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万見
- PDB-5abb: Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediate... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5abb
タイトルVisualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion
要素
  • GREEN-LIGHT ABSORBING PROTEORHODOPSIN
  • PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECE
  • PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECY
キーワードTRANSLATION / RIBOSOME / MEMBRANE PROTEIN / TRANSLOCON
機能・相同性
機能・相同性情報


light-activated monoatomic ion channel activity / : / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / photoreceptor activity ...light-activated monoatomic ion channel activity / : / cell envelope Sec protein transport complex / protein transport by the Sec complex / intracellular protein transmembrane transport / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / signal sequence binding / protein secretion / protein transmembrane transporter activity / photoreceptor activity / phototransduction / protein targeting / proton transmembrane transport / intracellular protein transport / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Proteorhodopsin / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family ...Proteorhodopsin / SecE subunit of protein translocation complex, bacterial-like / SecE superfamily / Protein translocase subunit SecY / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / Bacterial rhodopsins signature 1. / Rhodopsin, retinal binding site / Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocase subunit SecY / Protein translocase subunit SecE / Protein translocase subunit SecY / Green-light absorbing proteorhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8 Å
データ登録者Bischoff, L. / Wickles, S. / Berninghausen, O. / vanderSluis, E. / Beckmann, R.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014
タイトル: Visualization of a polytopic membrane protein during SecY-mediated membrane insertion.
著者: Lukas Bischoff / Stephan Wickles / Otto Berninghausen / Eli O van der Sluis / Roland Beckmann /
要旨: The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is ...The biogenesis of polytopic membrane proteins occurs co-translationally on ribosomes that are tightly bound to a membrane-embedded protein-conducting channel: the Sec-complex. The path that is followed by nascent proteins inside the ribosome and the Sec-complex is relatively well established; however, it is not clear what the fate of the N-terminal transmembrane domains (TMDs) of polytopic membrane proteins is when the C-terminal TMDs domains are not yet synthesized. Here, we present the sub-nanometer cryo-electron microscopy structure of an in vivo generated ribosome-SecY complex that carries a membrane insertion intermediate of proteorhodopsin (PR). The structure reveals a pre-opened Sec-complex and the first two TMDs of PR already outside the SecY complex directly in front of its proposed lateral gate. Thus, our structure is in agreement with positioning of N-terminal TMDs at the periphery of SecY, and in addition, it provides clues for the molecular mechanism underlying membrane protein topogenesis.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-2446
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2446
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2446
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECY
B: PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECE
Z: GREEN-LIGHT ABSORBING PROTEORHODOPSIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8113
ポリマ－68,8113
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECY


分子量: 48553.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MCR5, UniProt: P0AGA2*PLUS
#2: タンパク質 PROTEIN TRANSLOCASE SUBUNIT SECE


分子量: 12623.296 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 12-127 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIW7
#3: タンパク質 GREEN-LIGHT ABSORBING PROTEORHODOPSIN / GPR


分子量: 7634.684 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 19-83 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F7P4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: TnaC stalled E.coli ribosome in complex with SecYE / タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 MM TRIS 150 MM NH4CL 10 MM MGCL2 0.05%DDM 125 MM SUCROSE
pH: 7.5
詳細: 20 MM TRIS 150 MM NH4CL 10 MM MGCL2 0.05%DDM 125 MM SUCROSE
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2012年5月21日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 148721 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1Cootモデルフィッティング
2SPIDER３次元再構成
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: REAL / 解像度: 8 Å / 粒子像の数: 47471 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 8 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2512 0 0 0 2512

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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