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- PDB-5acm: Mcg immunoglobulin variable domain with methylene blue -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5acm
タイトルMcg immunoglobulin variable domain with methylene blue
要素MCG
キーワードIMMUNE SYSTEM / MCG / IMMUNOGLOBULIN VARIABLE DOMAIN / METHYLENE BLUE
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM / Immunoglobulin lambda variable 2-8
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Brumshtein, B. / Esswein, S.R. / Salwinski, L. / Phillips, M.L. / Ly, A.T. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
引用ジャーナル: Elife / : 2015
タイトル: Inhibition by small-molecule ligands of formation of amyloid fibrils of an immunoglobulin light chain variable domain.
著者: Brumshtein, B. / Esswein, S.R. / Salwinski, L. / Phillips, M.L. / Ly, A.T. / Cascio, D. / Sawaya, M.R. / Eisenberg, D.S.
履歴
登録2015年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.type
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MCG
B: MCG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,08410
ポリマ-23,1312
非ポリマー9538
3,747208
1
A: MCG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2346
ポリマ-11,5661
非ポリマー6695
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MCG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,8504
ポリマ-11,5661
非ポリマー2843
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.220, 31.080, 73.630
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 MCG


分子量: 11565.510 Da / 分子数: 2 / 断片: IG LAMBDA CHAIN V-II REGION MGC / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 組織: BLOOD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01709
#2: 化合物 ChemComp-MBT / 3,7-BIS(DIMETHYLAMINO)PHENOTHIAZIN-5-IUM / METHYLENE BLUE / 3,7-ビス(ジメチルアミノ)フェノチアジン-5-イウム


分子量: 284.399 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C16H18N3S / コメント: 薬剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 208 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5
詳細: 0.2 M NH4CL, 2.2 M (NH4)2SO4, 0.5 M METHYLENE BLUE, pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.907
11-h,-k,l20.093
反射解像度: 1.05→40 Å / Num. obs: 73808 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 1.05→1.08 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 82

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4UNU
解像度: 1.05→39.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.986 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.983 / SU B: 0.23 / SU ML: 0.006 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.004 / ESU R Free: 0.004 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12234 4102 5 %RANDOM
Rwork0.11033 ---
obs0.11092 78400 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.864 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.54 Å20 Å2-1.58 Å2
2--5.44 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→39.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1596 0 56 208 1860
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0460.021698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.021482
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.2721.9842321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.1823.0033432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0685221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.7152564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.97115239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.251154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2440.2259
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.0211952
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0150.02372
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0281.44875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.031.44874
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0522.1671090
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6421.734823
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.42733180
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.787574
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.15753281
LS精密化 シェル解像度: 1.049→1.076 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.079 315 -
Rwork0.071 5577 -
obs--96.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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