PDB-5ag8: CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN O...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ag8

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT (665I6H) OF THE C-TERMINAL DOMAIN OF RGPB

要素

GINGIPAIN R2

キーワード

HYDROLASE / TYPE IX SECRETION SYSTEM

機能・相同性

機能・相同性情報

gingipain R / calcium-dependent cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

PORPHYROMONAS GINGIVALIS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

de Diego, I. / Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Golik, P. / Szmigielski, B. / Nowak, M. / Nowakowska, Z. / Potempa, B. / Koneru, L. / Nguyen, K.A. ...

引用

ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: The Outer-Membrane Export Signal of Porphyromonas Gingivalis Type Ix Secretion System (T9Ss) is a Conserved C-Terminal Beta-Sandwich Domain.
著者: De Diego, I. / Ksiazek, M. / Mizgalska, D. / Koneru, L. / Golik, P. / Szmigielski, B. / Nowak, M. / Nowakowska, Z. / Potempa, B. / Houston, J.A. / Enghild, J.J. / Thogersen, I.B. / Gao, J. / ...

履歴

登録	2015年1月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ag8.cif.gz	126.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ag8.ent.gz	99.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ag8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ag8_validation.pdf.gz	457.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ag8_full_validation.pdf.gz	458.5 KB	表示
XML形式データ	5ag8_validation.xml.gz	15.5 KB	表示
CIF形式データ	5ag8_validation.cif.gz	22.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/5ag8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/5ag8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ag9C 5hfsC 1cvrS 5agb PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ag9-2 5up8-d 2i5h-d 5ag9-1 5ds2-2 3gr5-d 5cmq-d 2c2u-d 6ts1-d 5myw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1)

登録構造単位

A: GINGIPAIN R2

B: GINGIPAIN R2

ヘテロ分子

36.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: GINGIPAIN R2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: GINGIPAIN R2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.470, 61.740, 55.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	GINGIPAIN R2 / ARG-GINGIPAIN / GINGIPAIN 2 / RGP-2 / ARG-GINGIPAIN B 分子量: 17876.293 Da / 分子数: 2 / 断片: IGSF AND CTD DOMAINS, RESIDUES 577-736 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: HEXAHISTIDINE INSERTION AFTER SER 664 / 由来: (天然) PORPHYROMONAS GINGIVALIS (バクテリア) / 株: W83 / 参照: UniProt: P95493, gingipain R
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	HEXAHISTIDINE TAG INSERTED AFTER SER 664 FIRST TWO RESIDUES ARE REMANENT OF THE ENGINEERED 3C PROTEASE SITE

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.2 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 30% PEG 4000, 0.2M (NH4)2SO4, 10% PEG 300

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.9724
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9724 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.92 Å / Num. obs: 23941 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 20.5
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CVR

1cvr

解像度: 1.9→48.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 5.574 / SU ML: 0.086 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED. HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT. RESIDUES 663-671 ARE DISORDERED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20247	769	3.2 %	RANDOM
R_work	0.16087	-	-	-
obs	0.16227	23171	98.59 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	-0 Å²	-0.48 Å²
2-	-	-0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→48.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2208	0	37	234	2479

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.02	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.98	1.977	3060
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.268	5	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.518	25.897	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.585	15	396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.395	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.145	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	1586
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.243	44	-
R_work	0.187	1444	-
obs	-	-	86.26 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6645	0.3287	1.7913	1.4821	1.0235	3.1777	-0.0207	-0.0478	0.0524	-0.0831	-0.0219	-0.037	0.0163	-0.0306	0.0427	0.0463	-0.0044	0.0004	0.005	0.0076	0.022	-9.9265	13.4708	-0.92
2	1.8559	0.1708	0.3853	2.1984	0.3536	2.9125	-0.0231	-0.0231	0.0612	0.1018	-0.016	0.0621	0.0244	-0.1347	0.0391	0.0156	0.0073	0.0045	0.0255	0.0102	0.0124	-25.6019	1.6338	-19.5503
3	4.1843	1.0371	0.5234	1.6685	-0.0735	1.0623	-0.001	-0.0533	-0.0584	-0.1159	-0.0264	0.0169	-0.0054	-0.0131	0.0273	0.0438	0.0037	-0.0072	0.0031	-0.0054	0.0172	4.5301	3.4866	10.9766
4	2.1983	0.3188	-0.8432	2.4217	0.2612	2.1018	0.0109	-0.1044	-0.0254	0.0999	0.0504	0.0294	0.0134	0.0593	-0.0613	0.0231	0.0095	-0.004	0.0354	0.01	0.0096	28.7108	15.3333	13.2421
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.1165	0	0	0.1165	0	0.1165	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	579 - 662
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	672 - 736
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	579 - 662
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	672 - 736
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	2001 - 2127
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	2001 - 2107

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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