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- PDB-5aen: Structure of human Leukotriene A4 hydrolase in complex with inhib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aen
タイトルStructure of human Leukotriene A4 hydrolase in complex with inhibitor dimethyl(2- (4-phenoxyphenoxy)ethyl)amine
要素LEUKOTRIENE A-4 HYDROLASE
キーワードHYDROLASE / LEUKOTRIENE (LT) A4 HYDROLASE/AMINOPEPTIDASE / LTA4H
機能・相同性
機能・相同性情報


leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / protein metabolic process / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins ...leukotriene-A4 hydrolase / leukotriene-A4 hydrolase activity / tripeptide aminopeptidase activity / tripeptide aminopeptidase / Biosynthesis of protectins / protein metabolic process / Biosynthesis of aspirin-triggered D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(R)-resolvins / Biosynthesis of D-series resolvins / Biosynthesis of E-series 18(S)-resolvins / Synthesis of Leukotrienes (LT) and Eoxins (EX) / epoxide hydrolase activity / leukotriene biosynthetic process / response to zinc ion / peptide catabolic process / type I pneumocyte differentiation / metalloaminopeptidase activity / aminopeptidase activity / response to peptide hormone / lipid metabolic process / tertiary granule lumen / peptidase activity / ficolin-1-rich granule lumen / Neutrophil degranulation / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal domain / Leukotriene A4 hydrolase/leucine aminopeptidase / Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal / Peptidase M1, LTA-4 hydrolase/aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / : / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Zincin-like - #30 / Zincin-like ...Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal domain / Leukotriene A4 hydrolase/leucine aminopeptidase / Peptidase M1, leukotriene A4 hydrolase/aminopeptidase C-terminal / Peptidase M1, LTA-4 hydrolase/aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / : / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Leukotriene A4 hydrolase, C-terminal / Aminopeptidase, leukotriene A4 hydrolase-like / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N,N-dimethyl-2-(4-phenoxyphenoxy)ethanamine / IMIDAZOLE / YTTERBIUM (III) ION / Leukotriene A-4 hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.864 Å
データ登録者Moser, D. / Wittmann, S.K. / Kramer, J. / Blocher, R. / Achenbach, J. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
引用ジャーナル: J.Chem.Inf.Model. / 年: 2015
タイトル: Peng: A Neural Gas-Based Approach for Pharmacophore Elucidation. Method Design, Validation and Virtual Screening for Novel Ligands of Lta4H.
著者: Moser, D. / Wittmann, S.K. / Kramer, J. / Blocher, R. / Achenbach, J. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月11日Group: Database references
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_biol
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEUKOTRIENE A-4 HYDROLASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,1609
ポリマ－69,0071
非ポリマー1,1538
水10,953608
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.996, 86.953, 98.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 LEUKOTRIENE A-4 HYDROLASE / LTA-4 HYDROLASE / LEUKOTRIENE A4 HYDROLASE / LEUKOTRIENE A(4)


分子量: 69006.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09960, leukotriene-A4 hydrolase

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非ポリマー , 5種, 616分子

#2: 化合物 ChemComp-DP8 / N,N-dimethyl-2-(4-phenoxyphenoxy)ethanamine / RB-202


分子量: 257.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H19NO2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-YB / YTTERBIUM (III) ION


分子量: 173.040 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Yb
#5: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1 MICROLITTER OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 10MM TRIS-HCL, 25MM KCL, AND 4 MG/ML TO 8 MG/ML LTA4H (PH 8) WAS MIXED AT DIFFERENT RATIOS (0.5:1, 1:1, AND 1:2) WITH PRECIPITATE SOLUTION ...詳細: 1 MICROLITTER OF PROTEIN SOLUTION CONTAINING 10MM TRIS-HCL, 25MM KCL, AND 4 MG/ML TO 8 MG/ML LTA4H (PH 8) WAS MIXED AT DIFFERENT RATIOS (0.5:1, 1:1, AND 1:2) WITH PRECIPITATE SOLUTION CONTAINING 0:15M IMIDAZOLE, 0:1M SODIUM ACETATE PH 6, 14% PEG-8000, AND 5MM YBCL3, AND CRYSTALLIZED AT 17:4 C FOR TWO WEEKS BY HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION METHOD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.72873
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.72873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→49.72 Å / Num. obs: 53242 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 13.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 27.6
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.25 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 63.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GW6

1gw6


解像度: 1.864→49.715 Å / SU ML: 0.12 / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 18.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1888 4958 5 %
Rwork0.1704 --
obs0.1713 53240 93.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.864→49.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4854 0 34 608 5496
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2456802
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1921840
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073756
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007865
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.864-1.88520.3154390.2436716X-RAY DIFFRACTION21
1.8852-1.90740.2751750.22481559X-RAY DIFFRACTION47
1.9074-1.93060.24651140.21272226X-RAY DIFFRACTION65
1.9306-1.95510.22841450.20112741X-RAY DIFFRACTION82
1.9551-1.98080.26251560.19733004X-RAY DIFFRACTION88
1.9808-2.00790.21261670.18133139X-RAY DIFFRACTION94
2.0079-2.03660.23871710.17483261X-RAY DIFFRACTION98
2.0366-2.0670.18661760.16483332X-RAY DIFFRACTION99
2.067-2.09930.18761770.16673351X-RAY DIFFRACTION100
2.0993-2.13370.20131750.16483397X-RAY DIFFRACTION100
2.1337-2.17050.20871760.16013349X-RAY DIFFRACTION100
2.1705-2.210.18681830.15643378X-RAY DIFFRACTION100
2.21-2.25250.18771770.15883342X-RAY DIFFRACTION100
2.2525-2.29850.18331800.16023392X-RAY DIFFRACTION100
2.2985-2.34840.17581820.15653380X-RAY DIFFRACTION100
2.3484-2.40310.19661740.15073384X-RAY DIFFRACTION100
2.4031-2.46320.16981790.15753355X-RAY DIFFRACTION100
2.4632-2.52980.19341780.16333347X-RAY DIFFRACTION100
2.5298-2.60420.17771760.16093349X-RAY DIFFRACTION100
2.6042-2.68820.19081810.16143337X-RAY DIFFRACTION100
2.6882-2.78430.19891800.16713405X-RAY DIFFRACTION100
2.7843-2.89580.20391800.16923377X-RAY DIFFRACTION100
2.8958-3.02760.1811780.18423336X-RAY DIFFRACTION100
3.0276-3.18720.17961790.19083378X-RAY DIFFRACTION100
3.1872-3.38680.1971750.18923383X-RAY DIFFRACTION100
3.3868-3.64820.19431750.17293368X-RAY DIFFRACTION100
3.6482-4.01520.16021760.1613359X-RAY DIFFRACTION100
4.0152-4.59590.15921760.15023373X-RAY DIFFRACTION100
4.5959-5.78890.19371760.16123372X-RAY DIFFRACTION100
5.7889-49.73310.16321820.19253355X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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