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- PDB-5acb: Crystal Structure of the Human Cdk12-Cyclink Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5acb
タイトルCrystal Structure of the Human Cdk12-Cyclink Complex
要素
  • CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
  • CYCLIN-K
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase ...cyclin K-CDK12 complex / cyclin K-CDK13 complex / nuclear cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / regulation of MAP kinase activity / cyclin/CDK positive transcription elongation factor complex / negative regulation by host of viral genome replication / negative regulation of stem cell differentiation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / positive regulation of DNA-templated transcription, elongation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / regulation of signal transduction / cyclin-dependent kinase / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Polymerase II Transcription Elongation / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / cyclin binding / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / RNA splicing / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / mRNA processing / protein autophosphorylation / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / cell division / protein serine kinase activity / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma ...Cyclin-T2-like, C-terminal domain / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin/Cyclin-like subunit Ssn8 / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5I1 / Cyclin K / Cyclin-K / Cyclin-dependent kinase 12
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Dixon Clarke, S.E. / Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Mackenzie, A. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mahajan, P. / Tallant, C. / Chalk, R. / Wiggers, H. ...Dixon Clarke, S.E. / Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Mackenzie, A. / Goubin, S. / Strain-Damerell, C. / Mahajan, P. / Tallant, C. / Chalk, R. / Wiggers, H. / Kopec, J. / Fitzpatrick, F. / Burgess-Brown, N. / Carpenter, E.P. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Bullock, A.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Covalent Targeting of Remote Cysteine Residues to Develop Cdk12 and Cdk13 Inhibitors.
著者: Zhang, T. / Kwiatkowski, N. / Olson, C.M. / Dixon-Clarke, S.E. / Abraham, B.J. / Greifenberg, A.K. / Ficarro, S.B. / Elkins, J.M. / Liang, Y. / Hannett, N.M. / Manz, T. / Hao, M. / ...著者: Zhang, T. / Kwiatkowski, N. / Olson, C.M. / Dixon-Clarke, S.E. / Abraham, B.J. / Greifenberg, A.K. / Ficarro, S.B. / Elkins, J.M. / Liang, Y. / Hannett, N.M. / Manz, T. / Hao, M. / Bartkowiak, B. / Greenleaf, A.L. / Marto, J.A. / Geyer, M. / Bullock, A.N. / Young, R.A. / Gray, N.S.
履歴
登録2015年8月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月31日Group: Database references
改定 1.22016年9月21日Group: Database references
改定 1.32016年10月5日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYCLIN-K
B: CYCLIN-K
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,4466
ポリマ－140,3264
非ポリマー1,1202
水00
1
B: CYCLIN-K
C: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7233
ポリマ－70,1632
非ポリマー5601
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area26210 Å2
手法PISA
2
A: CYCLIN-K
D: CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7233
ポリマ－70,1632
非ポリマー5601
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3320 Å2
ΔGint-12.6 kcal/mol
Surface area25000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.780, 148.690, 91.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 CYCLIN-K / CCNK


分子量: 30443.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: G3V5E1, UniProt: O75909*PLUS
#2: タンパク質 CYCLIN-DEPENDENT KINASE 12 / CDC2-RELATED KINASE / ARGININE/SERINE-RICH / CRKRS / CELL DIVISION CYCLE 2-RELATED PROTEIN KINASE 7 ...CDC2-RELATED KINASE / ARGININE/SERINE-RICH / CRKRS / CELL DIVISION CYCLE 2-RELATED PROTEIN KINASE 7 / CDC2-RELATED PROTEIN KINASE 7 / CELL DIVISION PROTEIN KINASE 12 / HCDK12


分子量: 39719.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PFB-LIC-BSE / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NYV4, cyclin-dependent kinase
#3: 化合物 ChemComp-5I1 / N-[4-[(3R)-3-[[5-chloranyl-4-(1H-indol-3-yl)pyrimidin-2-yl]amino]piperidin-1-yl]carbonylphenyl]-4-(dimethylamino)butanamide


分子量: 560.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34ClN7O2

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.96 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 10% PEG8000, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, 0.1M HEPES PH7.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9765
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→41.3 Å / Num. obs: 36020 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→91.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 17.327 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.372 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26187 1756 4.9 %RANDOM
Rwork0.2214 ---
obs0.22339 34240 98.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.27 Å20 Å2-1.55 Å2
2--4.76 Å20 Å2
3----4.78 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→91.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8993 0 80 0 9073
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0199311
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028651
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1371.96912646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9743.00319868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.55951123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.45524.177419
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.842151535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4051543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.21384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110421
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022156
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1446.2254513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1436.2234512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6349.3235629
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9566.334798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 122 -
Rwork0.341 2581 -
obs--98.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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