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- PDB-5aes: Crystal Structure of murine Chronophin (Pyridoxal Phosphate Phosp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aes
タイトルCrystal Structure of murine Chronophin (Pyridoxal Phosphate Phosphatase) in Complex with a PNP-derived Inhibitor
要素PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / PDXP / PLPP / HALOACID DEHALOGENASE / HAD PHOSPHATASE / HAD HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / cellular response to ATP / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase ...pyridoxal phosphatase / pyridoxal phosphate catabolic process / actin rod assembly / pyridoxal phosphatase activity / contractile ring / positive regulation of actin filament depolymerization / cellular response to ATP / regulation of mitotic nuclear division / myosin phosphatase activity / protein-serine/threonine phosphatase / growth factor binding / phosphoprotein phosphatase activity / cleavage furrow / lamellipodium membrane / dephosphorylation / heat shock protein binding / protein dephosphorylation / regulation of cytokinesis / ruffle membrane / cell-cell junction / actin cytoskeleton / midbody / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
2-phosphoglycolate phosphatase, eukaryotic / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5B0 / Chronophin
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.751 Å
データ登録者Knobloch, G. / Jabari, N. / Koehn, M. / Gohla, A. / Schindelin, H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Synthesis of Hydrolysis-Resistant Pyridoxal 5'-Phosphate Analogs and Their Biochemical and X-Ray Crystallographic Characterization with the Pyridoxal Phosphatase Chronophin.
著者: Knobloch, G. / Jabari, N. / Stadlbauer, S. / Schindelin, H. / Kohn, M. / Gohla, A.
履歴
登録2015年1月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Atomic model / Other
改定 1.22015年6月10日Group: Database references
改定 2.02017年6月28日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_source
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _diffrn_source.type
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE
B: PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8657
ポリマ－63,2302
非ポリマー6355
水77543
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-35.3 kcal/mol
Surface area24250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.810, 166.810, 166.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.1451, -0.2508, -0.9571), (-0.2571, -0.9246, 0.2812), (-0.9554, 0.2869, 0.06972)
ベクター: 41.62, -100.3, 64.14)

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要素

#1: タンパク質 PYRIDOXAL PHOSPHATE PHOSPHATASE / PLP PHOSPHATASE / CHRONOPHIN / CHRONOPHIN


分子量: 31614.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PETM-11 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P60487, pyridoxal phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-5B0 / {2-[5-hydroxy-4-(hydroxymethyl)-6-methylpyridin-3-yl]ethyl}phosphonic acid


分子量: 247.185 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14NO5P
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.1M IMIDAZOLE (PH 8.0), 0.2M NACL, 1M SODIUM TARTRATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→32.71 Å / Num. obs: 20219 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 67.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.95 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4BX3

4bx3


解像度: 2.751→32.714 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2466 1026 5.1 %
Rwork0.1895 --
obs0.1923 20098 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 50.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.3788 Å2-0.4678 Å2-1.0621 Å2
2--0.4361 Å20.3969 Å2
3---0.124 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.751→32.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4403 0 40 43 4486
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064531
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9326184
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1791685
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044681
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004817
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7505-2.89550.29621510.26132700X-RAY DIFFRACTION100
2.8955-3.07670.30251450.24342711X-RAY DIFFRACTION100
3.0767-3.31410.24811580.21322706X-RAY DIFFRACTION100
3.3141-3.64720.26461510.19662691X-RAY DIFFRACTION99
3.6472-4.1740.2911540.17572709X-RAY DIFFRACTION99
4.174-5.25530.18671250.16872734X-RAY DIFFRACTION99
5.2553-32.71640.23471420.18212821X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19950.1515-0.33010.4023-0.39250.6421-0.20820.0359-0.3249-0.1773-0.1754-0.18770.26690.1219-0.10250.22180.0085-0.00120.3699-0.10390.348540.1834-73.497948.2377
20.0049-0.0152-0.01740.03450.0270.0277-0.0502-0.12170.12620.1283-0.02070.38830.3048-0.1671-0.00010.265-0.03230.010.461-0.02560.300827.6961-69.84760.7523
30.17240.0182-0.09550.10160.15350.4639-0.0411-0.31650.28590.23090.2301-0.0940.17170.05170.38110.15-0.0217-0.09540.5019-0.18240.25229.9459-55.201660.5566
4-0.0001-0.00940.02630.044-0.06240.08840.067-0.09840.1326-0.05250.0943-0.09110.0691-0.1060.0480.2242-0.1134-0.07640.4534-0.27240.643125.7035-33.215855.2168
50.52670.23490.35260.43890.10120.2850.0421-0.41950.24610.2820.2604-0.1575-0.1457-0.07540.40610.1709-0.06650.00930.4743-0.14360.261419.8216-39.637157.0681
60.1777-0.0533-0.07460.0241-0.01680.15510.0272-0.07230.0264-0.06850.1657-0.1074-0.0701-0.05580.32380.1844-0.0818-0.01080.3903-0.03220.362620.8138-47.175245.8131
70.0303-0.08030.01240.16120.04690.4139-0.1507-0.0261-0.2703-0.18170.1407-0.08320.2953-0.0202-0.07220.2657-0.07110.01130.3452-0.11430.258433.0886-67.127645.5512
80.62550.118-0.66330.48880.01051.11930.33750.56910.2616-0.3289-0.02590.3463-0.6402-0.44480.27630.4265-0.0282-0.08140.57920.16350.326-1.9414-33.460819.1556
90.10220.0842-0.04720.0851-0.00760.0478-0.0463-0.0564-0.0363-0.0591-0.1150.00230.05530.0634-0.15090.216-0.546-0.2050.50140.11680.5635-5.7927-60.744633.0703
100.6516-0.13180.2380.2087-0.22740.51260.3306-0.13-0.4159-0.12930.03880.37390.189-0.08250.93540.1832-0.1337-0.10320.39440.07910.38912.4847-50.348835.0424
110.1778-0.2109-0.07040.48980.12760.06420.29740.26850.2048-0.43460.0607-0.0328-0.48150.25440.50040.4594-0.12830.14820.79230.12630.239810.2321-33.707816.0457
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 25 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 26 THROUGH 49 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 50 THROUGH 100 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 101 THROUGH 115 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 116 THROUGH 151 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 152 THROUGH 219 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 220 THROUGH 290 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 100 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 101 THROUGH 115 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 116 THROUGH 219 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 220 THROUGH 291 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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