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- PDB-5ady: Cryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ady
タイトルCryo-EM structures of the 50S ribosome subunit bound with HflX
要素
  • (50S RIBOSOMAL PROTEIN ...) x 31
  • 23S RRNA
  • 5S RRNA
  • GTPASE HFLX
キーワードRIBOSOME / RIBOSOME RESCUE
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation ...ribosome disassembly / guanosine tetraphosphate binding / stringent response / ribosomal large subunit binding / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / positive regulation of ribosome biogenesis / RNA-binding transcription regulator activity / translational termination / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / rescue of stalled ribosome / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / ribosome assembly / cytosolic ribosome assembly / response to reactive oxygen species / regulation of cell growth / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / response to heat / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HflX, C-terminal domain / HflX C-terminal domain / GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...HflX, C-terminal domain / HflX C-terminal domain / GTPase HflX / GTPase HflX, N-terminal / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain / GTP-binding protein, middle domain / GTPase HflX, N-terminal domain superfamily / GTP-binding GTPase N-terminal / GTP-binding GTPase Middle Region / HflX-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / Ribosomal protein L1, bacterial-type / GTP binding domain / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / : / Ribosomal protein L1, conserved site / Ribosomal protein L1 signature. / Ribosomal protein L1 / Ribosomal protein L1, 3-layer alpha/beta-sandwich / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L1-like / Ribosomal protein L1/ribosomal biogenesis protein / Ribosomal protein L1p/L10e family / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / : / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL10 / Large ribosomal subunit protein uL11 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein uL1 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / GTPase HflX / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Zhang, Y. / Mandava, C.S. / Cao, W. / Li, X. / Zhang, D. / Li, N. / Zhang, Y. / Zhang, X. / Qin, Y. / Mi, K. ...Zhang, Y. / Mandava, C.S. / Cao, W. / Li, X. / Zhang, D. / Li, N. / Zhang, Y. / Zhang, X. / Qin, Y. / Mi, K. / Lei, J. / Sanyal, S. / Gao, N.
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2015
タイトル: HflX is a ribosome-splitting factor rescuing stalled ribosomes under stress conditions.
著者: Yanqing Zhang / Chandra Sekhar Mandava / Wei Cao / Xiaojing Li / Dejiu Zhang / Ningning Li / Yixiao Zhang / Xiaoxiao Zhang / Yan Qin / Kaixia Mi / Jianlin Lei / Suparna Sanyal / Ning Gao /
要旨: Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a ...Adverse cellular conditions often lead to nonproductive translational stalling and arrest of ribosomes on mRNAs. Here, we used fast kinetics and cryo-EM to characterize Escherichia coli HflX, a GTPase with unknown function. Our data reveal that HflX is a heat shock-induced ribosome-splitting factor capable of dissociating vacant as well as mRNA-associated ribosomes with deacylated tRNA in the peptidyl site. Structural data demonstrate that the N-terminal effector domain of HflX binds to the peptidyl transferase center in a strikingly similar manner as that of the class I release factors and induces dramatic conformational changes in central intersubunit bridges, thus promoting subunit dissociation. Accordingly, loss of HflX results in an increase in stalled ribosomes upon heat shock. These results suggest a primary role of HflX in rescuing translationally arrested ribosomes under stress conditions.
履歴
登録2015年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月21日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32017年8月2日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: em_image_scans / em_software / struct_conn / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42018年6月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value
改定 1.52018年10月24日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.62024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-3133
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32
1: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33
2: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34
3: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35
4: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36
5: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1
6: GTPASE HFLX
7: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10
A: 5S RRNA
B: 23S RRNA
C: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2
D: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3
E: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4
F: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5
G: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6
H: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9
I: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11
J: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13
K: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14
L: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15
M: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16
N: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17
O: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18
P: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19
Q: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20
R: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21
S: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22
T: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23
U: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24
V: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25
W: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27
X: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28
Y: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29
Z: 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,448,69336
ポリマ－1,448,14634
非ポリマー5472
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
50S RIBOSOMAL PROTEIN ... , 31種, 31分子 0123457CDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ

#1: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#2: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#3: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#4: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L35 / RIBOSOMAL PROTEIN A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#5: タンパク質・ペプチド 50S RIBOSOMAL PROTEIN L36 / RIBOSOMAL PROTEIN B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6
#6: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L1


分子量: 24765.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L0
#8: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L10 / 50S RIBOSOMAL PROTEIN L8


分子量: 17736.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J3
#11: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#12: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60438
#13: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#14: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#15: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#16: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#17: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L11


分子量: 14894.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7J7
#18: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#19: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#20: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#21: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY7
#22: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#23: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#24: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#25: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#26: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#27: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#28: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#29: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#30: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919
#31: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#32: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#33: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#34: タンパク質 50S RIBOSOMAL PROTEIN L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51

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タンパク質 , 1種, 1分子 6

#7: タンパク質 GTPASE HFLX / GTP-BINDING PROTEIN HFLX


分子量: 48392.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: A GMPPNP AND A MAGNESIUM ION ARE INCLUDED IN THIS CHAIN.
由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P25519

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RNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#9: RNA鎖 5S RRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 507148446
#10: RNA鎖 23S RRNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI K-12 (大腸菌) / 参照: GenBank: 507148266

-
非ポリマー , 2種, 2分子

#35: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#36: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 50S-HFLX COMPLEX / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2 / pH: 7.5 / 詳細: 20MM TRIS-HCL, 100MM NH4CL, 10MM MGCL2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年1月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 75000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1RELION３次元再構成
2SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: SINGLE PARTICLE RECONSTRUCTION / 解像度: 4.5 Å / 粒子像の数: 384206 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.1659 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 1.1659 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD -3133. (DEPOSITION ID: 13705).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / 詳細: METHOD--MDFF REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE
原子モデル構築PDB-ID: 3FIK

3fik
PDB 未公開エントリ


Accession code: 3FIK / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 4.5 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 4.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数32510 64821 33 0 97364

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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