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- PDB-5ae5: Structures of inactive and activated DntR provide conclusive evid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ae5
タイトルStructures of inactive and activated DntR provide conclusive evidence for the mechanism of action of LysR transcription factors
要素LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
キーワードTRANSCRIPTION / LYSR-TYPE TRANSCRIPTION REGULATORS / LTTR / TRANSCRIPTION FACTOR / HELIX-TURN-HELIX / DNA BINDING PROTEIN / ROSSMANN-LIKE FOLD / APO-DNTR
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A ...: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LysR-type regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Lerche, M. / Dian, C. / Round, A. / Lonneborg, R. / Brzezinski, P. / Leonard, G.A.
引用ジャーナル: Sci.Rep. / 年: 2016
タイトル: The Solution Configurations of Inactive and Activated Dntr Have Implications for the Sliding Dimer Mechanism of Lysr Transcription Factors.
著者: Lerche, M. / Dian, C. / Round, A. / Lonneborg, R. / Brzezinski, P. / Leonard, G.A.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年2月10日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
B: LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,57311
ポリマ－69,7452
非ポリマー8299
水1,45981
1
A: LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
B: LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子

A: LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
B: LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,14722
ポリマ－139,4894
非ポリマー1,65818
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_564x,x-y+1,-z-1/61
Buried area15260 Å2
ΔGint-80.8 kcal/mol
Surface area53470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.132, 107.132, 297.844
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2037-

HOH

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要素

#1: タンパク質 LYSR-TYPE REGULATORY PROTEIN / DNTR


分子量: 34872.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) BURKHOLDERIA CEPACIA (バクテリア)
株: DNT / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / Variant (発現宿主): PREP4 / 参照: UniProt: Q7WT50
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8
詳細: 0.2 M SODIUM POTASSIUM TARTRATE, 0.1 M TRIS-HCL PH 8.0, 5 % (W/V) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) AND SI (311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.64→47.14 Å / Num. obs: 30522 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 65.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 13.5
反射 シェル解像度: 2.64→2.79 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UTB

1utb


解像度: 2.645→47.142 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 21.32 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2272 1537 5.1 %
Rwork0.1994 --
obs0.2009 30423 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 93.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.645→47.142 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4405 0 54 81 4540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044554
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9696188
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3411633
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065706
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005808
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.645-2.73030.30991310.27092486X-RAY DIFFRACTION97
2.7303-2.82790.33371330.25262589X-RAY DIFFRACTION100
2.8279-2.94110.25031350.23082555X-RAY DIFFRACTION100
2.9411-3.0750.27361240.22812601X-RAY DIFFRACTION100
3.075-3.2370.22661480.19782586X-RAY DIFFRACTION100
3.237-3.43980.25991450.19922590X-RAY DIFFRACTION100
3.4398-3.70530.19341370.17932611X-RAY DIFFRACTION100
3.7053-4.0780.20751540.17042617X-RAY DIFFRACTION100
4.078-4.66760.16751410.15962663X-RAY DIFFRACTION100
4.6676-5.87890.20941440.1952690X-RAY DIFFRACTION100
5.8789-47.14960.26681450.23122898X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.0335-1.34154.00580.5751-1.59425.8090.8682-0.58780.38670.66760.5581-0.0331.2913-1.6691-1.03441.21880.09790.07081.65550.2031.8902-25.271160.545928.227
24.0414-4.64141.20147.7842-3.43432.10150.1374-0.0632-1.62850.43481.67920.21550.2373-0.5361-1.18991.0965-0.0954-0.03651.1356-0.13823.0282-28.689861.371325.3716
31.6429-0.21430.41752.17340.76453.8075-0.0627-0.07990.14260.1387-0.007-0.0953-0.56710.10310.05730.54340.0399-0.00470.2418-0.00310.3752-6.672623.6862-13.1821
46.3484-0.03770.95095.79371.01175.0359-0.3851-0.65740.42890.17530.98210.5957-0.22380.3918-0.80181.4381-0.11090.30171.3681-0.06441.4297-2.914155.6364-63.442
52.4178-1.092-0.72211.97861.07363.35230.30340.36010.4062-0.2399-0.162-0.1102-1.1033-0.4388-0.15160.69960.1720.02150.37360.01330.4649-21.457530.5694-32.192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 33 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 34 THROUGH 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 85 THROUGH 303 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'B' AND (RESID 5 THROUGH 65 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 66 THROUGH 300 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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