.9272
60.6875-0.12250.39610.6775-0.09231.8159-0.01240.0671-0.0893-0.0062-0.033-0.03780.08230.16950.04540.1074-0.0032-0.01330.06190.0030.096543.626639.303579.3675
72.3581-0.9653-0.13421.29840.18382.4289-0.0945-0.2844-0.14320.04290.0990.13430.2072-0.0707-0.00440.0307-0.00260.04970.14620.04560.097424.839140.759899.8997
81.2347-0.3794-0.40191.24550.0422.19910.0757-0.1170.2316-0.00720.0174-0.2215-0.482-0.0679-0.09310.07380.01960.0580.0626-0.01740.132225.501860.871397.4962
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 922 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2AA95 - 23095 - 230
3X-RAY DIFFRACTION3BB3 - 923 - 92
4X-RAY DIFFRACTION4BB94 - 22794 - 227
5X-RAY DIFFRACTION5CC3 - 943 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6CC95 - 22995 - 229
7X-RAY DIFFRACTION7DD4 - 924 - 92
8X-RAY DIFFRACTION8DD95 - 22795 - 227
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る