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万見
- PDB-5a9q: Human nuclear pore complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a9q
タイトルHuman nuclear pore complex
要素
  • (NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN ...) x 6
  • NUCLEOPORIN NUP37
  • NUCLEOPORIN NUP43
  • NUCLEOPORIN SEH1
  • PROTEIN SEC13 HOMOLOG
キーワードTRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


GATOR2 complex / nephron development / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear envelope organization / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / COPII-coated vesicle cargo loading ...GATOR2 complex / nephron development / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / nuclear envelope organization / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / COPII-coated vesicle cargo loading / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / atrial cardiac muscle cell action potential / somite development / COPII vesicle coat / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / paraxial mesoderm development / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / nuclear inclusion body / Amino acids regulate mTORC1 / Transport of Ribonucleoproteins into the Host Nucleus / nuclear pore nuclear basket / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / miRNA processing / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / Transport of the SLBP independent Mature mRNA / Transport of the SLBP Dependant Mature mRNA / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / SUMOylation of SUMOylation proteins / protein-containing complex localization / Transport of Mature mRNA Derived from an Intronless Transcript / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Rev-mediated nuclear export of HIV RNA / Nuclear import of Rev protein / SUMOylation of RNA binding proteins / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / tRNA processing in the nucleus / RNA export from nucleus / Postmitotic nuclear pore complex (NPC) reformation / COPII-mediated vesicle transport / lamellipodium assembly / neural tube development / nucleocytoplasmic transport / Viral Messenger RNA Synthesis / poly(A)+ mRNA export from nucleus / mitotic metaphase chromosome alignment / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / female gonad development / Vpr-mediated nuclear import of PICs / macrophage chemotaxis / SUMOylation of DNA replication proteins / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / positive regulation of TOR signaling / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / mRNA transport / cellular response to nutrient levels / nuclear pore / mRNA export from nucleus / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / negative regulation of TORC1 signaling / neurogenesis / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / positive regulation of TORC1 signaling / serine-type peptidase activity / MHC class II antigen presentation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / cellular response to amino acid starvation / nuclear periphery / SUMOylation of chromatin organization proteins / HCMV Late Events / chromosome segregation / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / intracellular protein transport / Transcriptional regulation by small RNAs / promoter-specific chromatin binding / RHO GTPases Activate Formins / ER to Golgi transport vesicle membrane / molecular condensate scaffold activity / kinetochore / ISG15 antiviral mechanism / spindle / HCMV Early Events / protein import into nucleus / Separation of Sister Chromatids / nuclear envelope / protein transport / actin cytoskeleton / snRNP Assembly / nuclear membrane / transcription coactivator activity / defense response to Gram-positive bacterium
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Nucleoporin NUP160, helical domain / Nup160 C-terminal TPR / NUP160/120 middle TPR / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup85-like ...: / : / : / Nucleoporin NUP160, helical domain / Nup160 C-terminal TPR / NUP160/120 middle TPR / Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup37 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nup98, Gle2-binding sequence / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 1 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 2 / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup155 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Protein SEC13 homolog / Nuclear pore complex protein Nup107 / Nuclear pore complex protein Nup160 / Nucleoporin Nup43 / Nucleoporin Nup37 / Nuclear pore complex protein Nup133 / Nucleoporin SEH1 / Nuclear pore complex protein Nup85
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23 Å
データ登録者von Appen, A. / Kosinski, J. / Sparks, L. / Ori, A. / DiGuilio, A. / Vollmer, B. / Mackmull, M. / Banterle, N. / Parca, L. / Kastritis, P. ...von Appen, A. / Kosinski, J. / Sparks, L. / Ori, A. / DiGuilio, A. / Vollmer, B. / Mackmull, M. / Banterle, N. / Parca, L. / Kastritis, P. / Buczak, K. / Mosalaganti, S. / Hagen, W. / Andres-Pons, A. / Lemke, E.A. / Bork, P. / Antonin, W. / Glavy, J.S. / Bui, K.H. / Beck, M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: In situ structural analysis of the human nuclear pore complex.
著者: Alexander von Appen / Jan Kosinski / Lenore Sparks / Alessandro Ori / Amanda L DiGuilio / Benjamin Vollmer / Marie-Therese Mackmull / Niccolo Banterle / Luca Parca / Panagiotis Kastritis / ...著者: Alexander von Appen / Jan Kosinski / Lenore Sparks / Alessandro Ori / Amanda L DiGuilio / Benjamin Vollmer / Marie-Therese Mackmull / Niccolo Banterle / Luca Parca / Panagiotis Kastritis / Katarzyna Buczak / Shyamal Mosalaganti / Wim Hagen / Amparo Andres-Pons / Edward A Lemke / Peer Bork / Wolfram Antonin / Joseph S Glavy / Khanh Huy Bui / Martin Beck /
要旨: Nuclear pore complexes are fundamental components of all eukaryotic cells that mediate nucleocytoplasmic exchange. Determining their 110-megadalton structure imposes a formidable challenge and ...Nuclear pore complexes are fundamental components of all eukaryotic cells that mediate nucleocytoplasmic exchange. Determining their 110-megadalton structure imposes a formidable challenge and requires in situ structural biology approaches. Of approximately 30 nucleoporins (Nups), 15 are structured and form the Y and inner-ring complexes. These two major scaffolding modules assemble in multiple copies into an eight-fold rotationally symmetric structure that fuses the inner and outer nuclear membranes to form a central channel of ~60 nm in diameter. The scaffold is decorated with transport-channel Nups that often contain phenylalanine-repeat sequences and mediate the interaction with cargo complexes. Although the architectural arrangement of parts of the Y complex has been elucidated, it is unclear how exactly it oligomerizes in situ. Here we combine cryo-electron tomography with mass spectrometry, biochemical analysis, perturbation experiments and structural modelling to generate, to our knowledge, the most comprehensive architectural model of the human nuclear pore complex to date. Our data suggest previously unknown protein interfaces across Y complexes and to inner-ring complex members. We show that the transport-channel Nup358 (also known as Ranbp2) has a previously unanticipated role in Y-complex oligomerization. Our findings blur the established boundaries between scaffold and transport-channel Nups. We conclude that, similar to coated vesicles, several copies of the same structural building block--although compositionally identical--engage in different local sets of interactions and conformations.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年10月14日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - author_defined_assembly
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  • 登録構造単位
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  • マップデータ: EMDB-3103
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  • マップデータ: EMDB-3103
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: NUCLEOPORIN NUP43
1: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
2: NUCLEOPORIN NUP37
3: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
4: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
5: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
6: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
7: NUCLEOPORIN SEH1
8: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
9: NUCLEOPORIN NUP43
A: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155
B: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155
C: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
D: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
E: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
F: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
G: NUCLEOPORIN SEH1
H: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
I: NUCLEOPORIN NUP43
J: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
K: NUCLEOPORIN NUP37
L: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
M: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
N: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
O: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
P: NUCLEOPORIN SEH1
Q: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
R: NUCLEOPORIN NUP43
S: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
T: NUCLEOPORIN NUP37
U: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
V: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
W: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
X: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
Y: NUCLEOPORIN SEH1
Z: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
a: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
b: NUCLEOPORIN NUP37


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,243,76138
ポリマ－3,243,76138
非ポリマー00
水00
1
0: NUCLEOPORIN NUP43
1: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
2: NUCLEOPORIN NUP37
3: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
4: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
5: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
6: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
7: NUCLEOPORIN SEH1
8: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
9: NUCLEOPORIN NUP43
A: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155
B: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155
C: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
D: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
E: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
F: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
G: NUCLEOPORIN SEH1
H: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
I: NUCLEOPORIN NUP43
J: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
K: NUCLEOPORIN NUP37
L: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
M: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
N: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
O: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
P: NUCLEOPORIN SEH1
Q: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
R: NUCLEOPORIN NUP43
S: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
T: NUCLEOPORIN NUP37
U: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133
V: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107
W: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96
X: PROTEIN SEC13 HOMOLOG
Y: NUCLEOPORIN SEH1
Z: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85
a: NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160
b: NUCLEOPORIN NUP37
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,950,092304
ポリマ－25,950,092304
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
point symmetry operation7

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要素

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タンパク質 , 4種, 16分子 09IR2KTb6FOX7GPY

#1: タンパク質
NUCLEOPORIN NUP43 / NUP107-160 SUBCOMPLEX SUBUNIT NUP43 / P42 / NUP43


分子量: 42195.652 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q8NFH3
#3: タンパク質
NUCLEOPORIN NUP37 / P37 / NUP107-160 SUBCOMPLEX SUBUNIT NUP37 / NUP37


分子量: 36748.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q8NFH4
#7: タンパク質
PROTEIN SEC13 HOMOLOG / SEC13-LIKE PROTEIN 1 / SEC13-RELATED PROTEIN / SEC13


分子量: 35578.438 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P55735
#8: タンパク質
NUCLEOPORIN SEH1 / NUP107-160 SUBCOMPLEX SUBUNIT SEH1 / SEC13-LIKE PROTEIN / SEH 1


分子量: 39700.566 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q96EE3

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NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN ... , 6種, 22分子 1JSa3CLU4DMV5ENW8HQZAB

#2: タンパク質
NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP160 / 160 KDA NUCLEOPORIN / NUCLEOPORIN NUP160 / NUP160


分子量: 162280.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q12769
#4: タンパク質
NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP133 / 133 KDA NUCLEOPORIN / NUCLEOPORIN NUP133 / NUP133


分子量: 129108.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q8WUM0
#5: タンパク質
NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP107 / 107 KDA NUCLEOPORIN / NUCLEOPORIN NUP107 / NUP107


分子量: 106504.969 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P57740
#6: タンパク質
NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP96 / 96 KDA NUCLEOPORIN / NUCLEOPORIN NUP96 / NUP96


分子量: 106039.656 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: P52948
#9: タンパク質
NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP85 / 85 KDA NUCLEOPORIN / FROUNT / NUCLEOPORIN NUP75 / NUCLEOPORIN NUP85 / PERICENTRIN-1 / NUP85


分子量: 75105.266 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: Q9BW27
#10: タンパク質 NUCLEAR PORE COMPLEX PROTEIN NUP155 / 155 KDA NUCLEOPORIN / NUCLEOPORIN NUP155 / NUP155


分子量: 155357.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株: HELA / 参照: UniProt: O75694

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 電子線トモグラフィー法

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試料調製

構成要素名称: HUMAN NUCLEAR PORE COMPLEX / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
緩衝液名称: 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE / pH: 7.5 / 詳細: 20MM TRIS, 0.2-0.4% TREHALOSE
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER,

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年10月17日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 42000 X / 倍率（補正後）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -45 °
撮影電子線照射量: 110 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1AV3３次元再構成
2IMOD３次元再構成
3TOM Toolbox３次元再構成
CTF補正詳細: PHASE FLIPPING OF TILT SERIES
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成手法: SUBTOMOGRAM AVERAGING / 解像度: 23 Å
詳細: THIS PDB STRUCTURE INCLUDES UNAMBIGUOUS FITS ONLY. THE STRUCTURE WITH LESS CONFIDENT FITS CAN BE OBTAINED FROM AUTHORS. PROTEIN-PROTEIN INTERFACES SHALL NOT BE INTERPRETED AT RESIDUE-LEVEL ...詳細: THIS PDB STRUCTURE INCLUDES UNAMBIGUOUS FITS ONLY. THE STRUCTURE WITH LESS CONFIDENT FITS CAN BE OBTAINED FROM AUTHORS. PROTEIN-PROTEIN INTERFACES SHALL NOT BE INTERPRETED AT RESIDUE-LEVEL RESOLUTION. SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-3103. (DEPOSITION ID: 13616).
対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数95884 0 0 0 95884

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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