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- PDB-5aby: Complex of C. elegans eIF4E-3 with the 4E-binding protein Mextli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5aby
タイトルComplex of C. elegans eIF4E-3 with the 4E-binding protein Mextli
要素
  • 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
  • EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
キーワードTRANSLATION / GENE REGULATION / CAP BINDING PROTEIN / 4E BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


translation initiation complex / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of formation of translation initiation ternary complex / ISG15 antiviral mechanism / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / 21U-RNA metabolic process / RNA cap binding complex / piRNA processing ...translation initiation complex / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / regulation of formation of translation initiation ternary complex / ISG15 antiviral mechanism / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / 21U-RNA metabolic process / RNA cap binding complex / piRNA processing / eukaryotic initiation factor 4E binding / eukaryotic translation initiation factor 4F complex / RNA 7-methylguanosine cap binding / embryo development ending in birth or egg hatching / translation initiation factor activity / positive regulation of translation / translational initiation / regulation of translation / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein Mextli / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / KH domain / K Homology domain, type 1 ...Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein Mextli / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / RNA Cap, Translation Initiation Factor Eif4e / Eukaryotic translation initiation factor 4E (eIF-4E), conserved site / Eukaryotic initiation factor 4E signature. / Translation Initiation factor eIF- 4e / Eukaryotic initiation factor 4E / Translation Initiation factor eIF- 4e-like / KH domain / K Homology domain, type 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Eukaryotic translation initiation factor 4E-3 / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein Mextli homolog
類似検索 - 構成要素
生物種CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Peter, D. / Weichenrieder, O.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2015
タイトル: Mextli Proteins Use Both Canonical Bipartite and Novel Tripartite Binding Modes to Form Eif4E Complexes that Display Differential Sensitivity to 4E-BP Regulation
著者: Peter, D. / Weber, R. / Koene, C. / Chung, M.-Y. / Ebertsch, L. / Truffault, V. / Weichenrieder, O. / Igreja, C. / Izaurralde, E.
履歴
登録2015年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
B: 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
D: 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
F: 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,67911
ポリマ－81,3546
非ポリマー3255
水7,819434
1
A: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
B: 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2103
ポリマ－27,1182
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
ΔGint-17.9 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
2
C: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
D: 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2595
ポリマ－27,1182
非ポリマー1413
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-29.1 kcal/mol
Surface area11460 Å2
手法PISA
3
E: EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3
F: 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2103
ポリマ－27,1182
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-18.3 kcal/mol
Surface area11400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.240, 157.580, 55.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2051-

HOH

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要素

#1: タンパク質 EUKARYOTIC TRANSLATION INITIATION FACTOR 4E-3 / EIF-4E-3 / EIF4E-3 / EIF-4F 25 KDA SUBUNIT / MRNA CAP-BINDING PROTEIN


分子量: 22377.488 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 30-215 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
プラスミド: PETMCN (PNYC) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: O61955
#2: タンパク質・ペプチド 4E-BINDING PROTEIN MEXTLI


分子量: 4740.511 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 471-507 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): STAR / 参照: UniProt: Q9XW13
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE FIRST FOUR RESIDUES OF CHAINS A, C, E REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. THE FIRST FOUR RESIDUES ...THE FIRST FOUR RESIDUES OF CHAINS A, C, E REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG. THE FIRST FOUR RESIDUES OF CHAINS B, D, F REMAIN FROM THE EXPRESSION TAG.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 0.1M TRIS, PH=8.0, 0.2M MGCL2, 17% PEG6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月27日 / 詳細: DYNAMICALLY BENDABLE MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→47.2 Å / Num. obs: 58918 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.3 % / Biso Wilson estimate: 29.49 Å2 / Rsym value: 0.12 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 8.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 1.17 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 5ABX

5abx


解像度: 1.95→45.522 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.91 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE REFINED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING RESIDUES ARE DISORDERED. CHAIN A, RESIDUES 203 TO 209. CHAIN C, RESIDUES 203 TO 208. CHAIN E, RESIDUES 202 TO 209. CHAIN F, RESIDUE 507.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2071 2937 5 %
Rwork0.1719 --
obs0.1737 58873 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→45.522 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5464 0 20 434 5918
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085604
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0457574
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3352109
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004963
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.95-1.9820.27471410.23832635X-RAY DIFFRACTION100
1.982-2.01610.29131270.2272618X-RAY DIFFRACTION100
2.0161-2.05280.28291350.22062643X-RAY DIFFRACTION100
2.0528-2.09230.26251600.21642600X-RAY DIFFRACTION100
2.0923-2.1350.27331400.21012651X-RAY DIFFRACTION100
2.135-2.18140.24651430.19252577X-RAY DIFFRACTION100
2.1814-2.23220.23931390.19112657X-RAY DIFFRACTION100
2.2322-2.2880.22921330.17822645X-RAY DIFFRACTION100
2.288-2.34980.23591510.18222607X-RAY DIFFRACTION100
2.3498-2.4190.25191420.17842650X-RAY DIFFRACTION100
2.419-2.49710.18711500.1742630X-RAY DIFFRACTION100
2.4971-2.58630.21241110.16562657X-RAY DIFFRACTION100
2.5863-2.68980.21451210.17142673X-RAY DIFFRACTION100
2.6898-2.81220.25541220.17872677X-RAY DIFFRACTION100
2.8122-2.96050.23041440.17872663X-RAY DIFFRACTION100
2.9605-3.14590.21751230.18162692X-RAY DIFFRACTION100
3.1459-3.38870.22311490.18032657X-RAY DIFFRACTION100
3.3887-3.72960.18541310.1592716X-RAY DIFFRACTION100
3.7296-4.2690.1791530.1422706X-RAY DIFFRACTION100
4.269-5.37710.16231510.13542725X-RAY DIFFRACTION100
5.3771-45.53440.17981710.18412857X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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